Однако вскоре защитник украинских прав в полной мере смог убедится в том, что типажи типа Василенко — это для данного политического течения скорее исключение из правил, а верховодят там персонажи типа господина Грушевского. И что созданное ими государство по количеству негатива за несколько месяцев значительно переплюнет Российскую империю, набиравшую его десятилетиями.

В 1917 году у Вернадского обнаружили туберкулез, и он уехал в Полтаву подлечиться. Но не только этим объяснялся переезд учёного: из-за разбушевавшейся революционной бури в Петрограде стало небезопасно находиться. Именно из Полтавы Вернадский пишет несколько писем Василенко, в которых весьма сетует на действительность, проистекающую на землях, подконтрольных Центральной Раде. В этой переписке есть и такие строчки: «Здесь положение очень неустойчивое. Начинается усиленная украинизация, вызывающая скрываемую внутри ненависть; в некоторых местах взрослые люди боятся говорить «по-украински» (но как говорят!), боясь доносов товарищей. Как ещё недавно в царском режиме. Боюсь, что вообще все худшие черты царского режима будут восприняты украинск[ой] жизнью. <…> Я должен сказать, что сейчас совсем поражён той картиной, какая открывается в «самоуправлении» нашего народа, — это сводится к грабежу, бесхозяйничанию, самому беззастенчивому кормлению, развитию чиновничества и взяточничества и непотизма… <.>Но сейчас для неё здесь борьба с украинск[им] шовинизмом и централизацией полицейского государства. Удивительно странное впечатление производит археологическая реставрация: яркие мундиры укр[аинских] войск, дурацкие колпаки (немцы в разговорах с полтавцами весьма откровенно — слишком — отзываются и о раде, и об украинских войсках) <.> Всматриваясь в происходящее, я больше всего боюсь немцев и считаю шаг рады величайшей изменой и предательством всему славянству. <.> Русская культура не должна быть потеряна для украинцев, и нельзя терять связь с мировой литературой, легко доступной последнему крестьянину. <.> Вообще, можно сказать, что Укр[аинская] Рада только и годится, что для декларации. В общем, она и ничего не делает, и присылает сюда бог знает кого. <.> Очень тяжела здесь украинизация, которая проводится в духе Каткова-Победоносцева, заменённых соответствующими украинскими деятелями. Появились свои маленькие Юзефовичи и Флоринские разного типа. <…>Нас очень смущает вопрос о вероятном переходе земли в немецкие руки: никто не верит ни в социализацию, ни в раду, и, в сущности, всё держится немецким войском, которое всё прибывает. Вероятно, самостийная Украина скоро превратится в оккупированную Украину».

Последнее замечание вскоре исполнилось, но к удивлению Вернадского, германская оккупация принесла много позитивного для него лично. В Киевском цирке при поддержке немцев главой Украины был избран «гетман» Павел Скоропадский. Так же, как и Вернадский, своими предками восходивший ко временам Богдана Хмельницкого, так же, как и Вернадский, не говоривший по-украински, и так же, как Вернадский, не стоявший в украинском вопросе на позиции узколобых националистов. Правда, оставаясь послушной марионеткой в руках немцев, Скоропадский всё же пытался хоть что-то сделать самостоятельно.

Одним из таких проектов новоназначенного гетмана было создание в Киеве Академии Наук. А поскольку на территории оккупированной немцами Малороссии не было более крупного и известного учёного, чем Вернадский, именно ему Скоропадский предложил создать сие ученое заведение. Тем более, что в этом должен был помогать назначенный министром образования Николай Василенко.

Владимир Иванович с радостью согласился — правда, с некоторыми оговорками. Он согласился создавать украинскую Академию Наук как филиал Российской. Вернадский писал, что ставит целью для себя: 1) объединение украинцев, вовлечённых в национальный процесс, но «любящих русскую культуру, для них тоже родную»; 2) сохранение связи всех научных и научно-учебных учреждений Украины с русской культурой и аналогичными российскими научными организациями. За украинским языком он признавал право на развитие в образовании (но чисто в культурном аспекте) и украиноведческих дисциплинах в науке (история, литература, этнография). Допускать украинский язык в естественные, точные и прикладные науки в Академии Вернадский не собирался изначально. Так, например, разработчика весьма специфической научной украинской терминологии Александра Яната Вернадский обозвал «дрянной мелкотой».

В своих мыслях, высказанных министру образования Василенко, Вернадский настаивал на том, что на Украине выбор языка начального образования должен оставаться за родителями учеников. Также Владимир Иванович выступил против украинизации Киевского университета. Объяснялось это тем, что великий учёный своими глазами видел неестественность многих украинских элементов в Малороссии.

В своих записях Вернадский отмечал, что в Полтаве российских газет и подписчиков в несколько раз больше, чем украинских, что в Киеве на украинском языке разговаривают только люди до 40 лет и что в Харькове господствуют антиукраинские настроения, а «свидомых» украинцев лишь горстка. Поэтому Вернадский отказался от украинского гражданства, предложенного ему гетманом. Но тем не менее продолжал сотрудничество со Скоропадским, поскольку к лету 1918 года в Киеве собралось множество кадетов, и Вернадский стал руководителем подпольного кадетского центра, ставившего целью восстановление Единой и Неделимой России и пытавшегося использовать Украину как плацдарм для этого.

К концу 1918 года Вернадскому и Василенко удалось-таки создать Украинскую Академию Наук, чьё первое общее собрание прошло в Киеве 27 ноября 1918 года. Этот факт вызвал раздражение у властолюбивого эксглавы Центральной Рады Михаила Грушевского, которого сейчас записывают чуть ли не в основатели Академии. Хотя Грушевский на тот момент, не получив должность главы Академии, всячески противодействовал её открытию в Киеве. После открытия УАН убеждённый федералист Вернадский публично провозгласил (на страницах киевской газеты «Объединение»), что «будущее не в русско-украинской распре, а в русско-украинском единении». В тот же момент Грушевский в программном сборнике статей «На пороге новой Украины» заявил о конце «московской ориентации» и решительно указал «на ту великую историческую, культурную, психологическую, какую хотите, межу, которая ещё в древности отделила Украину от Московщины, украинский народ от московского».

Это было, безусловно, принципиальное расхождение. Однако оно делает понятным дальнейшее отношение обоих деятелей к судьбе Академии в условиях Гражданской войны. Так, во время краткого правления Директории Грушевский ставил перед Петлюрой вопрос о ликвидации УАН как организации, основанной правительством гетмана.

В то же время после падения Директории и прихода в Киев большевиков Вернадскому вплоть до июля 1919 года удавалось поддерживать более или менее конструктивное сотрудничество с правительством Христиана Раковского и сохранять Академию. Когда же Киев перешёл под власть Добровольческой армии, Вернадский специально встречался с Деникиным и добился определённого взаимопонимания. В киевской прессе, контролируемой белыми, Вернадский не уставал разъяснять чрезвычайную ценность новых научных центров на Украине: «То, что они связаны с украинским национальным возрождением, — писал он, — должно считаться благоприятным условием с государственной точки зрения. Оно послужит только к единению и сближению, к росту и выгоде и русской, и украинской культуры».

В 1920 году Вернадский решает хотя бы на время уехать из страны и пишет письма в Англию, в Британскую ассоциацию наук и Королевское общество. К сожалению, через несколько дней Владимир Иванович тяжело заболел тифом. Лишь в середине марта болезнь отступила, и через некоторое время семья Вернадских приезжает в красный Петроград. Вернадский вступает снова в заведование Минералогическим и Геологическим музеем, возглавляет радиохимическую лабораторию, и практически до самой смерти ученый не будет возвращаться к украинскому вопросу. В это же время, судя по его дневникам и письмам, он достаточно серьёзно пересмотрел свои дореволюционные взгляды, очень сожалел, что, в том числе, и своей деятельностью максимально раскачивал государство российское. Но, тем не менее, оставался оптимистом относительно будущего развития России, признавал успехи большевиков на пути восстановления государства, поскольку считал, что только сильное и большое государство способно двигать науку вперёд.