Флотилия к 30 марта насчитывала 28 военных, 18 транспортных судов, не считая 5 непригодных к службе прамов. Семь фрегатов, малый бомбардирский корабль, 2 галиота и 6 малых судов стояли в Керчи, шхуна оставалась брандвахтой в Кафе, а остальные фрегат, 6 кораблей, 2 шхуны и другие суда — в Таганроге.

5 апреля Клокачев в ордере Крузу сообщил, что зимовавшие в Таганроге 2 шхуны и 2 поляки отремонтированы и готовятся к походу, что в Керчи, кроме 3 фрегатов, все суда вооружены и 3 из них вышли в освободившийся от льда пролив; контр-адмирал предписал Крузу, отправив шхуны и поляки, на одной из них отбыть в Керчь и принять командование флотилией. Ему следовало поручить капитану 1-го ранга А. П. Муромцову окончание ремонта «Второго» и вооружение «Четвертого» фрегатов, после чего их с малым бомбардирским кораблем поставить севернее южной Таманской косы и Павловской батареи таким образом, чтобы они могли защищать Керченский пролив, не повреждая друг друга и свободно пропуская возвращающиеся с моря суда; Муромцову же предназначались корабли «Таганрор» и «Корон». Самому Крузу предстояло, взяв с собой Михнева на случай командования отдельной эскадрой, выступить в крейсерство с благонадежными судами, посылая шхуны, поляки и боты на вид Синопа, а с фрегатами и «Модоном» (после его прибытия) патрулировать от Кафы до берегов у Суджук-Кале, распределив свои суда поодиночке. В случае появления турок следовало с помощью сигналов оповестить сухопутные войска и сосредоточиться в назначенное место. При необходимости разрешалось вступить в бой, а в случае явного превосходства неприятеля — отходить к проливу и защищать его как важнейший пункт.

В тот же день П. А. Румянцев послал Клокачеву приказ содействовать Крымскому и Кубанскому корпусам и заграждать вход в Азовское море. Действующая флотилия оказалась в оперативном подчинении Суворова.

Политическая обстановка все больше накалялась. Турки отказались от переговоров. В Константинополе снаряжали флот из 30 фрегатов с 80 тысячами войск для десанта в Крыму. Румянцев предписывал A. B. Суворову, не отгоняя турецкие суда от берега полуострова, дипломатическим путем препятствовать проникновению турок вглубь, а в случае высадки — и силой оружия. Тревогу вызывал тот факт, что, несмотря на голод и лишения, турецкая эскадра оставалась в Ахтиарской бухте. Многие из янычар умерли либо были казнены; на одном из судов находился Селим-Гирей, который собирался отъехать в Константинополь. Тем не менее суда продолжали стоять в бухте и могли послужить причиной новых возмущений. В этих условиях командующему требовалась помощь флота.

В ответ на запрос А. И. Круза, как поступать при появлении турецких военных кораблей, A. B. Суворов предписал сохранять осторожность, пока мир не будет нарушен. В рапорте П. А. Румянцеву 12 мая он докладывал, что для оповещения о приближении неприятельских судов Круз выработал сигналы (пушечные выстрелы, флаги), которые должны были предупредить войска на берегу о появлении, численности и виде турецких кораблей. Крузу Суворов сообщал об организованных на берегу постах и о том, что предписал выделить войска для Павловской батареи ввиду недостатка людей на эскадре.

Осматривая войска в Крыму, Суворов заезжал в Керчь и разговаривал с Крузом, который сообщил ему план действий на случай появления превосходящего турецкого флота. Первой следовало встретить турок Павловской батарее, затем стоящим на фарватере с восточной стороны южной Таманской косы на шпринге семи фрегатам и двум кораблям, у первого перешейка той же косы — шхуне и 3 полякам, у второго — 3 ботам. При малочисленности турецких сил Круз не собирался допустить их в пролив. В тот же день Круз сообщил Клокачеву, что при первом благоприятном ветре отправится в крейсерство с 4 фрегатами, 2 поляками, шхуной и ботом, оставив остальные в распоряжении Муромцова. 10 июня эскадра благополучно прибыла к мысу Такла. 11 июня Круз докладывал A. B. Суворову, что в пути встретил только крейсирующий фрегат «Пятый» и при устье реки Кубани шхуну «Измаил», оставленные на своих постах.

Тем временем обострилось положение в Ахтиарской бухте. 7 июля турки, высадившиеся на берег, убили русского казака. Суворов дважды требовал от Гаджи Мегмет-аги выдать убийц. Рассчитывая на помощь флотилии, он еще 13 июня писал Крузу:

Имея инструкцию избегать боевых действий, Суворов рассчитывал, что появление эскадры заставит турок покинуть бухту. Сам он нашел оригинальное решение. 15 июня на берегах бухты развернулись по три батальона пехоты с артиллерией и конницей, которые начали сооружать батареи и укрепления. Гаджи Мегмет-ага осведомился о причинах такой активности, а 17 июня, чтобы не оказаться в ловушке, турецкие суда на буксире вышли из бухты и встали в трех верстах от берега; 18 июня два судна отправились в Константинополь, а семь больших и пять малых оставались на якоре.

А. И. Круз, получив письмо A. B. Суворова, собрал 19 июня консилиум (военный совет) с командирами трех фрегатов и поляки, составлявших его эскадру. Совет рассмотрел обращение Суворова и постановил оставить на важном посту у пролива Муромцова, а с надежными судами идти к Балаклаве и ожидать указаний генерал-поручика. 19 июня Круз сообщил Клокачеву, что с четырьмя фрегатами и двумя поляками отправляется к Балаклаве, оставив Муромцова охранять пролив; Суворову он писал, что выйдет в море и будет ждать у Балаклавы распоряжений, но опасается за судьбу пролива в случае появления турецкой эскадры.

Уже на следующий день его опасения, казалось бы, оправдались. Ночью прибыло письмо Суворова о выходе турецких судов из Ахтиарской бухты. Но одновременно поступил секретный рапорт Муромцова о появлении турецкой эскадры в Суджук-Кале. Круз вновь собрал совет, который решил отказаться от похода к Балаклаве, а к устью Кубани направить Михнева с фрегатом «Седьмой» и ботом «Карабут» в поддержку шхуны «Измаил» и с целью задержать казаков-некрасовцев, которые собирались бежать в Анатолию.

Клокачев в ордере Крузу от 20 июня подтвердил, что защита пролива — важнейшая задача. Получив рапорт Круза, контр-адмирал одобрил в ордере от 28 июня решения двух консилиумов, но посчитал второе, основанное только на огненном сигнале (впоследствии не подтвердившемся), слишком осторожным; Клокачев рекомендовал, оставив часть эскадры в проливе и сменив на посту у Кубани корабль «Модон», с 4 фрегатами, шхуной и полякой исполнить приказ Суворова. 2 июля Круз, еще не получив последний ордер, рапортовал о намерении оборонять берег пролива; сам он с фрегатами «Второй», «Пятый», кораблем «Модон», шхуной и полякой располагался у мыса Такла, фрегат «Шестой» крейсировал перед проливом, а Михнев с фрегатом, шхуной и ботом оставался при устье Кубани.

Тем временем разрешился вопрос с турецкой эскадрой у Ахтиарской бухты. Гаджи Мегмет-ага послал Суворову запрос, являются ли его действия свидетельством разрыва русско-турецких отношений. Суворов отвечал, что Россия стремится к миру, но предостерег от попытки высадиться на берег. Своим войскам он приказал не допускать турок брать воду на берегу. Генерал-поручик все еще рассчитывал на появление Круза, чтобы побудить турок удалиться, и потому сообщил письмом о их выходе в море. 22 июня он писал Крузу о желательности демонстрации флота. 25 июня турки все же запаслись водой, но при их высадке на берег в одной из шлюпок был замечен фальконет, что послужило предлогом для запрещения 26 июня последующих высадок; в устье реки Бельбек встала рота с пушкой. Экипажи турецких судов страдали от голода и жажды. С судов дезертировало 292 янычара; остававшиеся на судах четыре сотни военных были больны и роптали, требуя вести их в бой либо эвакуировать. Гаджи Мегмет-ага писал в Синоп капудан-паше Гассану, что ему не позволяют брать воду, и просил разрешения удалиться от Ахтиарской бухты. Гассан-паша в свою очередь предлагал потерпеть несколько дней, пока он прибудет с кораблями и войском. Наконец, 2 июля турецкие суда пошли в сторону Балаклавы и 3 июля направились на юг, к Синопу, о чем Суворов сообщил в ордере от 6 июля Крузу.