Спецслужбы независимой Латвии начали создаваться еще до официального ее выхода из СССР в 1991 г. После окончательного обретения в конце 1991 г. независимости оформилась следующая система: разведкой и контрразведкой занималась ГПБ (Государственная полиция безопасности, по-латышски: Drosgias Policias), расположившаяся в бывшем здании латвийского управления КГБ на бульваре Райниса в Риге. Для исполнения функций госбезопасности было создано Бюро по защите конституции, или сокращенно САБ. Третьей спецслужбой стала Военная разведка при Генштабе.

Спецназ Латвии состоит из специальной группы «Белые береты», группы антитеррора при МВД «Зеленые береты» и отдельной антитеррористической группы «Омегас».

Были и притеснения ГПБ и САБ представителей русскоязычной оппозиции и лидеров просоветского «Интерфронта», и аресты с применением силы лидеров латышской компартии (ее генсек Альфред Рубике был захвачен при штурме штаба партии в 1991 г. «белыми беретами»), и покушение на командира рижского советского ОМОНа Млынека, и захват в 1992 г. двух российских генералов. В России похищен и вывезен в Латвию офицер рижского ОМОНа Парфенов, в 1993 г. он амнистирован и отпущен в Россию.

В те же годы в латышских газетах был опубликован приказ первого руководителя ГПБ Рамзикаса, в котором он призывал своих сотрудников при угрозе нападения со стороны России арестовать по заранее составленным спискам лидеров левых и русскоязычных партий, а при необходимости и уничтожить их. Такие функции возлагались на специально созданные Мобильные группы диверсий и тайных акций при спецотделе этой службы, возглавляемом латышом с американским гражданством Павловскисом, прошедшим школу «зеленых беретов» США и школу латышской эмиграции на Западе. Павловскиса и его спецотдел обвиняли в подготовке покушения на лидера латышских коммунистов Алксниса, вынужденного уехать в Россию и сменить гражданство на российское. Правительство Латвии назвало тогда «меморандум Рамзикаса» фальшивкой бывших сотрудников КГБ. Однако и последующих руководителей — Витолса, Рожнакалса, Лелюкиса, Рекшийя, Рейникса — обвиняли в антироссийской направленности., Тогда на эту тему было много разговоров и в Латвии, и в России. В качестве недругов Российской Федерации и русских в самой Латвии, составляющих почти половину населения страны, назывались также начальник Бюро по защите конституции Апелис и руководитель Военной разведки Добелис, поддерживающие крайне националистические латышские партии. По их инициативе спецслужбы помогали западным разведкам в операциях против России в регионе Балтии. Например, офицеры ГПБ Битниекс и Шмитинын вербовали российских моряков в портах Латвии, а в Российской Федерации российскими спецслужбами арестован за создание агентурной сети офицер латвийской ГПБ Боде.

Как и в Литве, многие действующие офицеры ГПБ, САБ и Военной разведки подозревались в связях с группами правого террора «Даугавас-Вагнас» («Ястребы Даугавы»), СД, «Айсзарги», «Перконкруст» («Крест грома»). После серии дерзких терактов в Латвии конца 90-х годов президент Ульманис (племянник довоенного диктатора, умершего в 1941 г. в советской тюрьме в Орджоникидзе) был вынужден начать чистку спецслужб от ультраправых радикалов. После взрывов «Перконкрустом» бомб у рижской синагоги и у посольства Российской Федерации в отставку отправлены десятки офицеров, включая начальника Бюро по защите конституции Апелиса, начальника ГПБ Лелюкиса, а также курировавшего военную разведку министра обороны Далбиньша.

После избрания президентом бывшей представительницы латышской диаспоры в Канаде Вике Фрейберге и назначения главой ГПБ умеренного Рейникса Латвию перестали склонять в российской прессе и на европейских форумах как полицейское и антирусское государство.

В Эстонии после обретения независимости в 1918 г. спецслужбы были представлены Военной разведкой (2-й отдел Генерального штаба) и службой «Кайтсе-Политсе» (Kaitse-Politse — Полиция безопасности), или сокращенно КАПО, она заведовала разведкой, контрразведкой и тайной полицией. КАПО не церемонилась с левой оппозицией, заработав репутацию жесткой спецслужбы, особенно после подавления мятежа левых в конце 20-х годов. Военная разведка до прихода советских войск в 1939 г. стала одним из главных союзников германского Абвера и финской разведки ОС, помогая союзникам в заброске агентуры и эмигрантских террористических групп в СССР. Возглавлявший Военную разведку Эстонии в 30-е годы генерал Маасииг несколько раз летал в Берлин для консультаций по поводу подрывной работы с шефом Абвера Каиарисом. В 1939 г. перед приходом Красной Армии немцы вывезли многих офицеров эстонских спецслужб в Германию, а в 1941 г. вернули их в Эстонию вместе со своими наступающими войсками. До конца войны КАПО и Военная разведка оказывали германским спецслужбам помощь в борьбе против СССР и западных союзников.

После обретения свободы в 1991 г. в Эстонии сразу была воссоздана «Кайтсе-Политсе» (КАПО). Она структурно подчинялась МВД и расположилась в Таллинне в здании эстонского КГБ на улице Пагари. Первым шефом КАПО стал Симм. Функции военной разведки и контрразведки с 1992 г. переданы Отделу военной разведки при штабе сил обороны «Кайт-сетлийт» и Генштабе. Эту службу возглавил Вяли.

На первом этапе эстонские спецслужбы шли и на аресты российских граждан, таких как лидер русского меньшинства в республике Рожок, и на заброску агентуры на Северо-Запад Российской Федерации, а также на поддержку чеченских сепаратистов на Кавказе. Военные разведчики и сотрудники КАПО арестовывались на российской территории ФСБ России за попытки создания тайных групп влияния. В 1998 г. в российском Пскове ФСБ арестован эстонский разведчик Сонн (псевдоним «Хендрик»), на допросе показавший, что операции против России курируют шеф Военной разведки Юхтеги, возглавляющий эту службу с 1993 г., и его первые заместители Каптен и Треймаа. В «Кайтсе-Политсе» подобным «российским отделом» заведовали Аллус, а затем Мяэкала. Эти же офицеры поддерживали связи с эстонскими ультраправыми группами (союз «Кодукайтсе») и использовали их активистов в работе против Российской Федерации и русских партий в Эстонии. Одним из главных направлений была вербовка добровольцев для отрядов Дудаева и поставка оружия чеченским сепаратистам. В 1995 г. среди сотрудников спецслужб проведены аресты. Нескольким арестованным сотрудникам КАПО и Отдела военной разведки при «Кайтсетлийт» предъявили обвинение в участии в продаже оружия в Чечню, воюющую Югославию хорватским «усташам» и даже ирландским террористам ИРА. Оружейный скандал стоил тогда поста министру обороны Эйнсельниу. Расследование курировал лично начальник КАПО Пихла. В отличие от предшественников у Пихлы была репутация неполитизированного профессионала, как и у сменившего его Лоодуса.

В конце 1991 г. у власти в Тбилиси были правые и националистические силы, сплотившиеся вокруг харизматического президента Гамсахурдиа и его блока «Круглый стол». Тогда же создана тайная полиция «Самципо-Ушишврозбис». Ее первым руководителем стал соратник президента по национальному движению и известный спортсмен-борец Хабулиаии, которого сменил Недава, а в дни начала антипрезидентского восстания в Тбилиси этот пост доверили Гоче Бахия. Через эту спецслужбу прошли все лидеры оппозиции и противники президента Гамсахурдиа: Чантурия, Сарйшвили, Хаиндрава, Липартиани, Шеигелая и др. На личного недруга президента и председателя Национал-демократической партии Георгия Чантурия агенты правительственных спецслужб совершили в начале 1992 г. покушение, тяжело ранив его. При вторичном покушении Чантурия был убит.

Во время мятежа зимой 1992 г. глава «Самципо-Ушишвроз-бис» Бахия руководил в осажденном повстанцами Доме Правительства пытками и казнями пленных оппозиционеров, которых убивали в бункере под резиденцией Звиада. Когда восставшие и бойцы оппозиционной группировки «Мхедриони» захватили резиденцию, в ней были обнаружены еще живые пленники, подвергавшиеся пыткам людьми Бахия.