Помітно змінився й оновився командний склад армії. Отамани та непрофесійна молодь були у більшості витіснені добірними фахівцями — перевалено штаб-старшинами з освітою Генерального штабу. Так, Запорізьку групу очолив полковник Генерального штабу Володимир Сальський (свого часу, у 1912 р., він першим закінчив Миколаївську військову академію), його начальником штабу став полковник Генерального штабу Микола Воскобойніков. Начальником Волинської групи (до якої входили 1-ша та 4-та дивізії) було призначено полковника Генерального штабу Всеволода Петрова. До штабу групи Січових Стрільців, керівником якої залишався Євген Коновалець, було надіслано добірних військових фахівців, а сам штаб із березня 1919 р. очолював військовий старшина Марко Безручко. Начальником 3-ї дивізії було поставлено військового старшину Генерального штабу Олександра Удовиченка. Таким чином усі штаби з’єднань укомплектувалися добірними фахівцями, перевалено — з освітою Миколаївської військової академії.

Виняток становила тільки 2-га дивізія «Запорізька Січ», на посаду начальника якої, за наполяганням Осецького, було призначено отамана Юхима Божка, який ніякої влади над собою не визнавав, наказів не виконував і діяв на власний розсуд. Зняти його з цієї посади було досить важко — отаман погрожував з усією дивізією залишити фронт. Урешті 25 серпня 1919 р. Божка було викликано до штабу Дієвої армії, де під час сварки з Василем Тютюнником останній вихопив пістолет та вистрілив отаманові в голову. Божко втратив око, а дивізія його незабаром зазнала переформування^{220}.

У вищому командному складі армії також відбулися суттєві зміни. 23 липня 1919 р. Андрій Мельник залишив місце начальника штабу армії та перейшов на службу до штабу групи Січових Стрільців, а 26 липня від обов’язків Наказного Отамана було усунуто Олександра Осецького, а саму посаду ліквідовано. Командувачем Дієвої армії УНР став Василь Тютюнник, начальником штабу — генерал Володимир Сінклер.

Окрім того, 23 липня на територію Української Народної Республіки під тиском поляків відступила Українська Галицька армія. Уряд ЗУНР та командування УГА виїхали до Кам’янця-Подільського. Задля спільного керівництва операціями Дієвої армії УНР та Української Галицької армії при Головному Отамані Симоні Петлюрі було створено штаб, який очолив генерал-лейтенант російської армії, колишній професор Миколаївської військової академії Микола Юнаків.

Велику увагу приділено й запровадженню дисципліни в Дієвій армії УНР — як серед вищого командного складу, так і серед козаків. Важливим кроком до цього було видання наказу Ч. 75 від 24 травня 1919 за підписами Петлюри, Осецького та Мельника:

Одним із головних інструментів до впровадження дисципліни в Армії УНР була Т. зв. державна інспектура — аналог інституту комісарів у Червоній армії, початки якої слід шукати в інспекції національно-культурних справ, створеній за наказом Генерального штабу Ч. 110 від 2 лютого 1919 р. на чолі з полковником Олександром Пилькевичем. Назва інспекції цілком відповідала її завданню — ширення освіти серед вояків та популяризація української національної культури^{222}.

16 травня 1919 р. відбулася реорганізація інспекції національно-культурних справ, яка тепер дістала назву державної інспекції. Її начальником було призначено Володимира Кедровського — одного з найближчих співробітників Симона Петлюри по Українському генеральному військовому комітеті в 1917 р. Тепер до повноважень інспекції входили: сприяння дотриманню законності та правопорядку у військових частинах (запобігання погромам, мародерству, незаконним розстрілам тощо), плекання бойового та національного духу серед старшин і козаків, агітація та контрагітація, забезпечення мобілізації молодих козаків і налагодження справи постачання.

Діяльність державної інспекції (або — державної інспектури, як її називали у війську), мала як позитивні, так і негативні сторони. Про позитивність дій державних інспекторів 9-ї Залізничної дивізії можна зробити висновок, ознайомившись із відповідним архівним фондом^{223}. Державні інспектори залізничників справді вболівали за українську справу, боролися з погромами та мародерством, сприяли налагодженню постачання та мобілізації. Так само добру пам’ять по собі залишили державні інспектори Запорізької групи — про них із великою симпатією згадував один з авторитетних мемуаристів — Володимир Євтимович^{224}.

Негативні моменти з діяльності деяких державних інспекторів з іронією згадували командир 7-го Синього полку 3-ї дивізії Олександр Вишнівський і вояк Київської групи Юрка Тютюнника, у майбутньому — відомий український філолог Борис Антоненко-Давидович^{225}.

Після подій останнього півріччя Дієва армія УНР добре сприймала всі здорові зміни, що відбувалися наприкінці травня 1919 р. Старшинський склад прагнув за будь-яку ціну повернути в армію дисципліну, і цією ціною став розстріл колишнього командувача Лівобережного фронту полковника Петра Болбочана.

Прибувши до Запорізької групи на початку червня 1919 р., Болбочан був радо прийнятий частиною командного складу, насамперед своїми колишніми підлеглими по 2-му Запорізькому полку. Після арешту полковника у січні 1919 р. запорожці зазнали чимало бід: сваволя отаманів Данченка і Волоха навесні 1919 р., полон Республіканського полку та інтернування в Румунії. Під час переходу через Румунію командувачем Запорізької групи був Іван Дубовий — молодий хоробрий старшина, штабс-капітан російської армії. Але досвіду керування таким великим з’єднанням, як група, він не мав, і йому на заміну поставили досвідченого полковника Сальського. Останнього запорожці сприйняли з осторогою, не знаючи, чого чекати від нового начальника. Саме у той час до групи з’явився Болбочан, і більша частина командного складу запорожців запропонувала полковникові прийняти свою попередню посаду. Його згода повністю суперечила існуючій військовій дисципліні, особливо в розрізі останніх заколотів, зрад і розгромів.