Корабль «Иезекииль» в мае 1828 года взял турецкий корвет «Нассаби сабах» («Восточная звезда»), который переименовали в «Наварин», а командование вручили 16 июня 1828 года П. С. Нахимову; 15 августа он вступил в командование, а 7 ноября Император утвердил назначение Нахимова и переименование корвета.
С 15 августа 1828-го по февраль 1829 года капитан-лейтенант руководил работами по вооружению и оснащению судна в Ла-Валетте на Мальте. Корвет, содержавший массу грязи, насекомых и крыс, был очищен, а стараниями Нахимова и команды превращен в образцовый. Здесь моряк получил опыт кораблестроения, так пригодившийся ему при дальнейшем командовании кораблями. 23 февраля корвет прибыл в порт Порос, где стояла русская эскадра.
8 апреля, преследуя цель блокировать Дарданеллы, Гейден выступил с эскадрой в море и вернулся 1 мая С эскадрой шел и «Наварин». В июне флагман вновь вывел корабли для блокады Дарданелл и Смирны. «Наварин» вел разведку, 29 июня направился с эскадрой в Порос, а затем в Наполи-ди-Романья. 2 сентября эскадра заняла позицию у входа в пролив, несмотря на угрозу британской блокады. В тот же день Гейден послал «Наварин» к Эносу, чтобы известить Дибича-Забалканского о прибытии кораблей. Он готовился взаимодействовать с армией при захвате проливов. Однако 5 сентября «Наварин» доставил известие о том, что 2 сентября подписан Андрианопольский мир, завершивший войну.
Эскадра оставалась в Эгейском море, изредка выходя в море. 17 января 1830 года 5 кораблей, 3 фрегата, корвет «Наварин» и бриг «Усердие» под флагом М. П. Лазарева, произведенного в контр-адмиралы, вышли в море, 13 февраля прибыли на Мальту, 14 марта направились в Россию и 13 мая достигли Кронштадта.
Плавание оказалось во всех отношениях хорошей школой для Нахимова. Имея перед глазами пример Лазарева, самостоятельно командуя судном, моряк обрел необходимый опыт. Контр-адмирал Лазарев 20 июня 1830 года охарактеризовал Нахимова как отличного и совершенно знающего свое дело капитана. Капитан-лейтенант хорошо изучил свой корвет; по его предложению в сентябре 1830 года «Наварин» поставили на ремонт и переоборудование, в ходе которого корпус обшили медью, укрепили ридерсами и применили другие усовершенствования.
Старательность и умение молодого командира были замечены. 1 июня 1830 года он был удостоен ордена Святой Анны II степени, 28 июня — высочайшего благоволения за примерное устройство «Наварина». 30 августа после посещения Императором судна последовало еще два благоволения: за общий порядок на корвете и за опрятность в одежде и подготовку экипажа. От благодарных греков за участие в истреблении турецкого флота при Наварине П. С. Нахимов в 1835 году получил орден Святого Спасителя.
После ремонта «Наварин» 12 мая — 12 июля 1831 года занимал пост карантинной брандвахты на Кронштадтском рейде; с 12 июля по 9 сентября корвет ходил до Гогланда и обратно, конвоировал прусские торговые суда в Либаву для эскадры вице-адмирала Ф. Ф. Беллинсгаузена и 8 октября был в гавани.
Сам Нахимов писал, что после выхода из дока простоял на рейде без дела полтора месяца, а занял положение брандвахтенного судна с появлением холеры в столице. Он имел дело с 600 судами; из 160 моряков корвета 40 человек заболели и 11 умерли от эпидемии. «Наварин» находился полтора месяца в карантине, после чего 19 июля его направили конвоировать суда. По возвращении три недели судно провело на рейде и вошло в гавань на зимовку.
27 января 1832 года Нахимов удостоился высочайшего благоволения за усердие по прекращению холеры в Кронштадте.
Служба на брандвахтенном судне не удовлетворяла моряка, и он был рад, получив новое назначение. 31 декабря 1831 года приказом начальника Главного морского штаба вице-адмирала A. C. Меншикова П. С. Нахимова определили командиром фрегата «Паллада» с переводом в 4-й флотский экипаж.
«Паллада» имела особое назначение. Николай I хотел построить образцовый фрегат, с использованием усовершенствований, разработанных Комитетом по улучшению флота, в котором активно участвовал М. П. Лазарев. Очевидно, при назначении учли рвение моряка к совершенствованию корвета. 6 мая Нахимову было направлено предписание Кораблестроительного и учетного комитета предоставить ведомость материалов, необходимых для достройки фрегата. Уже 20 мая капитан-лейтенант подготовил требуемую ведомость, а 31 мая предложил дополнительный список усовершенствований.
1 сентября 1832 года фрегат «Паллада» благополучно был спущен на Охтинской верфи. 28 сентября Нахимову вновь было объявлено монаршее благоволение за успешную постройку и спуск фрегата. Усовершенствования командир продолжал вводить и позднее: предложил добавить полубаркас для сбережения баркасов, пушечные станки нового образца и т. п. В мае 1833 года фрегат вступил в строй и был доставлен на камелях из Невы в Кронштадт.
Летом того же года, с 24 июля по 11 октября, фрегат находился в крейсерстве на Балтийском море в составе эскадры вице-адмирала Беллинсгаузена, и вновь Нахимов отличился. 17 августа, в плохую видимость, моряк сумел заметить Дагерордский маяк и дать сигнал, что эскадра идет к опасности. Головной корабль «Арсис» выскочил на камни, получили повреждения корабль «Императрица Александра» и шхуна «Град», но остальные суда успели отвернуть. Нахимов продемонстрировал не только умение, но и мужество, ибо сигнал флагману, что курс его неверен, при ошибке мог стоить моряку карьеры.
Тем временем М. П. Лазарев в 1832 году получил назначение начальником штаба Черноморского флота. К себе он вызывал служить тех моряков, с которыми ходил в плавания и сражение; стал черноморцем и П. С. Нахимов. Качества П. С. Нахимова как морского офицера были столь неоспоримы, что 24 января 1834 года капитан-лейтенанта назначили командовать строящимся линейным кораблем «Силистрия» и перевели в 41-й экипаж Черноморского флота; 30 августа его за отличие по службе произвели в капитаны 2-го ранга. 8 ноября 1834 года начальник Главного морского штаба утвердил Нахимова командиром экипажа и корабля.
В 1834–1836 годах Нахимов занимался постройкой «Силистрии». 11 ноября 1835 года линейный корабль был спущен на воду и его достраивали на плаву. 15 сентября 1836 года корабль вышел из Николаева, зашел в Очаков и 5 октября достиг Севастополя. После завершения вооружения корабль 2 июня 1837 года вышел в первое плавание.
В ходе постройки Нахимов упорно добивался, чтобы «Силистрия» стала образцовым кораблем от киля до клотика. Прочность корпуса и отделка внутренних помещений, современное парусное вооружение и артиллерия выделяли корабль из прочих и позволили ему оставаться одним из лучших в течение двадцати лет — срок, необычный для деревянного корабля.
Но отличный корабль — это не только корпус и мачты. В первую очередь это люди, команда. Подготовке офицеров и матросов капитан 2-го ранга уделял особое внимание. Несмотря на суровые нравы во флоте, которых должен был придерживаться и Нахимов, он уважительно относился к нижним чинам, к нуждам их семей, и потому был любим матросами. Он внушал офицерам: «Пора нам перестать считать себя помещиками, а матросов крепостными людьми. Матрос есть главный двигатель на военном корабле… Вот кого нам надо возвышать, учить, возбуждать в них смелость, геройство. Вот это воспитание и составляет основную задачу нашей жизни, вот чему я посвятил себя, для чего тружусь неустанно, и, видимо, достигаю своей цели — матросы любят и понимают меня…»
От офицеров он требовал не только морской лихости и умения, но и постоянного усовершенствования знаний, сам постоянно следил за новинками прессы и морской литературы.
М. П. Лазарев, ставший в 1833 году главным командиром Черноморского флота и портов, отмечал познания и образованность командира «Силистрии», который служил примером другим морякам и был достоин повышения. A. C. Меншиков 6 декабря 1837 года подписал приказ о производстве командира 41-го экипажа и корабля «Силистрия» в капитаны 1-го ранга. 1 января 1837 года за успешную проводку «Силистрии» из Николаева в Севастополь и 13 сентября за отличное устройство, порядок и чистоту на корабле моряк получил высочайшие благоволения. 22 сентября за отличное усердие и ревностную службу его наградили орденом Святой Анны II степени, украшенной императорской короной.
