Ли Цзы-чэн осуществил реорганизацию своих войск, насчитывавших почти миллион воинов. Армия комплектовалась путем мобилизации боеспособного мужского населения от 15 до 45 лет. Она состояла из 5 крупных соединений и множества мелких (отрядов). Отряды создавались по профессиональному признаку: существовали отряды портных, конюхов, музыкантов и т. п. В армию входила как пехота, так и конница. Каждое подразделение имело знамя или бунчук. У части повстанцев было огнестрельное оружие. Руководство повстанческой армией строилось на принципе строгой централизации. Для обсуждения основных военных вопросов (тактики, планов боевых операций и взаимодействия) существовал военный совет, в состав которого входили Ли Цзы-чэн и его ближайшие соратники-командиры 5 крупнейших соединений. Этот совет руководил не только военными, но и гражданскими делами. Он был верховным органом власти восставших, центром политического руководства всей крестьянской войной.

Армию Ли Цзы-чэна отличали строгая дисциплина и высокая организованность, слаженность и быстрота в военных передвижениях. Ли Цзы-чэн строго следил за соблюдением военной тайны. Дезертирство сурово наказывалось. Солдатам категорически запрещались грабежи и самоуправство. Укравший хотя бы одну курицу или потоптавший посевы, говорилось в одном из распоряжений Ли Цзы-чэна, немедленно подлежит смертной казни. Держать при себе золото, серебро и другие ценности воинам не разрешалось, кроме небольшой суммы денег, полученной в виде награды. Снабжение солдат осуществлялось в централизованном порядке главным образом за счет обложения феодалов.

В 1643 г. совет руководителей восстания принял решение о наступлении на столицу Пекин с целью политического переворота.

В конце этого года крупные силы повстанцев, преодолев упорное сопротивление большой группы императорских войск, овладели горным проходом Тунгуань и затем вступили в Сиань — главный город Шэньси. В Сиани в начале 1644 г. Ли Цзы-чэн был провозглашен императором, а его соратники получили высокие титулы.

Одновременно армия Чжан Сянь-чжуна громила феодалов в Сы-чуани. Эта провинция стала его опорной базой. В Чэнду, названном Западной столицей, повстанцы провозгласили Чжан Сянь-чжуна императором. Под его руководством началось создание самостоятельного государства, формирование органов правительственной власти и административного аппарата.

Минское правительство тщательно готовилось к обороне столицы. Для помощи в инженерно-фортификационных и артиллерийских делах командование привлекло иезуита Адама Шааля. Но войско, как только армия Ли Цзы-чэна подступила к Пекину, не пожелало сражаться с восставшими. Часть солдат подняла мятеж, убила своих командиров и присоединилась к Ли Цзы-чэну. В руки повстанцев попала артиллерия. Вскоре гарнизон сдался, отворились городские ворота, и армия Ли Цзы-чэна 25 апреля 1644 г. вошла в Пекин. В голове армии верхом на вороном коне въехал в столицу сам Ли Цзы-чэн, одетый, как всегда, просто: в костюме из синего холста, на голове войлочная широкополая шляпа, на ногах кожаные сапоги.

Минский император перед вступлением восставших в «Запретный город» повесился на дереве. В последний момент он еще сделал попытку спасти положение, обратившись к народу с покаянным манифестом, в котором содержались признания в тяжких преступлениях его правительства, слезные мольбы о пощаде и всевозможные обещания жителям столицы и всей Поднебесной. Но было уже поздно. Минская монархия была низвергнута восставшим народом.

В этих горячих строках воспел победу крестьянской армии Ли Цзы-чэна поэт Шао Янь-сян.

Ли Цзы-чэн призвал население столицы к спокойствию и соблюдению порядка. Деловая жизнь города продолжалась. Бедноте оказывалось вспомоществование. Тюрьмы были освобождены от заключенных. Все высшие чиновники (около 500 человек), совершившие преступления перед народом, были заточены в тюрьмы или обезглавлены. На феодалов и сановников была наложена контрибуция.

Повстанцы приступили к созданию новой власти в Пекине. Главой крестьянского государства считался Ли Цзы-чэн. Совет главных повстанческих вождей, состоявший из 20 человек во главе с Ли Цзы-чэном, являлся высшим органом гражданской и военной власти. Этот государственный совет управлял традиционными шестью ведомствами. Прежняя структура центрального государственного аппарата, в общем, сохранилась, но в более упрощенном виде. Штат чиновничьего аппарата был резко уменьшен и обновлен. Всякие попытки взяточничества и самоуправства сурово пресекались.

Остальная захваченная восставшими территория была, как и прежде, поделена на области, округа и уезды. Во главе каждого административного района ставились выходцы из повстанческих рядов. В некоторых городах стояли повстанческие гарнизоны.

Крестьянская власть отменила старые поборы, аннулировала прежнюю налоговую систему. Повстанцы уничтожали учетные записи, истребляли чиновников и крупных землевладельцев. Крестьянские дворы в районах, уже давно находившихся в руках восставших, облагались незначительной податью, составлявшей, по-видимому, не более 5 % минского налогообложения.

Однако создать сколько-нибудь крепкую государственную организацию повстанцам не удалось. Эту задачу они не могли разрешить в силу социальной природы крестьянства. Единственной реальной силой, на которую теперь, после низвержения Минской династии и развала правительственной армии, мог рассчитывать господствующий класс, были наиболее многочисленные и боеспособные войска крупного минского военачальника У Сань-гуя, стоявшие на маньчжурском фронте. Это понимали и повстанческие вожди, поэтому руководящий совет восстания предпринял попытку вступить в переговоры с У Сань-гуем с тем, чтобы склонить его к поддержке нового правительства. Но и феодалы не дремали; они требовали от У Сань-гуя решительных мер против восставших. Старый сановник-генерал недолго колебался: его симпатии и стремления были, разумеется, на стороне господствующего класса, и, с негодованием отклонив призывы Ли Цзы-чэна, он начал подготовку к карательному походу. Однако одолеть могущественную крестьянскую армию только своими силами У Сань-гуй и не рассчитывал. В страхе перед широким народным движением он пошел на прямое предательство: 8 раз отправлял он своих послов к маньчжурам, наконец, поехал к хану сам, раболепно заявил ему о своем согласии признать себя подданным маньчжурского властителя, обещал выплачивать большую дань, и сделка состоялась. У Сань-гуй открыл маньчжурам проходы в Великой стене. Еще ранее, узнав о начавшихся переговорах У Сань-гуя с захватчиками, Ли Цзы-чэн немедленно бросил крупные силы своей армии на север и захватил ряд важных военных проходов-застаз у У Сань-гуя. Подойдя к Шаньхайгуаню, повстанцы разгромили аванпосты минской армии. К этому времени было подписано соглашение У Сань-гуя с маньчжурским ханом. Тайно был разработан общий план военных действий. Но Ли Цзы-чэну не было известно об этом сговоре.

В генеральном сражении 24 мая военное счастье вначале явно клонилось в сторону двухсоттысячной армии Аи Цзы-чэна. Но в тот самый момент, когда солдаты изменника У Сань-гуя начали уже отступать, в битву неожиданно для восставших вступила стасорокатысячная маньчжурская конница и фланговым ударом смяла повстанческие ряды. У Сань-гуй продолжал теснить повстанцев.

Отступив к Пекину, повстанческий совет принял решение не оборонять город и отойти на запад. Этого требовали главным образом интересы сохранения боевых сил. Кроме того, Ли Цзы-чэн опасался лишиться продовольственных ресурсов, а главное — остаться в окруженном городе, в отрыве от крестьянской массы — его социальной опоры. Нельзя было также не учитывать явно враждебного отношения значительной части столичного населения.