Эскадра пришла в Гибралтар 26 декабря, сутки потратила на заливку водой, отправилась далее и 11 января 1805 года прибыла на Корфу, где Грейг явился к полномочному министру (послу) Моцениго и генерал-майору Анрепу. Он принял в командование местное адмиралтейство и суда, которые ранее прибыли с Черного моря. Капитан-командор потребовал от Моцениго срочно предоставить запас провизии на три месяца и необходимые материалы для ремонта. Однако оказалось, что на Ионических островах таких материалов нет, и их необходимо закупать в портах иных государств по значительным ценам.
Переписка по проблемам материального снабжения отнимала немало времени. Для ремонта кораблей требовался лес. По требованию Грейга Моцениго заказал древесину в Превезе, но оказалось, что дуб там мелкорослый. Тем не менее при поддержке воеводы Превезы Мехмет-Али лес начали заготавливать, еще 900 штук закупили на Мальте. Сношения с Портой о лесозаготовках на острове Тассо затянулись надолго. Со временем, когда война охватила берега Средиземного моря, снабжение еще более усложнилось.
Перед отправкой эскадры Чичагов предписал Грейгу заказывать необходимое через главного командира Черноморского флота. Он предлагал де Траверсе отправлять грузы на Корфу, а расходы относить за счет Балтийского флота. Чичагов 29 апреля писал Грейгу о трудностях доставки из России и рекомендовал самому найти способы приобретать необходимые материалы. В ответ капитан-командор 21 июля сообщал некоторые цены на продукты и жаловался, что консулы в Триесте, Венеции и Неаполе не доставляют ему сведений; он предложил выписать все необходимое из Лондона, где находился младший брат капитан-командора, на что Чичагов согласился.
Историк отмечает в это время тягу A. C. Грейга ко всему привычному ему английскому: в частности, он выписал для отопления из Англии каменный уголь, который обошелся дороже местных дров. Из Англии вызвали и трех искусных подлекарей. Единственным офицером, которого капитан-командор представил к награде, явился командир «Венуса» капитан 1-го ранга Эльфинстон. Но как раз им в Петербурге и не были довольны, ибо тот при входе в Портсмут салютовал, не договорившись заранее с местными властями, и получил в ответ меньше выстрелов, что считали умалением достоинства России.
Наличие на Корфу второго офицера в том же чине, A. A. Сорокина, скорее всего, не понравилось Грейгу. Он, приняв у Сорокина суда и адмиралтейство, не дал моряку определенного назначения, хотя ему перед отправлением предлагали оставить его комендантом. Когда же 1 февраля Грейг отплыл от берегов острова в крейсерство, то поручил Сорокину командовать транспортами (наемными судами). Оскорбленный соратник Ушакова направил жалобу Императору. Только вмешательство Чичагова заставило вернуть капитан-командору командование тем отрядом, который тот привел с Черного моря.
Силы, которыми располагал Грейг, были недостаточны. Он обратился с предложением набрать на ближайших островах вспомогательные войска, что было одобрено. Грейг принял на службу Спиридона Бонавенуто, которого Моцениго рекомендовал как человека, удобного для набора добровольцев. По указанию Грейга Бонавенуто привел с Санта-Мавры канонерскую лодку с девятью членами экипажа. Капитан-командор просил разрешения принять моряка унтер-офицером русской службы и на подобной основе набирать других мореходов, что было одобрено. Грейг предложил покупать на Мальте хорошие суда-призы, которые продавали там каперы. В частности, удалось приобрести обшитый медью бриг, который после дооборудования на Корфу вошел в строй. Летом капитан-командор просил выслать два-три брига или люгера с Черного моря и выделить деньги на покупку двух стоявших в Неаполе испанских корветов. При рассмотрении они оказались ветхими. Потому капитан-командор больше рассчитывал на Мальту и рекомендовал держать там постоянно морского офицера, который бы отслеживал поступление подходящих призов.
27 июля 1805 года полномочный посланник при дворе короля Обеих Сицилий граф Татищев сообщил о том, что неаполитанское правительство готово выделить три военных судна для использования в качестве пакетботов. Однако направленный в Неаполь для приема судов Эльфинстон был вынужден вернуться ни с чем, ибо местные власти даже не знали об этом решении короля. Лишь 30 сентября на Корфу прибыли под видом купленных Россией три бригантины, которые неаполитанцы обязались снабжать всем необходимым, кроме пороха и боеприпасов. Грейг, кроме вольнонаемных, определил на эти суда по лейтенанту и шесть российских матросов.
Приходили корабли и из России. 4 апреля прибыли корабль «Исидор», фрегат «Назарет» и 3 вспомогательных судна капитана 1-го ранга Перского, которые доставили материалы и 1669 человек сухопутных войск. Фрегат Грейг оставил на Корфу, отправив на ремонт в Россию «Поспешный». 15 сентября на Черное море ушли фрегат «Николай Беломорский» и бриги «Александр» и «Диана», 20 сентября — корабль «Павел» и бриг «Диомед» из отряда капитана 1-го ранга Мессера; 5 октября проводили бригантину «Царь Константин». Транспорт «Григорий» Грейг оставил на Корфу для перевозки леса из Албании.
Деятельность капитан-командора не ограничивалась хозяйственными заботами. Грейг объединил под своим командованием все русские суда на Ионических островах и крейсировал в районе этих островов, которые со времен экспедиции Ф. Ф. Ушакова находились под протекторатом России, пока обстоятельства не потребовали более широких действий.
30 марта 1805 года Россия заключила союз с Англией против Франции. К союзу присоединились Королевство Обеих Сицилий и Швеция, затем Австрия. Так была основана третья антифранцузская коалиция, организованная с целью вытеснить французов из захваченных стран Европы и восстановить во Франции королевское правление.
На Средиземном море австрийские войска должны были занять Северную Италию, а русско-английские силы — с Ионических островов и Мальты высадиться в Неаполе и совместно с неаполитанскими войсками изгнать французов из Южной Италии. Однако Наполеон, после разгрома французского флота при Трафальгаре отказавшийся от вторжения в Англию, все свое внимание обратил на действия против австрийских и русских войск. Ряд поражений союзников не позволил им выполнить план.
Вместе с английской эскадрой 7–8 ноября 1805 года Грейг высадил десант в Неаполе, но под давлением превосходящих сил французов был вынужден его снять и вернуться на Корфу. 12 декабря 1805 года его произвели в контр-адмиралы. Однако моряк узнал об этом не сразу.
По возвращении на Корфу капитан-командор поступил под командование вице-адмирала Д. Н. Сенявина, который прибыл из России 18 января 1806 года с пятью кораблями, фрегатом и двумя вспомогательными судами. Сенявин стал главнокомандующим всеми русскими силами в Средиземном море. В одном из первых приказов вице-адмирал поздравил Грейга с чином контр-адмирала и благодарил его за сделанное на Корфу.
После прибытия Сенявина русские силы на Ионических островах составили 10 кораблей, 5 фрегатов, 11 бригов и других малых судов, 12 канонерских лодок; кроме того, сухопутные войска насчитывали 10 200 русских и две тысячи албанцев и греков из легиона легких стрелков. Располагая этими силами, вице-адмирал активными действиями против французов помешал им захватить Бокка-ди-Катарро и Ионические острова.
Первоначально Сенявин занялся боевой подготовкой моряков. Одновременно потребовалось материально обеспечить эскадру. Грейг организовал восстановление заброшенного адмиралтейства на Корфу. Командующий вскоре после прибытия сообщил морскому министру о низкой заболеваемости на кораблях Грейга и исправности организованного на фрегате морского госпиталя. Сенявин хвалил «попечение и усердие капитан-командора Грейга», хотя возможности его были ограничены. Грейг сообщил вице-адмиралу, что ранее железо, парусину и такелаж закупали в Триесте, Неаполе и Венеции, оказавшихся ныне во враждебном стане. В августе 1806 года из черноморских портов на Корфу вышли фрегат и 10 наемных судов, в сентябре — еще 11 судов с грузами, которые удовлетворили февральскую заявку Сенявина. Вскоре поставки с Черного моря совсем прекратились, когда на поддержку Наполеона выступила Турция, объявившая войну России.
