До включения в 1940 г. в состав СССР, а затем и в период германской оккупации роль спецслужбы в Литве исполняла Полиция безопасности. При немцах она помогала СД и гестапо в охоте на коммунистов и подпольщиков. Возглавлявший Полицию безопасности в годы войны Лелейкис ушёл с немцами. Уже в конце XX века власти США выдали его в Литву, в 1999 г. ему предъявили обвинение в массовых казнях литовских евреев.

После событий 1991 г. Литва, получив независимость, в СНГ не вошла, взяв курс на сближение с Евросоюзом и НАТО. С 1991 г. президент Ландсбергис учредил три спецслужбы: ДГБ (Департамент государственной безопасности, в Литве по традиции его называют просто ГБ) отвечает за внешнюю разведку и контрразведку, ДОК (Департамент охраны края) является органом госбезопасности, тайной полиции, госохраиы и охраны границ, ДРК (Департамент разведки и контрразведки) при Генштабе — служба военной разведки и контрразведки.

Главными группами спецназначения являются «Арас» («Орел») и антитеррористический отряд «Железные волки» при ДОК, созданный в 1991 г. по приказу первого директора Департамента охраны края Аудрюса Буткявичуса.

Жесткие действия ГБ и ДОК при Ландсбергисе против левых сил, русскоязычного и польского меньшинств вызвали тревогу на Западе и у литовской интеллигенции, справедливо опасающейся скатывания к полицейскому государству. Поэтому репрессии ДОК, ГБ и спецгруппы «Железные волки» против членов запрещенной в Литве в 1991 г. компартии, а также родственников эмигрировавших в Россию местных коммунистов не всеми были встречены с восторгом. Для розыска покинувших страну литовских функционеров компартии в ГБ даже был создан спецотдел тайных операций, его возглавлял гражданин

США литовского происхождения Эйве, прошедший подготовку в рядах американских «зеленых беретов». Одной из самых громких акций стало похищение группой ГБ на территорий соседней независимой Белоруссии лидеров эмигрантского крыла компартии Литвы Бурокявичуса и Ермолавичуса.

В Москве была предпринята попытка похищения командира отряда ОМОН советской милиции в Вильнюсе Макутыновича, которого у литовцев отбила московская милиция.

Сотрудники ДОК и ГБ засветились на контактах с боевиками Дудаева в Чечне, в 1994 г. в руки российской контрразведки попал литовский инструктор чеченцев Сосновскис, оказавшийся сотрудником Департамента охраны края  впрочем Вильнюс официально отрекся от своего агента и назвал его добровольным наемником. Одновременно в России выявлены контакты чеченских криминальных группировок с литовской разведкой, со стороны ГБ совместные операции с чеченцами в наркобизнесе прикрывал кадровый разведчик Вайтенкус. В то же время других сотрудников разведки ГБ (Арбачаускаса, Пятрониса и др.) обвиняли в вербовке русских граждан Литвы, которых засылали затем в Россию.

Недостаток агентуры, зарубежных кадров и просто квалифицированных сотрудников в литовских спецслужбах привел к тому, что в рядах этих структур оказалось множество непроверенных национальных кадров. Встречались и ярые националисты, и откровенные дилетанты, и мошенники, что также создавало проблемы и вело к различного рода скандалам. Так, в 1994 г. в ДГБ службой внутренней безопасности был арестован офицер Виткунас, который использовал секретные документы и оперативную информацию для шантажа литовских политиков в своих личных целях.

После ухода Ландсбергиса и радикалов бывшего «Саюдиса» в спецслужбах поменяли курс и кадровую политику, от ярых националистов начали избавляться под разными предлогами. Те приняли новую власть в штыки, а так как их позиции в ДОК, ДРК и ГБ были довольно сильны, то сразу после прихода к власти левых и Бразаускаса начались массовые акции неповиновения в ДОК и ДГБ. Отказалось принять новую власть и было расформировано каунасское отделение ГБ во главе с Байронисом.Более 100 сотрудников ДОК во главе с Масквитисом ушли с оружием в леса для партизанской борьбы против левой власти, позднее они покинули партизанскую базу в обмен на амнистию. Эта кампания закончилась уходом с руководящих постов ДГБ Юргялиса и ДОК Буткявичуса. Во главе ДГБ социалисты поставили Лауринкуса, ДОК возглавил Линкявичус. Для основателя Департамента охраны края и ветерана движения «Саюдис» Буткявичуса неприятности на этом не закончились. В 1997 г. его привлекли к суду за коррупцию в его ведомстве и участие в незаконной торговле оружием. На суде Буткявичус козырял своим героическим прошлым борца с империей, а затем заявил об имеющемся у него компромате на многих политиков Литвы, бывших осведомителями КГБ СССР. В числе предателей бывший глава ДОК называл даже Ландсбергиса, но подобные заявления ему не помогли, и он был осужден.

Эти же годы отмечены в Литве скандалом в связи с участием многих офицеров спецслужб в тайных группах правого террора, которые не только прикрывали и снабжали необходимой информацией террористов из групп «Пяркунас» («Гром»), СКАН, «Юодварнис» («Черный ворон»), ДСОК («Добровольная служба охраны края», создана ультраправыми отставниками из ДОК в 1994 г.), но и являлись непосредственными разработчиками и исполнителями терактов. Многие из них были изобличены как участники этих групп в 1995–1999 гг. В 1997 г. вильнюсское управление ДГБ арестовало целую группу бывших и действующих сотрудников ДОК, готовивших покушение на белорусского президента Лукашенко во время его визита в Литву. Еще один член ДОК и тайный член группы «Юодварнис» Абромавичус сам явился с повинной и дал показания на своих коллег, пытавшихся сделать из «Юодварнис» «эскадрон смерти». Бывшие товарищи не простили ему измены: вскоре он погиб от взрыва бомбы, прикрепленной к днищу его автомобиля. Расследование позволило арестовать многих тайных членов «Юодварнис» в спецслужбах, включая его организатора и начальника ДОК по Шяуляю Тарлекиса. В 2000 г. после долгого розыска полиция арестовала в Варене скрывшихся лидеров «Юодварнис» и бывших офицеров ДОК Кяпажинскаса и Навениса, их соратник Шмидтас ранил в перестрелке полицейского и скрылся. Аресты проведены даже среди зарубежной агентуры литовских спецслужб, сотрудник ДОК Незомавичус арестован в США при попытке закупки оружия для тайных групп и переправки его в Литву.

В те же годы под следствие попали и представители пограничного управления ДОК Якубенас, Чипас, Станкявичус. Их обвиняли в том, что они проинформировали спецслужбы Белоруссии о незаконном пересечении литовско-белорусской границы телевизионной группой компании ОРТ во главе с Павлом Шереметом. Шеремет был арестован белорусским КГБ и осужден за нелегальный переход границы, а литовские пограничники из ДОК попали под следствие за разглашение служебной тайны. Еще до скандала с группой Шеремета под следствие попал сотрудник ДОК Стайкис, застреливший на личной почве белорусского сотрудника МВД Фиряса.

В 1999 г. новый президент Литвы Вальдас Адамкус обнаружил слежку ДОК. Как выяснила президентская охрана, слежку за президентом и премьер-министром Вагнорюсом и сбор компромата на них вела тайная группа правых из ДОК и ДГБ. Действовали заговорщики по просьбе их кумира и спикера литовского Сейма Ландсбергиса и разделявшего правые взгляды главы МВД Литвы Жемялиса. Жемялис был немедленно уволен, Ландсбергиса спасла депутатская неприкосновенность. По приказу Адамкуса шеф литовской ГБ Лауринкус провел чистку в специальных службах. В 1999 г. из ДОК и ДГБ уволены более сотни сотрудников правых взглядов. Уволены и последние из тех немногих, кто в советское время служил в КГБ или ГРУ. Адамкус взялся за кадровое обновление и коррекцию имиджа спецслужб. В отличие от Ландсбергиса или Бразаускаса выходец из литовской эмиграции в США Адамкус не был обременен обязательствами перед «героями борьбы с советской империей».

Латвия в период довоенной независимости тоже имела свои профессиональные спецслужбы: «Слепенай-Диенстс» (Slepenai-Diensts — служба безопасности), исполнявшая роль разведки и контрразведки, а также служба тайной полиции «Земессаргас». Они вели активную работу по подавлению левой и коммунистической оппозиции в годы жесткой власти Карлиса Ульманиса, а в 30-е годы помогали в диверсионных действиях против СССР сначала белой эмиграции, а затем разведкам гитлеровской Германии и ее союзников. В 1924 г. начальник «Слепенай-Диенстс» Шмидкоф оказался причастен к провокации резидента британской МИ-6 в Латвии Блэйка, который с помощью белоэмигранта Покровского изготовил фальшивые «директивы советской ЧК», предполагающие организацию коммунистического мятежа в Англии. В 1940 г. и после вторичного прихода в Латвию советских войск в 1945 г. многие сотрудники «Слепенай-Диенстс» и «Земессаргас» были репрессированы новой властью.