Как бы там ни было, а ученый Новиков оказался изгнанным с родины в 1922 году. Пробыв вначале в Германии около года, он в 1923 году был приглашен в Прагу Павлом Ивановичем Новгородцевым, философом права, общественным деятелем, возглавлявшим в то время Русский юридический факультет при Пражском университете.

М. М. Новиков согласился с предложением П. И. Новгородцева и переехал в Прагу, принял активнейшее непосредственное участие в организации Русского народного университета (Русского Свободного Университета). Открытие университета состоялось в 1923 году. Михаила Михайловича избирают заместителем председателя университета, а после отказа А. Кизеветтера от поста председателя профессор Новиков становится во главе высшего учебного заведения. В третий раз заняв должность ректора, на этот раз в университете в Праге, Михаил Михайлович оставался бессменным и незаменимым лидером русского ученого сообщества в течение долгих шестнадцати лет. Результаты колоссальных научных исследований университетских ученых нашли свое отражение в «Научных трудах» учебного заведения, публиковавшихся на русском, чешском и других языках, начиная с 1928 года.

Помимо исследовательской деятельности, сам М. М. Новиков преподавал в Карловом университете в Праге, издавал многочисленные научные работы, читал лекции на общественных началах. Судьбе должно было так сложиться, что в Праге проявились в полной мере и его организаторские способности: и как администратора высшего учебного заведения, и как активнейшего непосредственного участника создания легендарного Русского культурно-исторического музея в Праге.

Началом нового поприща Михаила Михайловича послужила инициатива одного из русских эмигрантов в Праге В. Ф. Булгакова — бывшего директора Государственного музея Л. Н. Толстого в Москве и хранителя Музея Толстого в подмосковных Хамовниках, изгнанного из России в 1923 году за пропаганду толстовского учения, возводимого им на уровень «священной веры обновленного человека».

Исследователь истории Русского зарубежья Е. Н. Евсеева отмечала, что Валентин Федорович Булгаков пришел со своей грандиозной идеей к ректору Новикову неслучайно: он прекрасно знал, что возглавляемый Михаилом Михайловичем университет в то время был «…почти единственным русским научно-просветительским учреждением в Праге, развивавшим энергичную деятельность, — вспоминал впоследствии М. М. Новиков. — В. Ф. Булгаков, бывший секретарь Л. Н. Толстого, верный хранитель его заветов и строгий вегетарианец, лицо которого, однако, постоянно светилось здоровым румянцем, бодростью и энергией, пришел ко мне с проектом организации Русского эмигрантского музея.

Задачей музея должно было явиться собирание памятников науки и искусства, а также других предметов, относящихся к истории, творчеству и быту Русского зарубежья. Основная же цель заключалась в том, чтобы показать, что наши беженские массы не являются отбросами Родины, бессильно барахтающимися в непривычной для них чужой обстановке. Наоборот, во всех странах своего рассеяния они сейчас же берутся за творческий труд, обогащая культурное богатство приютивших их народов своей научной и художественной продукцией. Таким образом слава русского имени распространится по всему свету русского зарубежного населения вообще…»

Идея Булгакова понравилась Новикову, но он, искушенный администратор, понимал, что без гроша в кармане все предприятие может обернуться простой бесперспективной авантюрой. Однако уверенность Булгакова с «ласковой, застенчивой улыбкой», в придачу с его талантом убеждения собеседника в праведности задуманного дела, завершились успехом, и Михаил Михайлович согласился стать председателем Музейной комиссии, а Булгаков взял на себя обязанности секретаря.

По утверждению исследователей, обращение ректора университета за помощью в канцелярию президента Масарика увенчалось успехом: на организацию музея было выделено из государственных средств Чехословацкой республики порядка 3000 крон. Благодаря подвижническим усилиям Новикова и Булгакова, в музей стали поступать из разных стран Европы предметы живописи, скульптуры, литературные произведения, труды по науке, культуре, технике и истории эмиграции.

Помещений для хранения экспонатов не хватало. Новиков отмечал в своих воспоминаниях: «Интенсивное поступление коллекции обостряло… заботу о помещении… Нам требовалась обширная площадь, да к тому же еще бесплатно. Над нами посмеивались, как над Дон Кихотами. Но и на этот раз счастливая звезда сверкнула… Наш неизменный друг д-р Крамарж дал мне рекомендацию к своему приятелю и политическому одно-партийцу К. Бартонь-Добенину, владельцу огромного замка, расположенного в нескольких километрах от Праги…»

Крупный чешский промышленник, ценитель старины и искусства К. Бартонь-Добенин предоставил под размещение Музея один из своих охотничьих замков, заложенных еще в XII веке, — Збраславский, на реке Влтаве. Там в нескольких огромных, прекрасных залах разместилась музейная коллекция.

Торжественное открытие Музея для широкой публики состоялось 29 сентября 1935 года. Более всего были счастливы непосредственные организаторы — Дон Кихоты от культуры. Вспоминая те незабываемые минуты, Михаил Михайлович писал: «Для совершения молебствия был приглашен епископ, который служил в своей живописной полосатой мантии и блестящей митре. Пел хор Архангельского, уже поредевший к тому времени, но еще сохранивший свое очарование… После короткого богослужения и короткого акта, во время которого мы с владельцем замка обменялись приветственными речами, а вновь назначенный директор музея Булгаков прочел историю его возникновения, нас ожидал приятный сюрприз. В одном из соседних залов был накрыт громадный стол, заставленный изысканными яствами, от которых давно уже отвыкла наша беженская публика…»

Открытие Музея получило широкий резонанс в европейских странах, причем не только среди русской общественности. Коллекцией заинтересовались зарубежные общественные и политические деятели, коллекционеры, доступные для публичного осмотра экспозиции усилили интерес к русской культуре в самой Чехословакии.

Чешский меценат Бартонь-Добенин продолжал поддерживать Музей и его организаторов. В дополнение он выделил ежегодную денежную дотацию в размере десяти тысяч крон, которая, по словам Новикова, позволяла даже платить «неутомимому директору» Музея Булгакову символическую зарплату в пятьсот крон.

По мнению исследователей, В. Ф. Булгаков действительно проявлял чудеса в комплектовании музейных фондов. В частности, результатом его поездок во Францию, Италию, Прибалтику стало пополнение коллекции бесценными работами Бенуа, Гончаровой, Коровина, Григорьева, Виноградова и других русских художников, скульпторов, архитекторов. В Прагу поступали пожертвования русских поэтов и писателей, проживавших в других странах: материалы, рукописи и произведения И. А. Бунина, М. И. Цветаевой и других.

Как отмечала русский исследователь Е. Н. Евсеева, вся коллекция подразделялась на несколько отделов: художественный, включающий картины, рисунки, скульптуру; архитектурный, в составе которого находились чертежи и проекты зданий; театральный и Пушкинский. Особое место отводилось библиотеке редких изданий о России, в частности, периодики, действующей при Музее.