Спецслужбы Туркменистана — самые дисциплинированные и преданные вождю всех туркмен, они беспощадны к внутренней оппозиции. На основе бывшего республиканского КГБ в 1991 г. создан КНБ (Комитет национальной безопасности), его основателем и первым руководителем был Саидов. При созданном в 1992 г. Генштабе армии Туркменистана основан свой орган военной разведки — Разведывательный отдел. Обе спецслужбы сразу наладили хорошие связи с российскими ФСБ, СВР и ГРУ, а также со спецслужбами стран-соседей по среднеазиатскому региону, что помогло им в дальнейшем в операциях против своих оппозиционных изгнанников. Другим важным стратегическим партнером стала этнически и религиозно близкая Турция.

Внутренний режим в Туркменистане суров. Немалая заслуга І этом принадлежит КНБ, проводившему в 90-е годы суровую «профилактическую работу» с внутренней оппозицией. Главными организаторами удушения инакомыслящих объединений считают Саидова и сменившего его на этом посту Атамурадова. Почти все видные представители оппозиционных партий «Агзыбирлик», «Туркменистан», Демпартии либо находятся в изоляторе КНБ, либо скрываются в эмиграции.

Акции против недовольных внутри страны и политэмигрантов в СНГ исчисляются десятками.

Только в Москве сотрудники туркменского КНБ совершили несколько покушений на своих политических изгнанников и попыток их похищения. Такие акции предпринимались в России и против лидеров оппозиционного движения в изгнании Хадырова и Нурмурадова. В самом Туркменистане их соратники по руководству Демпартией и народным фронтом «Агзыбирлик» Анурмамедов и Ковшутова брошены в тюрьму. В 1994 г. в Москве спецгруппа КНБ при содействии российской ФСБ захватила и доставила в Ашхабад лидеров союза «Туркменистан» в изгнании Эсенова и Союнова, оба осуждены за заговор против Туркменбаши. Их соратник Кулиев, бывший в первые годы независимости министром иностранных дел при Ниязове, обманом выманен в Ашхабад и схвачен в аэропорту.

Затем такие операции перенесли в Узбекистан, здесь при помощи узбекской СНБУ захвачены лидеры союза «Туркменистан» Гараев и Аймурадов. В 1999 г. из Ашхабада поступило известие о том, что Гараев покончил с собой в следственном изоляторе города Туркменбаши (бывшего Красноводска), но оппозиция твердо заявляла об имеющихся у нее доказательствах убийства Гараева в камере сотрудниками КНБ. Его подельник по следственному делу Аймурадов сумел бежать вместе с двумя уголовниками.

Режим Ниязова постоянно находил новых врагов даже среди правящей элиты. Несколько чисток в конце 90-х обновили ближний круг Туркменбаши, эти чистки коснулись и силовых структур, и спецслужб. Последний случай искоренения «великого заговора против Ниязова» имел место в 2001 г. Теперь в роли главного заговорщика выступил недавний министр иностранных дел страны Шихмурадов и ряд его соратников. Шихмурадов успел выехать из республики и избежал ареста, как и отказавшийся вернуться в страну туркменский посол в Турции Ханамов. Другие высокопоставленные чиновники были арестованы в конце 2001 г. по обвинению в соучастии в заговоре, в их числе были такие известные в стране политики, как Нурыев и Кулиев. В числе арестованных был и действующий на момент ареста глава МИДа Бердыев, это уже третий глава внешнеполитического ведомства, попавший в опалу. У многих арестованных или бежавших из страны «заговорщиков» были задержаны или репрессированы близкие и дальние родственники. К марту 2002 г. в стране по делу Шихмурадова и его соратников арестовано более 100 человек.

Шихмурадов в изгнании стал одним из главных врагов Ниязова. К концу 90-х из уст эмигрантов в адрес режима Туркменбаши прозвучало и новое обвинение: в поощрении племенного разделения туркмен внутри страны и в наборе во власть и спецслужбы представителей приближенных к власти племен (текинцев, сарларов и т. д.).

Туркменская разведка контактировала с талибами в Афганистане. Ашхабад единственный не выступал против средневекового режима талибов в Кабуле и не помогал в борьбе с ним ни России, ни США, нй Ирану, ни «Северному альянсу» с его таджикскими и узбекскими покровителями.

К 1992 г. были созданы новые спецслужбы независимого государства. Для функций разведки, контрразведки и обеспечения госбезопасности было сформировано МНБ (Министерство национальной безопасности), его руководителем был назначен популярный в республике милицейский генерал Кулов. В армии выделена в отдельную структуру Военная контрразведка. В связи с нелегальным наркооборотом в Кыргызстане была создана Комиссия по борьбе с наркотиками, которую возглавил милицейский генерал Мамеев.

Киргизский спецназ при МНБ включал в себя группу антитеррора и специальные войсковые части — Силы безопасности Кыргызстана. Позднее с подачи Кулова в МНБ появилось засекреченное формирование «Калкан» для спецопераций, предполагавших силовое и тайное воздействие.

При Кулове МНБ устанавливало связи с коллегами в СНГ по старым каналам, налаживало внешние связи с другими соседями (Китай, Афганистан), преследовало оппозицию режиму Акаева (националистов с юга республики, исламистов, коммунистов, национальные меньшинства), оказывало помощь коллегам из Узбекистана и Таджикистана в операциях против их эмигрантов, находившихся на киргизской территории. В 1999 г. большая группа узбекских граждан была арестована МНБ и выдана Ташкенту. Киргизский спецназ был задействован в операциях против исламистов ИПВ в Таджикистане.

Такая интернациональная помощь обернулась для Кыргызстана и его спецслужб серьезными испытаниями в 1999 г., когда с узбекской территории в район Боткена вторглась вооруженная группа исламистов Джумы Намангани. В операции против узбекских партизан выявилась оперативная слабость МНБ и Военной контрразведки киргизов, а в войсковых подразделениях МНБ — слабость в антитеррористических действиях. Войсковые части Сил безопасности были разгромлены боевиками Намангани, а командир этого подразделения генерал Шамкеев вместе с некоторыми бойцами попал в плен и был отпущен только спустя два месяца после долгих переговоров. Группу Намангани с большим трудом и потерями удалось вытеснить за пределы Кыргызстана только при помощи узбекского правительственного десанта. Многие вслед за Намангани ушли в Афганистан к талибам. На этом неприятности для киргизских спецслужб в борьбе с исламистами не закончились. Во время боев в Боткене в руки Намангани попала группа японских телевизионщиков и геологов, поэтому правительство Японии передало через киргизское МНБ выкуп за них для террористов. После того как японцы были отбиты у исламистов, как полагали в Токио, безо всякого выкупа, МНБ деньги японскому правительству не дернуло, заявив, что их заплатили людям Намангани. Протесты Японии ни к чему не привели, деньги исчезли. Японцы не сомневались, что их присвоила верхушка МНБ.

Новые проблемы вокруг спецслужб независимого Кыргызстана начались в 1998 г. после массовых чисток в местных органах безопасности. Несколько высокопоставленных офицеров МНБ и Военной контрразведки были арестованы за контакты с киргизской наркомафией. Затем возникло дело группы «Калкан» и экс-главы МНБ Кулова.

Акаев периодически перетряхивал свое окружение, круша истинные и мнимые заговоры против себя и своего клана. В очередные заговорщики попал и набравший мощный политический вес генерал Кулов, после МНБ и МВД он стал вицепрезидентом и вступил в противоборство с бывшим патроном, но Кулов успел создать собственную партию «Достоинство», его арест в 2000 г. сопровождался массовыми уличными акциями в Бишкеке. Спецназ МНБ, возглавляемый заместителем начальника этой спецслужбы Полуэктовым, жестоко разогнал эти митинги, а их организатора Тургуналиева захватили вместе с Куловым, обоих бросили в камеры к уголовникам.