Прибыв в Санкт-Петербург, Чичагов сразу получил новое назначение: 13 сентября 1770 года ввиду отставки вице-адмирала П. И. Андерсона Адмиралтейств-коллегия определила его главным командиром Ревельского порта. Уже 7 октября коллегия рассматривала рапорт контр-адмирала о принятии дел в Ревеле.

Тем временем на юге продолжалась война. На Средиземное море ушли эскадры Г. А. Спиридова, Д. Эльфинстона и Арфа. Российские моряки нанесли поражение туркам в Чесменском сражении и крейсировали в Архипелаге, блокируя пути к Дарданеллам, по которым столица Турции получала продовольствие. Но корабли от постоянного крейсерства ветшали, их требовалось все больше. Поэтому на Средиземное море отправляли новые эскадры. Корабли для них строили в Архангельске, когда там был В. Я. Чичагов. Теперь ему предстояло готовить экипажи.

Летом 1771 года Императрица в ответ на запрос коллегии, кому командовать практической эскадрой и куда ей идти, указала: «Контр-адмиралу Чичагову. Соединяся ходить до Готланда и далее, и стараться возвратиться к сентябрю».

15 июня Чичагов сдал командование Ревельским портом. Накануне Ревельская эскадра вытянулась на рейд. Ее составили корабли «Граф Орлов», «Память Евстафия», «Победа», прибывшие из Архангельска в 1770 году, и фрегат «Святой Федор», к которым следовало присоединить кронштадтские корабли «Святой Андрей Первозванный», «Чесма» и «Святой Климент Папа Римский».

27 июня эскадра собралась на рейде Кронштадта и Чичагов получил инструкцию, 2 июля был проведен депутатский смотр, 7 июля — парусные учения. 8 июля эскадра пошла на запад, у Ревеля присоединила фрегат «Святой Федор», прошла мимо Дагерорда до острова Фарэ, с 33 июля по 19 августа крейсировала между Готландом и Даго, проводя парусные, пушечные и ружейные учения, затем вернулась в Ревель, а 3 сентября корабли Кронштадтской эскадры направились к порту приписки. Плавания и учения проходили благополучно, если не считать случившегося в начале похода столкновения у Оденсхольма на малой скорости кораблей «Чесма» и «Память Евстафия». 29 сентября Адмиралтейств-коллегия рассмотрела рапорт Чичагова о виновниках столкновения и признала справедливым мнение контр-адмирала.

Средиземноморской эскадре требовались подкрепления. На заседании Государственного совета 13 октября 1771 года было решено направить в Архипелаг три линейных корабля Чичагова, которому следовало довести эскадру до цели и вернуться в столицу. 28 января 1772 года Адмиралтейств-коллегия приказала контр-адмиралу выехать в Ревель, принять главное командование портом с находящимися там судами и немедленно подготовить к кампании корабли «Победа», «Граф Орлов», «Память Евстафия», «Чесма», «Тверь». 7 февраля коллегия объявила В. Я. Чичагову о назначении его командующим эскадрой, идущей на Средиземное море.

Корабли «Чесма», «Граф Орлов» и «Победа» 23 апреля выстроились на рейде Ревеля. 4 мая Чичагов поднял флаг. Задержанная встречными ветрами и плохой погодой эскадра снялась только 8 мая и 16 июля прибыла в Порт-Магон на Минорке. Граф А. Г. Орлов, командовавший операциями на Средиземном море, приказал идти в Ливорно, но из-за болезней экипажей пришлось задержаться. Полтора месяца эскадра оставалась в порту на острове для ремонта и лечения массы больных; лишь 6 августа, приняв на борт 357 выздоровевших, Чичагов продолжил путь. 15 августа эскадра пришла на рейд Ливорно, а через десять дней Чичагов спустил флаг и передал командование капитану М. Коняеву. Граф А. Г. Орлов во всеподданнейшем донесении от 3 ноября 1773 года отметил, что эскадра Чичагова благополучно и вовремя прибыла, команда на кораблях находится в желаемом состоянии. Это свидетельствовало, что Чичагов и его офицеры заботились о людях.

Коняев с двумя кораблями присоединил фрегат «Святой Николай», «Слава», шебеку «Забияка», поляки «Модон» и «Ауза» отряда И. Войновича. Граф Орлов послал его с целью наблюдать за судами дульциниотов — союзников султана, которые намеревались с турецким флотом напасть на остров Парос, где была база русского флота. Коняев в Патрасском бою 26–27 октября разгромил Дульциниотскую эскадру из 9 фрегатов и 16 шебек; неприятелю удалось спасти лишь 7 судов. Итак, приведенные Чичаговым на Средиземное море моряки в первые же месяцы действий добились серьезной победы, разрушив планы неприятеля вернуть господство в Архипелаге.

После возвращения Чичагова Императрица пожаловала его орденом Святой Анны. 22 ноября Адмиралтейств-коллегия повелела ему ехать в Ревель главным командиром, и 20 декабря слушала рапорт контр-адмирала о вступлении в командование портом. Но 21 декабря генерал-казначей А. Е. Шельтинга обратился к коллегии с просьбой за старостью направить его главным командиром Ревельского порта. Просьбу уважили, и Шельтинга 2 января произвели в контр-адмиралы. Он сменил Чичагова, которого определили главным командиром Кронштадтского порта.

21 мая 1773 года Императрица предписала отправить из Ревеля и Кронштадта практические эскадры, которым предстояло под командою Чичагова и Базбаля готовить кадры для флота. В Кронштадтскую эскадру Чичагова вошли 6 кораблей, 4 фрегата и пакетбот. 15 мая эскадра вышла на рейд, 30 мая Чичагов поднял флаг на корабле «Святой Андрей Первозванный», 3 июня состоялся депутатский смотр. 7 июня, отправив корабль и фрегат на соединение с эскадрой Ревельской, Кронштадтская эскадра двумя колоннами направилась к Ревелю, а после стоянки — далее к Готланду мимо острова Даго. Эскадра крейсировала, отправляя больных моряков и поврежденные корабли в Ревель. Тем временем Адмиралтейств-коллегия послала в Ревель приказ немедленно возвратить крейсирующие корабли. Вызов этот был связан с именным указом от 24 августа об отправке эскадры на Средиземное море и мерами по подготовке этой эскадры. 19 сентября Чичагов прибыл в Кронштадт; он вновь принял командование Кронштадтским портом. Ревельская эскадра возвратилась еще 27 августа. Часть ее кораблей составила эскадру С. К. Грейга (2 корабля, 2 фрегата), которая вышла 21 октября, 27 октября присоединила 2 корабля у Наргена и 16 декабря собралась на Портсмутском рейде. Плавание ее успешно продолжалось в 1774 году. Интересно, что если из 15 судов эскадры Спиридова в 1769 году Средиземного моря достигла только часть, то эскадры, подготовленные Чичаговым, доходили до цели полностью.

Вскоре моряку поручили не менее важные обязанности по созданию обороны берегов Крыма.

Созданная в 1769 году контр-адмиралом А. Н. Сенявиным Донская (Азовская) флотилия со временем выросла и получила возможность выходить на Черное море, оборонять Керченский пролив и Крымский полуостров. Но больной Сенявин еле успевал решать вопросы административные, и Императрица 4 ноября 1773 года направила ему в помощь Чичагова, которого перед отъездом на юг по указу от 26 ноября 1773 года наградили орденом Святого Георгия IV степени за 20 кампаний в море.

В конце января 1774 года В. Я. Чичагов прибыл к Сенявину, который направил его в Крым для подготовки кораблей к кампании. 15 марта Оенявин докладывал Императрице, что эскадра под командованием Чичагова пошла из Азовского в Черное море для прикрытия Керченского пролива и Крымского побережья от высадки десантов, оставив в проливе бомбардирский корабль и батареи на берегу; корабли, зимовавшие в Балаклаве, должны были прикрывать конвои на Ялту и Козлов. Ожидалось прибытие новых фрегатов, строившихся на Дону, пока же превосходство оставалось на стороне турок.

18 апреля Сенявин направил Чичагова с фрегатами «Первый», «Четвертый» и кораблем «Азов», чтобы они при соединении с кораблями «Журжа», «Корон» и малым бомбардирским крейсировали у входа в Керченский пролив, от мыса Таклы (Такиль) до Кызылташской пристани, с целью не допускать неприятеля войти в пролив или высадить десант на крымский берег. Базировавшийся на Балаклаву отряд капитана 2-го ранга Кинсбергена (фрегат «Второй» и палубный бот) с 17 апреля патрулировал от Ялты до Козлова, прикрывая берега и судоходство; в помощь ему послали корабль «Таганрог». Остальные боевые корабли либо проходили ремонт, либо не были достроены. Сам Сенявин в середине мая уехал в Таганрог для ускорения постройки фрегата «Третий». Чичагову предстояло действовать самостоятельно.