Так как не было уверенности, что вооружение армии и флота султана, предпринимаемое для подавления мятежа виддинского паши, не обернется внезапно против российских границ, то предпринимались заранее меры по обороне Черного моря. Более того, поступали сведения, что Французская республика собирает значительные силы в южных портах. Франция традиционно поддерживала Турцию, чтобы не допустить свободного выхода русских товаров и русского флота, способного защитить перевозку этих товаров, на Средиземное море. Французские инженеры помогали пашам султана совершенствовать армию, флот, укрепления. Не исключалось, что армада судов с войсками, которые собирал Наполеон Бонапарт для неизвестного предприятия, направятся к Черному морю, чтобы изгнать с его берегов русский флаг. Никто не знал, что планы Директории и ее лучшего полководца сделают заклятых врагов союзниками.
Получив секретный именной указ, Ушаков 16 февраля отправил Мордвинову рапорт о мерах по подготовке флота на случай военных действий против Турции. Изложив суть императорского рескрипта, вице-адмирал запрашивал главного командира Черноморских флотов:
«…Я уповаю, что о означенном вооружении флота предписано вашему высокопревосходительству, посему долгом почитаю об оном донесть, все ли приготовляемые к кампании восемь линейных кораблей и к ним сколько фрегатов вооружить повелено будет или какие именно корабли и большие линейные фрегаты, тож как те фрегаты и авизы из малых судов вашим высокопревосходительством назначены будут, прошу всепокорнейше снабдить меня скорейшим повелением, дабы немедленно можно было приступить к выполнению высочайших предписаниев, о чем и ожидаю резолюции, а между тем всевозможное старание иметь буду корабли, фрегаты и прочие суда здесь приуготовлять окончательно исправлением, также и о снабдении флота прошу, куда надлежит, повелениями вашими предписания».
В тот же день Ушаков рапортовал адмиралу о необходимости назначения в плавание лучших кораблей и просил оставить на Черном море прошедших морскую практику офицеров, которых собирались командировать на Балтику.
Уже 10 марта командующий Севастопольским флотом отдал приказ командирам бригантин «Таганрогская», № 1 и кирлангича «Ахилл» выйти в крейсерство от Феодосии до Керченского пролива, между Козловом (Евпаторией), мысом Тарханкут и островом Тендра, а также между Севастополем и мысом Лукулл соответственно. Крейсирующим судам следовало не допускать к берегу в неуказанных местах торговые суда и срочно сообщать о появлении военных сил; для укрытия от ветра можно было заходить в Феодосию и Еникальский (Керченский) пролив. Для обозначения своей принадлежности сухопутным войскам были указаны сигналы.
В рапорте Мордвинову от 15 марта Ушаков предлагал принять меры для охраны складов продовольствия и боеприпасов под Севастополем от возможного нападения татар в случае турецкого десанта вблизи порта. Вице-адмирал считал, что такая опасность возникнет после ухода флота, ибо людей не хватало даже на укомплектование команд. Так как черноморские корабли и фрегаты были оснащены более тяжелой артиллерией, чем предполагали принятые при Павле I штаты, то для управления пушками и людей требовалось больше. Посему он докладывал главному командиру о недостатке матросов и солдат.
Адмирал только 16 марта направил Ушакову свой ордер о подготовке флота к походу и, в частности, писал: «…с какого точно времени приступить должно будет к самому вооружению судов, имеете ожидать от меня особенного предписания, но в таком случае, когда, паче чаяния, предупредительно дойдет к сведению вашему какое-либо достоверное известие о неприязненных со стороны турков покушениях, долженствуете, и не дожидаясь моего повеления, вооружить эскадру».
Ушаков был в недоумении. Он уже завершал вооружение кораблей. Ордер главного командира противоречил императорскому указу. Потому 22 марта, рапортуя Мордвинову о выполнении воли Павла I, вице-адмирал указал противоречия в его приказах, просил дать более точные указания и утверждал: «…по мнению моему, полагаю я, к тому надлежит, сходно с высочайшим предписанием, судам состоять во всем готовым, даже и служителей артиллерийской и солдатской команд, сколько и кто оные будут определены, должно иметь уже росписанных, дабы чрез то также не последовало излишнего замедления, о чем, сим представляя, и прошу на прежнее представление мое снабдить меня вашим предписанием; артиллерийскую и солдатскую команды служителей повелено ль будет благовременно распределить по судам и в случае недостатка в разных чинах и служителях и о прочем, что на представление мое по тому же определено будет, ожидаю повеления».
Предложение вице-адмирала было вполне справедливо, ибо требовалось время, чтобы экипажи с большим числом новобранцев не только освоили корабли, зиму стоявшие без людей, но и успели пройти подготовку, без которой выходить в море, особенно в ожидании боя, было рискованно. Тем самым Ушаков предлагал до предела уменьшить время подготовки эскадры. В тот же день он рапортовал в контору главного командира Черноморских флотов о необходимости замены тихоходного репетичного судна «Полоцк» на фрегат «Счастливый» и просил выслать наиболее подходящие крейсерские суда; такими он считал судно «Красноселье» и бригантину «Феникс». К этому времени его эскадру составляли семь кораблей, пять линейных фрегатов и четыре легких судна, не считая назначенных в крейсерство, а после выхода флота — на брандвахту у Феодосии и Евпатории бригантин «Таганрогская» и № 1.
Параллельно с подготовкой эскадры Ф. Ф. Ушаков организовал сбор сведений из-за границы от шкиперов и пассажиров приходящих в карантин судов. 2 апреля он предписал майору Дандри продолжать сбор сведений по ранее данной им форме. Полученные сведения вице-адмирал сообщал рапортами Мордвинову и Павлу I.
31 марта Император подписал указ Адмиралтейств-коллегии о назначении Ушакова командующим Черноморской эскадрой. Вице-адмиралу следовало выйти 1 июня, вернуться в начале августа и ожидать повелений. 9 апреля последовал указ Ушакову крейсировать между Севастополем и Одессой на случай появления французского флота, укрываясь от бурь в своих портах, и не рисковать кораблями до тех пор, пока не станет известно о появлении неприятеля или его покушении на русские берега.
Но тут возникли неожиданные трения с Мордвиновым. Контора главного командира 13 апреля доносила Адмиралтейств-коллегии, что Ушаков до получения приказа из Херсона, еще 8 марта, начал вооружение флота, и обвинила его в самовольстве; требование увеличить число команд сверх штата нашли излишним. Еще не зная о такой ябеде, Ушаков 15 апреля 1798 года рапортовал Павлу I об успешной подготовке флота и о том, что дальнейшее вооружение кораблей задерживает приказ Мордвинова. Возможно, документ черноморской конторы был послан, чтобы опередить этот рапорт и вызвать гнев Императора.
Павлу I вице-адмирал докладывал, что просил прислать наиболее подходящие легкие суда из Николаева и Таганрога. Указав число и калибр пушек на кораблях, он доказывал, что численность экипажей недостаточна даже для управления артиллерией, и предлагал увеличить число морских служителей и солдат на эскадре. О том же он писал 21 апреля, сообщая в ответ на указ от 9 апреля о завершении вооружения и начале снабжения кораблей людьми и провиантом. Вице-адмирал просил пополнить число солдат морской пехоты, которых было мало в Севастополе, за счет Херсона или имевшего опыт службы на кораблях Севастопольского пехотного полка. Сам он отдал предписание конторе Севастопольского порта от 23 апреля вести работы днем и ночью, чтобы не задержать выход эскадры. Флагман предусмотрел увеличение балласта на перегруженных артиллерией кораблях «Святой Павел» и «Богоявление Господне». 3 мая вице-адмирал передал командование в Севастополе контр-адмиралу P. P. Вильсону. Наконец, 5 мая он рапортовал Павлу I о выходе в море с 16 судами и сообщал о необходимости к выделенным добавить еще 500 солдат.
Эскадру составили корабли «Святой Павел», «Святой Петр», «Захарий и Елисавета», «Богоявление Господне», «Святая Троица», «Мария Магдалина», «Князь Владимир», фрегаты «Григорий Великия Армении», «Александр», «Михаил», «Николай», «Навархия Вознесение Господне», акат «Ирина», репетичное судно «Полоцк», кирлангич «Ахилл» и «Панагия Апотуменгана». Ушаков так и не получил требуемые быстроходные суда, обходясь наличными.
