Однако к демократам присоединились мятежные студенты, затем исламисты «Союза мусульман» Рияда, начавшие погромы китайских иммигрантов, и после массовых волнений в Джакарте, Мидане, на Суматре и Яве режий рухнул. Сухарто ушел в отставку в обмен на амнистию, его семья отстранена от экономических рычагов власти. С должности сняты почти все высшие офицеры сухартовских тайных служб, включая зятя диктатора Прабово и его племянника Хартумо. Служивший в тайных службах сын Сухарто Хутомо («Томми») был арестован и осужден.

Палестина была признана членом ООН, ее президента и председателя Организации освобождения Палестины (ООП) Ясира Арафата принимали в других странах как главу суверенного государства, он имел свое правительство, МИД, представителя в ООН и собственные палестинские спецслужбы. При этом вся страна была оккупирована Израилем, и до 1993 г. правительство Арафата пребывало в изгнании сначала в Ливане, а затем в Тунисе. Вооруженные силы и спецслужбы, как и вся ООП, вели партизанско-террористическую войну против Израиля. Что касается спецслужб Арафата — это скорее передовые отряды иди разведка повстанческой армии.

В годы изгнания задачи спецслужб в ООП и правительстве Арафата исполняли Отдел безопасности командования (внешняя разведка и контрразведка, охрана руководства ООП) и Особая военная группа (военная разведка палестинской армии). Был в ООП и свой спецназ — диверсионная группа «Хавари» и отряд № 17. И начальники Отдела безопасности Кадцуми и Раджуб, и руководители Особой военной группы Абу-Аббас, Абу-Ияш и Абу-Джихад (убитый в 1988 г. командой «Моссад» на своей вилле в тунисском Сиди-Бусейде) участвовали в террористической войне и были связаны с террористами НФОП, «Сайка» и «Черного сентября». Говорить о них как о спецслужбах вряд ли возможно.

Можно условно считать, что спецслужбы Палестины созданы в 1993 г., когда мирный договор ООП и Израиля в Осло позволил Арафату создать свое мини-государство в Газе и на Западном берегу реки Иордан, а самого Арафата даже на Западе и в США стали официально называть «аль-раис» (президент) Палестины. Тогда и была создана полноценная Служба безопасности (по-арабски: Аль-Мухабарат Аль-Амма) — контрразведка и Тайная полиция. Ее возглавил генерал Раджуб, один из сподвижников Арафата. Последующие начальники Службы безопасности, такие как Дахлаф, Маджейда, Аль-Хинди, Балауи (в годы интифады возглавлял личную охрану Арафата), были выходцами из того же боевого крыла ООП и ее главной фракции «Фатх». Служба безопасности сразу взяла под контроль все стороны жизни в секторе Газа, здесь же разместился и ее главный штаб. Военную разведку Палестины с 1993 г. осуществляет Особая военная группа, подчиненная палестинскому Генеральному штабу и расположенная в Газе на проспекте Дир-Эль-Балаха, ее возглавил Аль-Халед. В 1993 г. выделена отдельная Служба разведки во главе с ветераном ООП Хатабом. В качестве спецназа в Газе сохранены отряд № 17 во главе с Мустафой и группа диверсий «Хавари». Помимо них создан специальный отряд «Танзим», подчиненный Арафату, им руководил Абаят, а после его гибели в 2001 г. — Баргути. При палестинском МВД появился «Антитеррористический взвод» во главе с Абу-Лехи для пресечения внутренних волнений.

«Непримиримые» — ХАМАС, «Ислами-Джихад», НФОП и группы Абу-Нидаля в 1993 г. прокляли Арафата и периодически проводили террористические акции против членов его администрации. На гибель нескольких видных деятелей ООП Служба безопасности при поддержке военной и гражданской разведки ответила непримиримым таким же террором, благо опыта было не занимать. После гибели соратника Арафата Сафтиди от рук членов бригады Абу-Нидаля один из членов руководства абу-нидалевского «Революционного совета», Салех, был выслежен и расстрелян арафатовской охранкой в ливанском Бейруте. В 1998 г. трибун «непримиримых» исламского движения ХАМАС Рантиси обвинил Службу безопасности во главе с Раджубом в ликвидации нескольких лидеров ХАМАС в Газе, в том числе в убийстве в Рамаллахе вожака ХАМАС Шарифа, гибель которого палестинцы пытались представить как акт возмездия «Моссад». Обвинения исламиста не были голословными. Рантиси в ту же ночь арестовала Служба безопасности. После протестов ХАМАС генерал Раджуб лично возглавил в Газе операцию по захвату хамасовских руководителей Мукаддида и Синари, во время которой было убито около десятка членов этой группировки.

В 1993 г. Служба безопасности сумела раскрыть заговор «непримиримых» внутри самой ООП и администрации Арафата. Заговорщики, включая нескольких бойцов охраны Арафата, планировали убить последнего во время его визита в Турцию, а помогал им в организации покушения Иран — главный патрон «непримиримых» палестинцев. По подсказке разведки Турции (МИТ) Балауи, возглавлявший в Службе безопасности отдел госохраны, раскрыл заговор. Заговорщики во главе с телохранителем президента Аль-Килани захвачены отрядом № 17 и после пыток признались, что действовали в контакте с Ираном и группой Абу-Нидаля. Отношения Палестины с Ираном настолько испортились, что в 1997 г. охранники Арафата из Службы безопасности в ходе визита их лидера на международную исламскую конференцию в Тегеране устроили во дворце заседаний кровавую драку с иранской охраной. Тот же Балауи выявил внутри палестинских тайных служб нескольких предателей, работавших на «Моссад» или радикальных террористов; среди разоблаченных были такие высокопоставленные палестинские офицеры, как Садави и Ясин, начальник отдела шифрования Службы безопасности Абу-Гани. Как правило, разоблаченных «кротов» тайно ликвидировали, списывая это на акции израильтян. Давал себя знать многолетний опыт подпольного террора, в котором Раджуб и Балауи когда-то были не последними людьми.

Акции против Израиля продолжались, а в связи с обострением конфликта Арафата с Тель-Авивом в 1999 г. разгорелись с новой силой, напоминая времена открытой интифады. Возобновились контакты палестинских спецслужб с террористами НФОП, Демократического фронта Палестины, «Черного сентября» и ХАМАС. После массовых терактов 1997–2000 гг. Израиль открыто заявил, что за террористами-смертниками, взрывавшими себя в толпе в израильских городах, стоят начальники Службы безопасности Раджуб, Балауи и Дахлан, руководитель военной разведки Аль-Халед и начальник Службы разведки Хатаб. Хатаб в 2001 г. был убит в ходе спецоперации израильтян, так же как и некоторые другие сотрудники разведки и спецназа Палестины, включая главу группы «Танзим» Абаята. По территориям Палестинского государства, подконтрольным Арафату израильтяне начали наносить авиационные удары и проводить армейские рейды. Ради общей борьбы с Израилем Арафат с 2000 г. вновь сблизился с Ираном и Ираком и начал ввозить морем в Газу оружие для своих отрядов, за это в Службе безопасности отвечал особый отдел во главе с Адваллани.

Главной спецслужбой страны считается НРУ (Национальное разведывательное управление, по-испански: National Direction de Intelligencia). Помимо отдела внешней разведки в НРУ входят антитеррористический отдел, контрразведка, тайная полиция, отдел спецопераций и оперативный отдел.

С 60-х годов при НРУ действует группа антитеррора, а также команда «Кондор» для тайных ликвидаций. К этим же акциям привлекается и армейский спецназ «Батальон спецопераций».

Преследования левых, либералов и индейских национальных лидеров в Уругвае происходили с разной степенью интенсивности в течение всего XX века. С новой силой они разгорелись в 1971–1972 гг., когда НРУ было брошено президентом Бурдабери против поднявших голову левых повстанцев «Тупамарос». «Тупамарос» и представителей их политического крыла из «Движения национального освобождения» уничтожали в момент ареста либо в политических тюрьмах НРУ, для их нелегального отстрела привлекали правых фанатиков из «эскадронов смерти». Перешедший на сторону «Тупамарос» офицер НРУ Сеговия рассказал о множестве таких акций в 1972–1974 гг., о применяемых в НРУ пытках, а также о приказе своего руководства закрывать глаза на террористические акты «эскадронов смерти» против левых. Стали известны имена сотрудников спецслужб, руководивших устранением оппозиционеров. Многие из них были убиты боевиками «Тупамарос», как Леонсио, либо захвачены и содержались в конспиративных «народных тюрьмах» повстанцев, как Бардесио. От рук левых террористов погиб и главный враг «Тупамарос» — Митрионе, возглавлявший в НРУ отдел антитеррора, его убили в Монтевидео в 1970 г.