Узбекские спецслужбы в сравнении с другими спецслужбами среднеазиатских республик являются самыми активными на внешней арене. Хорошо налажена внешняя разведка, используемая не только против собственной эмиграции, но и для продвижения позиций Ташкента в регионе. Инструкторы СНБУ работали в отрядах моджахедов Шах-Масуда и Достума в Афганистане, а сама СНБУ причастна к тайным операциям режима талибов в Кабуле. Недаром режим Каримова одним из первых поддержал операцию США и их западных союзников в Афганистане в 2001 г. и даже предоставил для американской авиации свою авиабазу в Ханабаде. С этого момента СНБУ работает в тесном контакте с западными спецслужбами против радикальных талибов. Такую же «интернациональную миссию» узбекские спецслужбы выполняли и в соседних среднеазиатских государствах СНГ. В Таджикистане в 1992–1995 гг. они помогали громить исламистские отряды ИПВ на Памире и в Горном Бадахшане. В 1999 г. узбекские инструкторы помогали киргизским спецслужбам подавлять мятеж исламистов в Боткене. В операциях в киргизских горах участвовали узбекские спецназовцы и отряды пограничной охраны СНБУ во главе с Рахметкуловым.

При необходимости спецслужбы Ташкента не останавливаются и перед тайными операциями против стран СНГ. Начав с охоты на своих эмигрантов без уведомления спецслужб сопредельных стран, Узбекистан стал создавать свою агентурную сеть в диаспорах узбеков и открыто поддерживать союзные Ташкенту оппозиционные силы. Таджикское руководство с 1998 г. обвиняет Каримова в поддержке сепаратистского движения узбекского населения в Таджикистане. После мятежа узбеков Худойбердыева в таджикском Ходженте и его подавления армией Таджикистана лидеры повстанцев Худойбердыев и Абдулоджанов укрылись в Узбекистане, где с помощью СНБУ начали готовить партизанские базы. На требования Душанбе выдать Худойбердыева официальный Ташкент не ответил.

К началу XXI века в Узбекистане сложился классический авторитарный режим Каримова с присущей ему охранительной функцией спецслужб.

Новые таджикские спецслужбы образовались в 1992 г. Главной из них стал КНБ (Комитет национальной безопасности), сформированный на базе бывшего республиканского КГБ. Первым председателем стал ветеран таджикских органов КГБ Турсунов. Он наладил хорошие связи с другими осколками бывшего гиганта КГБ на постсоветском пространстве, особенно с российскими и узбекскими спецслужбами. В 1993 г. в разгар гражданской войны в республике Турсунов ушел в отставку и уехал в Россию, где некоторое время работал консультантом российской ФСБ по связи между ней и новым руководством КНБ Таджикистана.

Кроме КНБ в республике с 1992 г. действуют Военная разведка и АБН (Агентство борьбы с наркотиками). С 1992 г. обстановка внутри страны вынудила правительство создать разветвленную систему спецназа — этих групп насчитывалось до десяти. Главными из них и наиболее подготовленными считались «Особый полк КНБ», «Бригада быстрого реагирования» в армии и «Оперативный полк» (антитеррористический спецназ при МВД).

КНБ и другие спецслужбы не смогли предотвратить весной 1992 г. массовых выступлений оппозиции — Демократической партии и Исламской партии возрождения (ИПВ), переросших в гражданскую войну. Президент Набиев был захвачен повстанцами по пути в аэропорт и принужден к отречению от поста. Многие офицеры спецслужб и спецназовцы погибли в майских боях с оппозиционными отрядами исламистов и памирцев. В их числе и первый командир спецназа «Оперативного полка» Джаборибов, которому сторонники ИПВ при штурме президентского дворца в Душанбе перерезали горло.

В последующие два года кровопролитной войны КНБ запятнал себя массовыми убийствами сторонников ИПВ, Демпартии и просто выходцев из Памира и Бадахшана. В карательных походах по Памиру, Гарму и Горному Бадахшану участвовали спецназовцы «Оперативного полка» во главе с новыми командирами Чоловым и Касымовым, «Особого полка КНБ» во главе с Шамоловым и армейской «Бригады быстрого реагирования» во главе с Худойбердыевым. Заброска диверсантов этих спецгрупп, КНБ и Военной разведки уже при Рахмонове в тыл объединившейся исламско-племенной оппозиции (ОТО) осуществлялась даже на территории Афганистана, где командиры и боевики ОТО находили приют у местных моджахедов. Несколько лидеров ОТО были убиты в лагерях беженцев на севере Афганистана, здесь же готовили покушения на главу ИПВ муфтия Туранжон-Зода и главного командира бойцов ОТО Садирова. Садиров впоследствии вернулся в страну, в 1997 г. его выследила и ликвидировала спецгруппа КНБ на окраине Душанбе. Его младший брат, тоже известный террорист, захвачен КНБ живым.

Покушения на эмигрантов из ИПВ и Демократической партии происходили и в республиках СНГ В России агенты КНБ несколько раз покушались на лидеров оппозиции, в том числе и на ее идеолога Автулло. В 1993 г. милиция в Москве задержала таджикского гражданина с автоматом в сумке, им оказался кадровый сотрудник КНБ, прибывший в российскую столицу для устранения нескольких эмигрантских лидеров.

КНБ принял активное участие в свержении в 1993 г. президента «южан» Искандарова и приведении к власти очередного правителя Рахмонова. КНБ в это время возглавлял Сафарли Кенджаев, активный сторонник кулябцев и Рахмонова. Кенджаев лично участвовал в уличных боях с памирцами в Душанбе и даже был ранен. Он успел побыть спикером таджикского парламента, а после ухода из КНБ работал в правительстве Рахмонова и был депутатом нового созыва. В 1999 г. Кенджаева застрелили возле его дома в Душанбе, подозревают, что с ним расправились бывшие бойцы ОТО из числа непримиримых, не простившие гибели своих товарищей в 1992–1993 гг. Кенджаев стал третьим в СНГ руководителем спецслужб, убитым в связи с его деятельностью, до него так погибли грузин Бахия и азербайджанец Рагимов.

После Кенджаева КНБ руководил Камолов, сторонник президента Рахмонова, его сменил генерал Зухуров. К 1994 г. кровопролитная война закончилась, основная часть вооруженной оппозиции ОТО подписала с Рахмоновым перемирие, некоторые непримиримые командиры (Сафаров, Ибрагим, Саидов) были ликвидированы. Остальные лидеры боевиков ОТО даже вошли в правительство или заняли видное место в спецслужбах, как, например, Сангинов или Зийоев. Сангинову службы в КНБ не простили бывшие непримиримые соратники, в 2001 г. он был убит на улице Душанбе. Последней была ликвидирована группировка братьев Садировых. После захвата ими в заложники иностранных граждан на переговоры с Резвоном и Бахромом Садировыми в горы ездил председатель КНБ Зухуров, но самюказался в заложниках у братьев-разбойников вместе с сопровождавшими его сотрудниками КНБ. Этот недолгий и уникальный в истории спецслужб плен руководителя государственной безопасности продлился недолго, Зухурова вскоре освободили. Бахром Садиров был взят в плен спецгруппой КНБ и бойцами «Особого полка КНБ» здесь же в горах. Резвон Садиров убил француженку-заложницу и с небольшим отрядом выбрался из окружения, но вскоре его выследили и убили в бою в пригороде Душанбе.

В послевоенные годы при Камолове, а затем Зухурове КНБ обвиняли во вмешательстве в затяжной афганский конфликт на стороне местных таджиков из отрядов Раббани и Шах-Масуда. Из Душанбе антиталибской коалиции «Северный альянс» во главе с Раббани шли караваны оружия, а также приезжали таджикские инструкторы. Внутри самого Таджикистана продолжались репрессии против непримиримых оппозиционеров и исламистов. Были захвачены и подвергнуты пыткам члены радикального крыла ИПВ и еще более радикальной группы «Ислами-Хезби». Арестованы лидеры Демпартии Миррахимов и Собир. По восточной традиции спецслужбы Рахмоиова несколько раз брали в заложники и членов семей непойманных еще террористов и лидеров партизанских отрядов. Радикальная оппозиция в конце 90-х годов обвиняла КНБ и в убийствах некоторых своих лидеров, как, например, Латифи, ликвидированного в 1998 году.

Затишье послевоенных лет не раз нарушали заговоры внутри таджикских спецслужб. Особенно прославилась элитная спецназовская «Бригада быстрого реагирования», возглавляемая героем боев с исламистами 1993 г. полковником Худойбердыевым. В 1996 г. в бригаде начался мятеж, ее бойцы во главе с полковником отказались подчиняться Рахмонову и захватили Тавильдару, разогнав местные вооруженные криминальные группировки. Заблокированные правительственной армией спецназовцы Худойбердыева после долгих переговоров вновь вошли в подчинение руководству министерства обороны и президента и были посланы искоренять партизанские гнезда непримиримых из ИПВ в долине Вахша. Но в 1997 г. Худойбердыев вновь решил, что его обманули, и снова его бригада повернула оружие против правительства. Спецназ пошел на Душанбе, угрожая свергнуть Рахмонова, но по дороге был блокирован в Курган-Тюбе армией и элитным подразделением «Оперативный полк» во главе с Касымовым. После долгого боя мятежный спецназ был разгромлен, Худойбердыев вместе с несколькими верными бойцами бежал в горы. Из оставшихся у него в подчинении остатков бригады и недовольных центральной властью узбеков на окраинах Таджикистана он сформировал новый партизанский отряд и в 1998 г. захватил на некоторое время крупный город Ходжент. После разгрома Худойбердыев и его сподвижник Абдулоджонов бежали в Узбекистан, где нашли приют под крылом местных спецслужб. Необходимо отметить, что и при подавлении мятежа «Бригады быстрого реагирования» в Курган-Тюбе, и при зачистках в окрестностях Ходжента и в селах восставших узбеков правительственный спецназ «Оперативного полка» и КНБ проявили неадекватную жестокость, убивая пленных мятежников десятками. Но Таджикистан к этому уже привык: так же в середине 90-х зачищали и Вахт, и Памир, и Курган-Тюбе, и Айни, и Гарм. Полковник Худойбердыев до сих пор находится в розыске, а его элитная бригада после мятежа распущена.