Фактично справа організації військ Директорії та ведення нею бойових дій проти формувань Скоропадського була передана до рук помічника Мельника — начальника оперативного відділу, 28-літнього військового старшини Василя Тютюнника — колишнього помічника начальника оперативного відділу Генерального штабу полковника Євгена Мешковського. Саме Тютюнник і його невеличкий штаб, який спочатку складався лише з 17 осіб, керував бойовими діями повстанців проти військ Скоропадського. До штабу переважно належали діячі українського військового руху 1917 р. Так, начальником мобілізаційного відділу був колишній член Українського генерального військового комітету Володимир Кедровський, начальником відділу Вільного козацтва — Михайло Ковенко, отаманом до доручень — колишній комісар Центральної Ради при 1-му Українському корпусі Осип Віденко тощо.

Проти Директорії та січових стрільців із Києва гетьман вислав 1-шу Офіцерську дружину полковника Святополка-Мирського, 4-й Сердюцький полк та дивізіон Лубенського Сердюцького кінно-козацького полісу. Але у бою під станцією Мотовилівка 18 листопада 1918 р. січові стрільці розбили 1-шу Офіцерську дружину, а 4-й Сердюцький полк і дивізіон Лубенського кінно-козацького полку без бою перейшли на бік Директорії.

Розгром під Мотовилівкою став сигналом до повстання проти влади П. П. Скоропадського та німців по всій Україні. На Харківщині Запорізька дивізія на чолі з Болбочаном роззброїла місцеві офіцерські дружини та кадри 7-го Харківського корпусу (згодом їх було включено до складу військ Директорії). Сірожупанна дивізія на чолі із сотником Палієм очистила від офіцерських загонів більшу частину Чернігівщини. На Поліссі за допомогою старшин та козаків Окремого Чорноморського коша було зорганізовано 1-шу та 2-гу дієві повстанські дивізії. На Київщині до складу військ Директорії перейшли кадри 8-ї дивізії 4-го Київського корпусу, а також із повстанців було сформовано дві нові дивізії — 1-шу та 2-гу Дніпровські. Нарешті, 21 листопада на бік Директорії перейшов начальник 2-го Подільського корпусу генерал Петро Єрошевич з усіма своїми військами.

По всій Україні у кадрових частинах Української армії відбувався розкол. Прихильниками Добровольчої армії генерала А. І. Денікіна ставали переважно генерали, полковники та підполковники, а Українську Народну Республіку підтримала основна маса молодих старшин, більшість із яких закінчила Інструкторську школу. Так, 3-й Херсонський та 8-й Катеринославський кадрові корпуси заявили про свій перехід на бік білогвардійців і вивісили над казармами російські прапори. Молоді старшини-українці залишили ці підрозділи та створили нові національні формування: на півдні — 5-ту Одеську та 6-ту Миколаївську дивізії, на Катеринославщині — полки Т. зв. Катеринославського коша на чолі з отаманом Гулієм-Гуленком — представником Директорії у цьому регіоні.

Частини 1-го Волинського корпусу у своїй переважній більшості оголосили нейтралітет. Незабаром всі вони були роззброєні повстанцями, а згодом влилися до складу військ Директорії.

7-ма дивізія 4-го Київського корпусу, як і інші частини, що дислокувалися в Києві — Сердюцька дивізія, Інструкторська школа старшин тощо — змушені були виступити на фронт проти військ Директорії. Проте вже на позиціях вони в одноосібному порядку підписали мир із січовиками, чорноморцями та дніпровцями, й участі у боях із військами Директорії фактично не брали.

У 5-му Чернігівському корпусі переважна більшість молодих старшин категорично відмовилася боротися проти повстанців. Генералам за допомогою місцевих офіцерських загонів довелося заарештувати ледь не всю 9-ту дивізію. Однак невдовзі Чернігів та Чернігівщина були цілком зайняті сірожупанниками, а молодші старшини, звільнені з-під арешту, в складі свого корпусу ввійшли до Дієвої армії УНР. Так само, кадрові частини 6-го Полтавського корпусу намагалися організовано чинити опір повстанцям Директорії, але після стрімкого наступу 2-го Запорізького полку на чолі з сотником Іваном Дубовим із Харкова до Лубен та Полтави також мусили скласти зброю. Згодом 6-й корпус, як і інші кадрові частини, був зарахований до військ Директорії.

Фактично провадити боротьбу проти останніх намагалися тільки офіцерські дружини, розташовані у Києві. Але вже з кінця листопада 1918 р. місто опинилося в цілковитій облозі. Узяти його штурмом заважали німці, які поставили Директорії вимогу ввійти до Києва тільки після остаточного від’їзду місцевих німецьких залог. На фронті під Києвом бої майже не велися: частини Директорії та офіцерські загони, зайнявши свої позиції, не переходили до активних дій.

У ніч з 13 на 14 грудня 1918 р. у Києві вибухнуло збройне повстання. Зорганізували його 120 молодих старшин і повстанців, свого часу заарештовані гетьманською владою за симпатії до Директорії, що сиділи на міській гауптвахті — на Печерську. Керівниками повстання стали відомі повстанські діячі Юрко Тютюнник, Андрій Вовк та Семен Голуб, напередодні полонені офіцерськими дружинами. Протягом ночі повстанцям вдалося захопити весь Печерськ, роззброїти кілька офіцерських відділів, панцерний дивізіон, а також — Власний гетьмана конвой^{188}.

Зранку 14 грудня гетьманські частини, які перебували на позиціях під Києвом, дізналися про повстання у місті. Кадри українських військ — підрозділи 4-го Київського корпусу та Сердюцької дивізії — покинули фронт і відійшли до своїх міських казарм, де негайно оголосили про перехід до складу військ Директорії. Офіцерські загони також відступили до Києва та зібралися у приміщенні Педагогічного музею. Згодом вони склали зброю перед вояками Чорноморського коша і заявили, що не збираються продовжувати боротьбу проти Директорії, а прагнуть лише одного — дістатися до Добровольчої армії для боротьби з більшовиками.

Керівники київської офіцерської авантюри — генерали Долгоруков та Кірпічов, утекли з міста разом зі своїми штабами під прикриттям німецького панцирного потяга. Їхній приклад наслідував і Павло Скоропадський, попередньо підписавши зречення від гетьманства. Лише граф Келлер був заарештований повстанськими загонами і незабаром розстріляний агентами Особливої слідчої комісії отамана М. Ковенка під пам’ятником Богданові Хмельницькому — ніби під час спроби до втечі.

Протягом наступних днів до Педагогічного музею було звезено ще кілька роззброєних військами Директорії офіцерських загонів, захоплених на Чернігівщині, Полтавщині та Волині. Таким чином тут загалом зібралося близько 4 тис. офіцерів-білогвардійців. Для вирішення справи з полоненими офіцерами Директорія створила слідчу комісію на чолі з генералом Федором Колодієм. Останній 21 грудня подав у київських газетах план врегулювання цього питання: