Потребовалось принять контрмеры для отражения агрессии. Меры эти поставили Чичагова в неопределенное положение. 30 мая 1788 года Императрица назначала адмирала командиром Балтийской эскадры из 10 линейных кораблей, 4 фрегатов и 15 легких судов; из них 5 кораблей и 2 фрегата прибывали с севера только летом 1788 года. Этими незначительными силами предстояло готовить экипажи, оборонять морские пути и берега Балтики. 13 июня В. Я. Чичагов получил инструкцию по обороне Балтийского моря. Но уже через неделю Екатерина II, узнав о встрече авангарда Средиземноморской эскадры со шведским флотом, писала С. К. Грейгу о необходимости выйти к Ревелю. Она присоединяла к нему эскадру, ранее предназначенную Чичагову, оставив адмирала без дела. Грейг предпринимал решительные меры для подготовки кораблей и экипажей, но состояние флота было таково, что выход задерживался. 26 июня обеспокоенная Императрица повелела искать и атаковать неприятельский флот, пользуясь случаем для нанесения ему вреда. Лишь 28 июня эскадра Грейга вышла в море. Медленно двигаясь из-за маловетрия на запад, она 6 июля встретила у острова Гогланд шведский флот и вступила в сражение. После ожесточенной перестрелки шведы, потеряв один корабль сдавшимся, ушли в Свеаборг и увели с собой захваченный русский корабль. Казалось, сражение окончилось вничью. Однако шведский флот оказался в ловушке, а попытка его выйти из Свеаборга окончилась потерей еще одного корабля и более тесной блокадой. Следовательно, Гогландское сражение явилось стратегической победой.
Чичагов числился больным. Он был обижен, что ему предпочли иностранца, имевшего равную выслугу в адмиральских чинах, и считал, что это происки иностранной партии при дворе. Но победа при Гогланде, которую Чичагов высоко оценил, примирила его с назначением Грейга. Опытный моряк понимал, насколько сложно было одержать верх при имевшихся во флоте недостатках. Чичагов порицал Грейга лишь за то, что тот, зная слабость кораблей и подготовки экипажей, сам атаковал шведов (чему команды не учили), а не принял атаку неприятеля.
Грейг являлся генератором идей. Он предлагал, в частности, овладеть по льду Свеаборгом и Карлскроной; для этого требовалось держать эскадры в море до предела, не выпуская запертый в Свеаборге шведский флот. Однако 15 октября 1788 года адмирал умер от желчной горячки. Чичагов приехал в Ревель, чтобы участвовать в похоронах. Сменивший Грейга контр-адмирал Т. Г. Козлянинов увел эскадру на зимовку в Ревель, когда рейд стал покрываться льдом; еще ранее вице-адмирал В. П. Фондезин укрыл в Копенгагене свою эскадру из кораблей, выведенных с Балтики и прибывших из Архангельска. 9 ноября шведский флот, пользуясь представленной свободой действий, перешел в Карлскрону, пробиваясь сквозь льды. Тем самым замысел Грейга был нарушен, и его преемнику предстояло решить сложную задачу — весной 1789 года объединить действия Кронштадтской, Ревельской и Копенгагенской эскадр ранее, чем шведский флот, превосходящий каждую из них в отдельности, выйдет в море и атакует. Такое мог сделать лишь опытный и хладнокровный флотоводец. Потому из предложенных кандидатур Императрица избрала рассудительного В. Я. Чичагова.
Сначала адмирала назначили начальником Ревельской эскадры, которая первой могла выйти в море. Рескрипт от 27 ноября 1788 года гласил:
«Главную команду над портом ревельским и над всеми имеющимися в оном кораблями, фрегатами и другими судами с людьми, к тому принадлежащими, указали Мы поручить вам до будущего нашего соизволения. Подробные наставления получите вы от Адмиралтейской коллегии, Мы же вкратце вам волю нашу объявляем, чтобы вся часть флота нашего, в помянутом порте на зиму оставшаяся как наискорей и конечно к открытию вод в исправность и полную готовность к плаванию и действиям приведена была непременно, чего ради ежели вам потребно будет какое-либо в том пособие, вы сверх рапортов ваших по команде и прямо Нам представляйте, а смотря по надобности, можете и для удобнейшего на словах о всем изъяснения сами сюда приехать; на проезд вам пожалованные от нас 3000 рублей получите из суммы на чрезвычайные по флоту расходы, в ведомство покойного адмирала Грейга отпущенной».
15 декабря адмирал прибыл в Ревель. Он столкнулся со значительными трудностями. Порт годами использовали для вывоза зерна, военные корабли заходили редко, укрепления и сооружения гавани ветшали, — фактически приходилось создавать военную базу заново. Адмирал добился средств и организовал восстановление полуразрушенных деревянных стен гавани. Сооружали водопровод из озера для снабжения кораблей пресной водой. В городе не было приличного госпиталя, и 31 марта Императрица передала для этой цели свой только что отремонтированный дворец.
Кроме городской крепости вблизи гавани, на берегу не было ни батарей, ни других препятствий. Единственной защитой Ревеля служили корабли. Чичагов прекрасно понимал необходимость объединения всего флота, как только льды позволят. Адмирал вел переписку с И. Г. Чернышевым об одновременном ремонте кораблей в Кронштадте и Ревеле. Сам он делал все возможное для приведения Ревельской эскадры в боеспособное состояние и писал в столицу о недостатке продовольствия, обмундирования и других проблемах, которые не мог разрешить сам.
Весной 1789 года Екатерина II пригласила Чичагова в столицу, назначила его начальником над флотом и уже 3 апреля благословила отъезд в Ревель. Еще 31 марта Императрица подписала рескрипты Козлянинову и Чичагову. В распоряжение последнего были выделены 10 кораблей, 4 фрегата, 2 бомбардирских корабля в Ревеле, столько же в Кронштадте, эскадра в Копенгагене и еще 3 корабля для охраны Финского залива; гребной флот оставался в распоряжении сухопутного командования. Чичагов должен был подготовить флот к вскрытию вод, присоединить на рейде Ревеля Кронштадтскую эскадру, учредить пост при мысе Гангут, после чего идти с главными силами на соединение с Копенгагенской эскадрой Т. Г. Козлянинова и для поиска неприятеля. Рескрипт предлагал выманить шведский флот в море и стараться истребить его в бою, что открыло бы путь для наступления армии и гребного флота; дополнительной задачей являлось нарушение неприятельского судоходства.
Документ, однако, не предусматривал, что шведы могут выйти в море до соединения сил, хотя было известно: Карлскрона освобождалась от льда ранее Кронштадта. Чичагова же беспокоила именно эта опасность. С 1 марта по 30 апреля 1789 года эскадра была отремонтирована и укомплектована; старослужащих и новобранцев равномерно распределили по кораблям, чтобы уравнять их боеспособность.
Чтобы не быть застигнутым врасплох, пока Финский залив еще покрывал лед, в Балтийский порт Чичагов направил опытного штурмана, которому с маяка следовало наблюдать за морем и доносить в Ревель о появлении неприятеля. Кроме того, опрашивали моряков проходящих судов. Ревельская и Кронштадтская эскадры по отдельности вдвое уступали противнику и должны были ограничиваться учениями и разведкой. Потому Чичагов решил расположить вдоль финляндских берегов цепь крейсеров, наблюдающих за противником, и препятствовать его судоходству. 4 мая он приказал капитану Тревенену с кораблем, фрегатом и 2 катерами приготовиться к выходу для осмотра оставленного в прошлом году Гангутского поста; 9 мая при тихом ветре эскадра отправилась в путь.
На своем берегу была развернута цепь постов, которые должны были оповещать о появлении неприятельских кораблей дымовыми сигналами. У входа в Ревельскую бухту патрулировали легкие суда. Тем самым Чичагов обеспечил надежную систему дальнего, ближнего оповещения и связи. 5 мая он наконец смог рапортовать Адмиралтейств-коллегии:
«Состоящие в ревельской гавани корабли, фрегаты и прочие суда сего 4 мая выведены на рейд благополучно».
Беспокоясь о Кронштадтской эскадре, адмирал 5 мая предлагал контр-адмиралу А. Г. Спиридову способы безопасного присоединения на случай появления противника. Он не верил, что шведы спокойно уступят господство на море. К счастью для Ревельской эскадры, опасения на сей раз не оправдались.
