Главными оппонентами Назарбаева в 90-е годы были радикальные казахские националисты с исламским уклоном, организации русского населения и казаков в северных регионах страны, рассорившиеся с президентом представители элиты. Спецслужбы проводили репрессии против уральских и семиреченских казаков в местах их компактного поселения, преследовали исламских радикалов, бывших соратников Назарбаева, рискнувших пойти наперекор. Массовые аресты казачьих лидеров прошли в Усть-Каменогорске в конце 90-х годов, где, по мнению экспертов, радикальная группа русских сепаратистов во главе с авантюристом Пугачевым была искусственно создана с помощью провокаторов и успешно разоблачена НБ. В Алма-Ате в 1993 г. прошЛи массовые аресты лидеров некоторых исламских организаций. Из числа бывших первых лиц страны, ставших оппозиционерами и «предателями», особенно выделяется бывший премьер-министр Кажегильдин. После перехода в стан оппозиции он подвергся гонениям со стороны спецслужб. Даже находясь в эмиграции, Кажегильдин несколько раз был арестован по запросам НБ в Интерпол на территории России и в Западной Европе, но всякий раз в выдаче его Казахстану было отказано в связи с опасениями за жизнь опального премьера. Кажегильдин стал далеко не первым в СНГ политиком столь высокого ранга, попавшим после утраты должности в поле зрения родных спецслужб.

Казахские службы безопасности помогали соседям по региону и союзникам по СНГ в их борьбе с оппозиционерами. В 1999 г. на территории Казахстана арестовано более 30 узбекских исламистов, выданных затем Ташкенту. НБ арестовала лидеров зарубежного крыла уйгурского национального движения, некоторых из них, таких как Сабит или Мохатхир, выдали Китаю, несмотря на угрожавшую им смертную казнь. В 1999 г. репрессии коснулись курдской общины. Спецназ разогнал крупный митинг курдов, собравшихся в знак протеста против ареста Оджолана. Многие курдские активисты были избиты и арестованы.

Вокруг казахских спецслужб постоянно возникало разного рода напряжение. То сотрудника Хадеева арестуют свои же бывшие коллеги за тайную работу на разведку Ирана и Турции, то оппозиция обвинит в коррупции высокопоставленного сотрудника НБ и зятя президента Назарбаева Алиева. То всплывут факты участия спецслужб в продаже оружия из Казахстана. То из спецслужб увольняют ветерана еще советского КГБ Казахской ССР Таирова, признавшегося, что в 1987 г. из националистических побуждений он готовил убийство присланного Москвой Колбина, предшественника Назарбаева.

В 1999 г. начальник НБ Мусаев, имевший незавидную репутацию, был отправлен в отставку под градом обвинений прессы и оппозиционных партий. На посту шефа НБ оказался Абыкаев, попавший в эпицентр еще более скандальной истории. При Абыкаеве НБ вступила в конфликт с МВД и Службой охраны президента. И на министра внутренних дел Сулейменова, и на главу Службы охраны Президента Баекенова сотрудники НБ по приказу своего шефа начали собирать компромат и «сливать» его прессе и президентскому окружению. Но и Сулейменов с Баекеновым сумели добыть порочащую Абыкаева информацию и представить ее Назарбаеву. Речь шла о разгуле коррупции в НБ и взяточничестве, о тайных счетах жены Абыкаева в швейцарских банках, о покровительстве торговцам оружием. Назарбаев был вынужден уволить Абыкаева, правда, вскоре назначил заместителем министра иностранных дел.

В результате во главе НБ с 2000 г. вновь встал гроза оппозиции и опора президента Мусаев. Укрепил свои позиции и главный «охранник» Назарбаева Баекенов, пытавшийся придать своему специфическому органу образ ГУО Российской Федерации времен Барсукова — Коржакова. Почти нигде, кроме пространства бывшего СССР, служба охраны первых лиц государства не имела такого значительного статуса и расширенных полномочий. Казахстан продвинулся дальше всех. Назарбаев в 2001 г. первым в СНГ внедрил арабско-корейский опыт, поставив у руля главной спецслужбы НБ своего близкого родственника Мусаева. В этой должности его сменил муж дочери — Алиев, до того возглавлявший управление НБ по Алма-Ате и таможенный комитет.

Узбекский наследник КГБ получил с 1992 г. название СНБУ (Служба национальной безопасности Узбекистана), по-узбекски эта аббревиатура звучит как ХМХУ (Хизмати Миллий Хавфсизлик Узбекистан). СНБУ располагается в Ташкенте на улице Матбоутчилар и имеет в своем составе отделы внешней разведки, контрразведки, охраны государственного строя, антитеррора, аналитики, следствия по политическим делам, пограничной охраны, оперативной работы. Помимо СНБУ в стране действуют в качестве отдельных спецслужб Управление охраны (госохрана) и Комиссия по борьбе с наркотиками, а также Военная разведка при Генштабе.

СНБУ с 1991 г. жестко преследует националистическую и исламскую оппозицию, угрожающую прозападной власти Ислама Каримова. Репрессиям были подвергнуты оппозиционные партии «Бирлик», «Эрк», «Адолат», «Хезба-Тахрири», а также объединения русских граждан в крупных городах страны и таджиков на востоке республики. Визитной карточкой узбекских спецслужб стали акции против членов этих организаций в соседних республиках СНГ. Акции такого рода на территории Российской Федерации, Украины, Казахстана, Кыргызстана проводились как в рамках взаимодействия с местными спецслужбами в духе соглашений по сотрудничеству в СНГ, так и без уведомления этих спецслужб. В 1992 г. лидеры партии «Бирлик» Пулатов и Гараев были захвачены на территории Казахстана и доставлены в Ташкент. В Алма-Ате захвачен лидер объединения таджиков в Узбекистане Бекмухамедов, его также доставили в Ташкентский следственный изолятор СНБУ. Массовый размах такие акции получили с 1999 г. после серии дерзких терактов исламистов из «Хезба-Тахрири» в Ташкенте. Только за один месяц в Казахстане и Украине были в содействии с казахстанской НБ и украинской СБУ арестованы и доставлены в Ташкент более 30 узбеков из этой экстремистской исламской группы. В том же году в Самаре арестован один из лидеров этой организации, Рузметова, в Перми совместно с ФСБ России арестован боевик «Хезба-Тахрири» Юсуп. Были попытки добраться и до скрывающихся в эмиграций в Афганистане и Турции главных командиров «Хезба-Тахрири» Намангани и Юнусова, для этого установились связи с турецкими спецслужбами и афганскими полевыми командирами. Но Джума Намангаии к тому времени успел найти надежное прибежище на юге Афганистана у Бен Ладена и его «Аль-Кайды».

Внутри страны несколько митингов радикальных националистов и исламистов расстрелял спецназ из антитеррористической группы СНБУ, например манифестацию партии «Бирлик» («Единство») в 1992 г. в Ташкенте. В 1999 г. антитеррористическая команда СНБУ штурмовала автобус в Ургенче, захваченный исламскими террористами из «Хезба-Тахрири». if ходе штурма погибли несколько заложников и три сотрудника штурмовой группы, трое террористов были убиты и пятеро захвачены в плен.

За этими действиями в республике видят руку первого руководителя СНБУ и ветерана еще советского КГБ в Узбекской ССР Гулямова. Генерала Гулямова обвиняли в создании в Узбекистане отлаженной машины для политических репрессий и во множестве других грехов, включая связи с чеченскими и афганскими группами торговцев наркотиками и личную дружбу с крестным отцом узбекской наркомафии по кличке «Шах». В личных друзьях Гулямова числился и известный полевой командир афганских узбеков Достум, он имел на территории Узбекистана надежную базу для подготовки своих отрядов и, по некоторым сведениям, соучаствовал в транзите афганского опия. На территории Узбекистана, которую сам Достум неоднократно посещал инкогнито, находились и базы для обучения и лечения боевиков его группировки. После того как в середине 90-х годов Достум был разгромлен талибами и ранен в бою, СНБУ приютила его в 1997 г. в узбекском Термезе, где Достум залечил рану и отбыл в Турцию. Эти контакты с лидерами афганских группировок и банд также приписывали Гулямову. С 1994 г. Гулямов возглавил узбекское Управление охраны, а позднее стал и государственным советником президента по безопасности. Его наследники на посту руководителей СНБУ Салихбаев, Камилов, Иноятов не отличались кротким нравом.