Сменивший Георгадзе в кресле министра госбезопасности Квирая был известен столь же крутым нравом и боевым прошлым, включая мингрельские расстрелы пленных «звиадистов» в 1994 г. Не прошло и года, как Квирая был обвинен в таком же заговоре против Шеварднадзе, а также в организации незаконной слежки за политиками и сборе компромата на них. Разбиравшая деятельность Квирая комиссия предъявила ему обвинения в связях с лидерами грузинских криминальных кругов Иоселиани и Берадзе, в организации политических убийств. Обвинения касались и периода руководства Квирая МГБ, и предшествующих лет, когда Квирая была министром внутренних дел. В числе жертв политических убийств, организованных Квирая и его соучастниками внутри МГБ, были и такие известные в республике люди, как советник и личный друг президента Хабиешвили и глава Центробанка Давлиашвили, загадочным образом «выпавший» из окна кабинета следователя в здании МГБ во время допроса. В адрес Квирая прозвучали и слова о его личной причастности к тайным поставкам оружия в Чечню и Иран. По спецслужбам Грузии в 1996 г. прокатилась очередная и уже третья по счету волна увольнений и арестов. Министров ГБ вместо Квирая назначен Гахокидзе.

Гахокидзе сменил Кутателадзе, бывший до того момента начальником Службы государственной охраны. Но и это обстоятельство, и доверие Шеварднадзе не сулили новому главе МГБ тихой жизни. В 2001 г. разразился скандал с налетом группы МГБ на редакцию оппозиционной газеты «Рустави», позднее при неясных обстоятельствах погиб один из репортеров этой газеты. Оппозиция вывела людей на улицы, требуя отставки Шеварднадзе. Уступая митинговой волне, президент уволил Кутателадзе, а главный обвиняемый в давлении на оппозицию глава Совета Безопасности Грузии Саджая застрелился.

После 1991 г. власть оказалась в руках вчерашних диссидентов из Армянского объединенного движения (АОД) во главе с президентом Тер-Петросяном. При нем были созданы ГУНБ (Главное управление национальной безопасности) для внешней разведки, контрразведки и обеспечения госбезопасности, а также Управление охраны президента. Во главе ГУНБ Тер-Петросян доставил своего давнего соратника по движению АОД и диссидентскому комитету «Арцах» Манучаряна.

Начало 90-х годов прошло в жарких боях армянского ополчения за Карабах, вылившихся в войну Армении против Азербайджана. Активные боевые действия на границе этих бывших советских республик и в самом Нагорном Карабахе завершились только в 1994 г., но напряженность между Баку и Ереваном сохраняется и теперь. Все эти годы ГУНБ было активным участником тайной войны против Азербайджана и организатором диверсий в азербайджанском тылу. Несколько раз диверсионные группы проникали в Азербайджан для совершения там террористических акций. В азербайджанскую армию был внедрен армянский разведчик Барашян, совершивший акты диверсий в артиллерийских частях, в 1996 г. он арестован азербайджанскими контрразведчиками и расстрелян.

В таких диверсиях армянские спецслужбы активно сотрудничали и с нелегальными партизанскими группами карабахских армян, фактически являвшихся террористами — АНА (Армянская национальная армия), «Еркпай», «Мстители», — а также привлекали на карабахский фронт в качестве добровольцев и диверсантов членов террористических организаций армян зарубежной диаспоры — АСАЛА, АРА, «Гюлимян», «Коммандос». Лидер АРА (Армянской революционной армии) Мелконян (кличка «Аво»), известный по серии антитурецких терактов в Европе, в 1993 г. был убит в боях на карабахском фронте. Диверсионными рейдами «федаинов» из числа карабахских армян руководил известный Татевосян по прозвищу «Коммандос». Лидеры террористических группировок диаспоры, ввезенные в Армению во времена войны за Карабах, стали затем главной опорой оппозиционной Тер-Петросяну националистической партии «дашнаков», в противостоянии с которой президент лишился своего поста в 1998 г. Практика использования деятелей армянского террора привела к созданию «дашнаками» тайной террористической группы «Дро», боровшейся против режима Тер-Петросяна. Такую же поддержку спецслужбы независимой Армении оказывали за рубежом и аптитурецкой террористической группировке курдов КРП, чьих бойцов также использовали для террора в Карабахе.

Используя армянские диаспоры в странах Европы, Америки и Азии, ГУНБ сумело выстроить свои первые зарубежные резидентуры и наладить работу за пределами Армении и бывшего СССР. В 1995 г. в Чехии местные спецслужбы арестовали за контакты с наркомафией четырех сотрудников разведки армянского ГУНБ. В Ливане ГУНБ замечено в связях с разыскиваемыми Интерполом лидерами местных террористов армянской диаспоры из организации АСАЛА.

В конце 90-х Тер-Петросян и его правящая партия АОД вступили в открытый конфликт с националистами, группирующимися вокруг «дашнаков», и карабахскими радикалами, требующими немедленного присоединения непризнанной республики к Армении. Как теперь установлено, в годы правления АОД и Тер-Петросяна в тюрьме Нубарашен действовал пыточный центр. Здесь «скончался при допросе» оппозиционер Егиазарян, связанный с «дашнаками». Через подвалы Нубарашена прошли и многие арестованные участники уличных антипрезидентских беспорядков 1997 г., подавленных ГУНБ и его антитеррористической спецкомандой.

В 1998 г. состоялся государственный переворот. Группа заговорщиков из числа силовых министров, поддержанная радикальной оппозицией, предъявила Тер-Петросяну ультиматум и заставила его досрочно сложить полномочия. В этом тихом государственном перевороте принял деятельное участие и тогдашний глава ГУНБ Саркисян, он был в числе силовых министров, заставивших президента сдать власть без боя. Новым президентом стал бывший лидер карабахских армян Кочарян, главное действующее лицо заговора, в тот момент он являлся премьер-министром страны. Из тюрем были сразу выпущены многие оппозиционеры и «дашнаки», а в ГУНБ прошли чистки, Саркисян избавлялся от сторонников экс-президента и АОД. Кампания вылилась в новые политические преследования, теперь в роли жертв выступали известные соратники опального президента. Так, главком внутренних войск генерал Маркарян после покушения па него обвинил в организации переворота ГУНБ во главе с Саркисяном. О подготовке покушения заявил и уволенный с должности глава Службы охраны президента при Тер-Петросяне генерал Казарян, известный своей дружбой с российским коллегой Коржаковым. После сообщения о готовящемся на него покушении Казарян в 1998 г. предпочел эмигрировать. Скрылся и личный друг Тер-Петросяна и глава МВД при нем Сирадегян, его обвинили в приказе на ликвидацию нескольких оппозиционеров в середине 90-х и объявили в международный розыск. В 1999 г. Вано Сирадегян вернулся в Армению из Объединенных Арабских Эмиратов и был арестован, по тому же делу взяты под стражу и несколько офицеров ГУНБ.

Начальник ГУНБ Саркисян недолго занимал свой пост при новом президенте Кочаряне. В 1999 г. террористы из группы Унаияна ворвались в армянский парламент и открыли стрельбу. Пострадало более десятка депутатов, а также спикер парламента Демирчян (бывший первый секретарь компартии Армянской ССР) и премьер-министр страны Вазген Саркисян. После гибели своего однофамильца-премьера и других жертв стрельбы в парламенте Саркисян и был удален с должности главы ГУНБ с формулировкой «за халатность», что не помешало ему вскоре стать главой аппарата президента Кочаряна.

Первые независимые азербайджанские спецслужбы образовались на базе республиканского КГБ. Новая структура получила название МБ (Министерство безопасности), ее возглавил соратник Аяза Муталибова и последний глава республиканского КГБ Гусейнов, за которым прочно закрепилась слава главного усмирителя Бакинского восстания НФА 1990 г. Параллельно была создана и новая служба Военной разведки. Главным спецназом Азербайджана стал бывший милицейский республиканский ОМОН (Отряд милиции особого назначения), переименованный с 1992 г. в ОПОН (Отряд полиции особого назначения).