После поражения в Тбилиси силы, верные президенту Гамсахурдиа, отошли в леса Западной Грузии и несколько лет продолжали партизанскую борьбу. Только после гибели в Мингрельских горах самого Звиада Гамсахурдиа в новогоднюю ночь 1994 г. и разгрома крупных отрядов «звиадистов» это движение было подавлено. Бахия в эти годы был командиром крупного отряда «звиадистов», прославившись в Западной Грузии захватами в заложники чиновников нового режима Госсовета. В 1995 г. он погиб в одном из боев с войсками Госсрвета. На этом история спецслужб режима «звиадистов» в Грузии закончилась и началась эпоха Шеварднадзе.
Госсовет в 1992 г. передал власть бывшему председателю КГБ, а затем и партийному лидеру Грузии советских времен, а затем и министру иностранных дел СССР Эдуарду Шеварднадзе. Понемногу «белый лис», как звали в Грузии Шеварднадзе, устранил от власти лидеров Госсовета, а некоторых посадил за решетку, например руководителя восстания в Тбилиси 1992 г. Тенгиза Китовани. Затем были разгромлены остатки «звиадистов», расформирован вооруженный союз «Мхедриони», приведший Шеварднадзе к власти, а лидер «мхедрионцев» Джаба Иоселиани также оказался в тюрьме. С середины 90-х в Грузии установился режим личной власти Шеварднадзе.
С 1993 г. в Тбилиси действует следующая система спецслужб. Разведкой заведует Информационная служба, основанная в 1993 г. Батиашвили. Позднее она переименована в Департамент разведки, и сейчас им руководит Автандил Иоселиани. Функции контрразведки и тайной полиции исполняет Служба безопасности (СБ), позднее переименованная в Министерство государственной безопасности (МГБ), в его обязанности входит антитеррористическая деятельность, пограничная охрана, борьба с оргпреступностью и спецоперации. Самыми известными министрами госбезопасности при Шеварднадзе были Георгадзе, Квирая, Гахокидзе, Кутателадзе, и почти все они покинули свой пост в результате громких скандалов. Третьей спецслужбой стала Служба государственной охраны, сосредоточившаяся на охране государственных деятелей и спецобъектов. Госохрану основал и возглавлял генерал Кутателадзе, после перехода его на должность министра госбезопасности на этот пост поставлен Гаголадзе.
Непростые времена и политическая обстановка в Грузии 90-х годов требовали создания сильных групп спецназначения. Ими стали антитеррористическая группа «Омега», а в армии — диверсионная команда «Белый легион» и антитеррористический «Коджорский батальон».
При Шеварднадзе спецслужбы прошли школу активных действий против оппозиции. Были уничтожены все видные лидеры «звиадистов». Так, в ходе операций МТБ с привлечением группы «Омега» и армейского спецназа в 1993–1998 гг. убиты Эсебуа, Бахия, Шония, Элиава, Гвалиани. Причем некоторых из них, как, например, Элиаву, ликвидировали уже после сдачи в плен в обмен на амнистию. Министр госбезопасности при Шеварднадзе Игорь Георгадзе, сын лидера грузинской компартии, лично руководил массовыми казнями «звиадистов» в Зугдиди, Поти, Сенаки и по всей Западной Грузии (Мингрелии). Он же в 1994 г. курировал операцию по окружению и уничтожению в мингрельском лесу Гамсахурдиа и его охраны, окруженный Гамсахурдиа покончил с собой. По распространившимся в Грузии и за ее пределами слухам, в этой операции Георгадзе и его спецназовцам помогали инструкторы из российского ГРУ. Операции в Мингрелии и Кахетии против «звиадистов» выдвинули и других руководителей МГБ. Сменивший Георгадзе в 1995 г. Квирая был известен личным участием в Хоби в расстреле сотрудниками МГБ раненых «звиадистов». В Тбилиси митинги сторонников Гамсахурдиа разгонялись и даже расстреливались спецназом, во время таких акций в 1993 и 1995 г. количество убитых со стороны митингующих «звиадистов» достигало десятков человек. В 1994 г. появились первые сведения о внешней деятельности грузинских спецслужб, в частности в странах СНГ В 1994 г. грузинская разведка арестовала в Киеве и вывезла в Грузию лидера звиадистского партизанского движения Лоти Кобалия, бывшего при Гамсахурдиа министром обороны.
Была разгромлена организация «Мхедриони», перешедшая в оппозицию президенту, кое-кто из ее лидеров погиб при неясных обстоятельствах, другие вместе с руководителем «Мхедриони» Иоселиани арестованы МГБ и отправлены в Орчатальскую тюрьму, известную как острог для политзаключенных еще в царской России. Также преследовались и лидеры Национал-демократической партии и Национального конгресса, и представители ультракоммунистических групп. Лидеры армянской общины в Грузии «Джавакх» заявили в прессе, что МГБ Грузии получило задание от Шеварднадзе организовать их тайные ликвидации.
Такие же силовые акции предпринимались и в отношении населения Абхазии и Южной Осетии, в которых грузинское руководство в 90-е годы безуспешно пыталось подавить сепаратистские движения. В результате военных действий грузинская армия была выбита абхазскими ополченцами из Сухуми и осетинами из Цхинвали. МГБ и Департамент разведки вели при этом настоящий террор в тылу абхазов и осетин, особенно в абхазскую войну 1992–1993 гг. В 1994 г. российские спецслужбы в Сочи арестовали диверсионную группу из четырех грузин, готовивших теракты в Абхазии, все они оказались сотрудниками МГБ.
События в жизни МГБ 1993–1995 гг. связаны с Георгадзе. Именно он стоял за многими тайными акциями против «звиадистов», национал-оппозиции президенту, абхазских и осетинских сепаратистов. При нем МГБ и внешняя разведка Грузии начали свои операции в СНГ, куда Грузия вступила в 1993 г., и дальнем зарубежье. Георгадзе имел хорошие связи в российских спецслужбах и организовал направление в Грузию инструкторов ФСБ и ГРУ, а также налаживал отношения со спецслужбами Запада, пригласив их спецов для обучения президентской охраны и антитеррористических отрядов. Российская контрразведка в 90-е годы фиксировала контакты грузинской разведки и МГБ с чеченскими террористами, передачу им оружия. Так, большая партия оружия была передана чеченцам из отрядов Аслана Масхадова в Панкисском ущелье у российскогрузинской границы, в обмен чеченцы передали несколько заложников из числа грузинских граждан. В Тбилиси появлялись лидеры чеченских боевиков Радуев, Арсанов («Змей»), Удугов, объявленные Россией в международный розыск по линии Интерпола. Здесь же в грузинской столице официально и под крылом грузинского МГБ действовало представительство «Республики Чечня — Ичкерия» во главе с Алдановым. В Панкисском ущелье Грузии базировался отряд чеченских боевиков Гелаева, и представители МГБ встречались с лидерами бандитов, в частности такие встречи проходили в селе Дуиси.
1995 год стал переломным для молодых грузинских спецслужб. К букету обвинений в массовых убийствах и преследовании оппозиции, связях с грузинскими «ворами в законе» и чеченскими террористами, причастности к торговле наркотиками и оружием добавилось и соучастие в попытке государственного переворота с покушением на президента страны. В числе заговорщиков, ставивших своей целью свалить Шеварднадзе, оказался и министр госбезопасности Георгадзе. Осенью 1995 г. взрыв на пути кортежа президента вызвал жертвы и разрушения, сам Шеварднадзе был лишь слегка оцарапан осколками. Уже спустя месяц спецслужбы заявили, что взрыв организовали террористы группировки «Мхедриони» во главе с известным криминальным авторитетом Иоселиани и их союзники — заговорщики из МГБ во главе с руководителем этого ведомства Георгадзе. К концу 1995 г. «Мхедриони» была ликвидирована, а ее руководство арестовано. Массовые аресты прошли и в МГБ, включая специалистов антитеррористического и специального отделов, обвинявшихся в исполнении терактов. Арестован и заместитель министра госбезопасности Хачишвили, сам министр Георгадзе успел выехать в Россию. Он не раз затем открыто появлялся в Москве, давал обширные интервью, несмотря на то что своим бывшим ведомством был объявлен в международный розыск по обвинению в терроризме. Георгадзе призывал к борьбе с коррумпированным и авторитарным режимом Шеварднадзе, но своего участия в тбилисском теракте не признавал. Один из главных обвиняемых в теракте, соратник Георгадзе и офицер МГБ Папуашвили, «скончался от инфаркта» прямо во время допроса в изоляторе своего бывшего ведомства. По итогам того же следствия власти обвинили в пособничестве заговорщикам российские спецслужбы и прямо заявляли, что Георгадзе успел покинуть Грузию под носом у группы захвата на российском военном самолете с военной базы в Вазиани. Тремя годами позднее Георгадзе якобы оказался соучастником покушения на Шеварднадзе в Тбилиси, когда президентский кортеж был обстрелян из засады на набережной Куры и погибли два телохранителя. В организации этого теракта обвиняли также и звиадистское подполье, и чеченских террористов из группы Радуева «Волки». Грузии удалось добиться ареста в Российской Федерации и экстрадиции в Тбилиси лидера звиадистской эмиграции Абснадзе, бывшего при Гамсахурдиа министром финансов. Георгадзе до сих пор не найден, недавно его следы обнаружились в Австрии.
