Здесь было собрано около 9000 гоплитов; к ним присоединилось приблизительно такое же количество легковооруженных и небольшой вспомогательный отряд союзной Платеи. При трудности, с какою сопряжена переправа через море больших отрядов в одном транспорте, представляется очень сомнительным, чтобы персидский флот заключал значительно большее число солдат, и именно самая страшная часть персидского войска, конница, могла находиться здесь лишь в очень ограниченном количестве; а матросы почти совершенно не годились для битвы на суше. Ввиду этих обстоятельств персы медлили с нападением; они, очевидно, надеялись, что в Афинах начнется движение в пользу Писистратидов. С другой стороны, и афиняне всеми силами старались оттянуть битву до прихода спартанских союзников. Именно это соображение заставило, наконец, персидского полководца Датиса принудить афинян к битве в неудобной местности, но его легковооруженное войско не выдержало натиска греческих гоплитов. С большими потерями персы были оттеснены к своим кораблям, где они с отчаянным мужеством еще раз взялись за оружие. Действительно, им удалось спасти флот и сесть на корабли; только 7 триер остались в руках афинян. По преданию, 6400 варваров легли на поле битвы, и хотя это число, вероятно, преувеличено, однако обширные приготовления, сделанные к следующему походу в Грецию, доказывают, что поражение было очень тяжелым. Урон победителей составлял, по преданию, лишь 192 человека, но в числе убитых находились полемарх Каллимах из Афидны и один из стратегов — Стесилей.
После этого Датис сделал еще попытку завладеть афинской гаванью Фалером — попытку, которая теперь, после поражения, конечно, не могла увенчаться успехом; кроме того, при его приближении победоносное войско уже стояло наготове для защиты столицы. Таким образом, ему не оставалось ничего другого, как вернуться в Азию. Старый Гиппий не перенес этих неудач, разрушивших все его надежды, по преданию, он умер еще раньше, чем приплыл в свой Сигейон.
Итак, Аттика освободилась от нашествия, и все планы восстановления тирании рушились. Но еще гораздо крупнее, чем материальные результаты победы, было ее моральное значение. Она доказала, что персидская пехота не могла соперничать с греческими гоплитами; ореол непобедимости, окружавший до тех пор покорителей Азии, в глазах эллинов исчез в этот день. Хотя бы варвары возобновили свое нашествие с более многочисленным войском, нация могла теперь смотреть в глаза будущему с уверенностью в своих силах.
В Персии ни минуты не сомневались в необходимости исправить марафонскую ошибку. В первый раз ошиблись в силах неприятеля и предприняли поход с недостаточными средствами; теперь нужно было повторить попытку в большем масштабе. Но среди приготовлений к этому походу Дарий I умер, на пятом году со времени битвы при Марафоне (486 г.); а его преемник Ксеркс должен был подавить восстание в Египте, прежде чем мог приняться за исполнение планов своего отца против Греции. Таким образом, Эллада могла отдыхать после Марафона десять лет.
Однако только в Афинах, которым, правда, грозила ближайшая опасность, воспользовались этим временем для того, чтобы укрепиться против угрожавшего нападения. Уже в первом году после Марафонской битвы Мильтиад сделал попытку, во главе всего афинского флота, принудить Киклады к отложению от персов. Ему, действительно, удалось добиться присоединения к Афинам западной цепи островов от Кеоса до Мелоса; остальные же Киклады оставались верными союзниками персов, и осада Пароса, начатая затем Мильтиадом, не увенчалась успехом. По возвращении он был привлечен к суду Ксантиппом из Холарга, одним из вожаков партии Алкмеонидов, женатым на племяннице Клисфена, Агаристе. Присяжные, хотя не присудили марафонского победителя к смерти, как этого требовало обвинение, но наложили на него непосильный денежный штраф. Спустя короткое время Мильтиад умер от раны, полученной при Паросе.
Теперь оставили наступательную политику против Персии; не пытались даже вернуть себе Лемнос и Имброс, которые отпали после ионийского восстания. Вместо этого ограничились более легкой задачей — изгнать из города друзей тиранов или тех, кого считали таковыми. Гиппарх из Коллита (см. выше, с.297) был подвергнут изгнанию посредством остракизма (весной 487 г.); эта мера была теперь впервые применена.
Однако торжество Алкмеонидов было непродолжительно. Уже в следующем году (487—486 гг.) государственное устройство подверглось изменению в демократическом духе. Высшая государственная должность, архонтство, замещалась до сих пор, как мы знаем, путем народных выборов; теперь постановлено было бросать жребий между кандидатами, и этим была уничтожена привилегия, которою до сих пор фактически пользовались знатные фамилии при замещении этой должности. Кажется, Алкмеониды противились этой реформе, которая прямо нарушала их интересы и, без сомнения, была предложена главным образом с целью сломить их влияние в государстве. Но их песня была спета. Весной 486 г. глава этого рода, племянник Клисфена Мегакл, был изгнан остракизмом, а вскоре затем (в 485 или 484 г.) та же участь постигла его шурина Ксантиппа.
Теперь управление государством перешло в руки виновника реформы, Аристида из Алопеки. Молодым человеком он некогда при Клисфене принимал участие в восстании против тиранов; впоследствии он примкнул к Мильтиаду и через год после Марафонской битвы (489—488 гг.) достиг звания первого архонта. Не будучи гениальным ни как государственный деятель, ни как полководец, он, однако, всегда обнаруживал правильное понимание того, что нужно было сделать в данную минуту; главным же образом он был обязан своим политическим значением славе своей непоколебимой справедливости. К нему примкнул Фемистокл из Фреаррии. Он тоже принимал деятельное участие в борьбе с Алкмеонидами, за что последние позже отомстили ему непримиримой враждой. Но он был дальновиднее Аристида. Он понял, что будущность Афин связана с морем и что государство опять должно вступить на путь политики Писистрата. В этом направлении он действовал уже и раньше, будучи первым архонтом; он приступил тогда (в 493—492 гг.) к выполнению плана, задуманного до него Гиппием, — вместо открытого и незащищенного Фалерского рейда обратить в военную гавань превосходную Пирейскую бухту. Но для создания большого флота нужны были очень значительные средства; а восстановленная демократия вовсе не обнаруживала желания рисковать своей популярностью, напрягая податные силы народа. Поэтому сбор поземельной подати, которая взималась во времена тиранов, прекратился; мало того, стали даже делить между гражданами богатые доходы с Лаврийских серебряных рудников.
Между тем, кажется, в 488 г. Афины были вовлечены в войну с соседней Эгиной. Этот небольшой остров, как нам известно, был одним из главных средоточий греческой промышленности и торговли; его флот был самым сильным и многочисленным во всем греческом мире, с тех пор как после изгнания Писистратидов пришло в упадок морское могущество Афин и битва при Ладе сломила морские силы Ионии. Афины давно уже смотрели с беспокойством на усиление соседнего острова, и уже не раз оба государства мерились силами, но победа всегда доставалась эгинцам. Теперь, наконец, внутренние смуты на Эгине, казалось, давали афинянам желанный случай одолеть своих старых врагов.
Эгина еще сохраняла аристократическое устройство, но и здесь была многочисленная партия, стремившаяся к ниспровержению существующего порядка и надеявшаяся достигнуть своей цели с помощью афинской демократии. Однако восстание вспыхнуло раньше, чем пришли афиняне, и было без большого труда подавлено правительством. Афинянам удалось высадить на остров десантный отряд и одержать победу над врагом в открытом поле; но на море эгинцы скоро опять взяли верх, так что афиняне были вынуждены увести свое войско обратно. Война затянулась надолго, нанося тяжелый ущерб афинской торговле, так как эгинцы все время держали в блокаде побережье Аттики.