Флоровский принимал деятельное участие в работе русских научных организаций в Праге: был членом Славянского института, Русского исторического общества, Семинара (впоследствии Института) им. Н. Кондакова, Русского заграничного исторического архива. Входил в правление Федерации исторических обществ Восточной Европы и славянских стран. Он выступал с докладами на Международных конгрессах исторических наук, конгрессах славистов, византологов.

Многогранность и охват научных интересов Флоровского впечатляющи: различные периоды и проблемы в истории России, русско-славянские отношения, историография. В годы жизни в Чехословакии его привлекла тема об Угорской Руси и ее представителях, работавших в России. Ученый создал ценнейшую библиографию советских и эмигрантских исторических изданий за период с 1918-го до начала 1930-х годов. При этом он высоко оценивал исследовательскую и публикаторскую деятельность своих советских коллег, сожалея лишь о том, что им не хватает «свободы научной мысли».

Исследователь творчества А. В. Флоровского Е. Аксенова писала: «Большое внимание Флоровский уделял изучению эпохи Петра I, особенно внешней политике России в конце XVII — 1-й четверти XVIII в., обследовав с этой целью многие архивы Чехословакии и Австрии. Основные его труды по этой теме, вышедшие в Праге: "Русско-австрийские отношения в эпоху Петра Великого" и "От Полтавы до Прута" (не закончен автором). В книгах раскрыты малоизвестные в науке обстоятельства деятельности австрийской миссии в России, на основании которых автор делал вывод о том, что сходство внешнеполитических интересов не определяет механически "неизбежности солидарности" двух держав…»

Однако, как считает Е. Аксенова, в пражский период все же главной научно-исследовательской темой ученого стали чешско-русские отношения, основой для изучения которых послужили документы и архивные материалы. Временной охват, с X по XVIII века, и содержательная глубина исследований А. В. Флоровского позволяют утверждать, что его труды и поныне являются одним из самых ценных документальных источников для изучения темы современными исследователями. Подмечая в чешском и русском народах «проявления сознания близости», ученый считал, что в анализе межславянского общения необходимо учитывать факт исторически сложившейся «славянской взаимности». Многочисленные работы Флоровского на тему чешско-русских отношений опубликованы на русском и чешском языках еще при жизни ученого.

Так в судьбе Антония Васильевича Флоровского главная тема его жизни под названием «Россия» самым тесным образом переплелась с основной темой научных исследований русского ученого в чешской столице.

Георгий Васильевич Флоровский (1893–1979), младший брат Антония Васильевича Флоровского, приехал в Прагу в 1921 году из Софии, куда он вместе с родителями эмигрировал в 1920 году. Несмотря на то что Георгий Васильевич в бытность своей учебы в Новороссийском университете в 1911–1916 годах, помимо истории, филологии, философии, приобрел знания по биологии, математике, физике, химии, в истории русской мысли он остался как философ, православный богослов и историк Церкви.

В Праге Г. В. Флоровский преподавал в Русском институте, на Русском юридическом факультете при Пражском университете читал лекции по философии права, вел курс лекций по истории русской литературы в Высшем коммерческом институте. Студенты заслушивались лекциями Георгия Васильевича о русских философах и богословах. Необычайный интерес вызывал апофатический метод христианского философа в историческом познании мира, то есть отрицания всего того, что не есть Бог. Именно апофатическая критика истории русского религиозно-философского и церковного сознания как истории соблазнов мысли позволила Георгию Васильевичу по-своему оригинально представить личность в ее творческой свободе.

Вечная и главная тема творчества русских философов — поиски смысла жизни — не обошла и Георгия Васильевича Флоровского. В 1921 году была опубликована его работа «Смысл истории и смысл жизни». «Чем ярче бывает выражен индивидуалистический уклон какого-нибудь учения, — писал Флоровский, — чем глубже центр тяжести переносится в недра личной жизни, чем меньше перегородок воздвигается между человеческой личностью и божеством, — тем резче выступает на первый план идея Провидения, идея Промысла Божия, тем настойчивее ставится и закругленнее решается проблема предопределения, тем туже затягиваются над обреченной личностью роковые петли… для творческой личности не оказывается места…».

В поиске смысла истории и смысла жизни человечество, в представлении Флоровского, «не веруя стоит у алтаря вечных ценностей и истин и, как во времена Апостолов, требует знамений и премудрости, ищет осязательных доказательств», вместо того, чтобы «лишь слушаться непосредственных внушений говорящего и трепещущего сердца». К сожалению, человечеству недостаточно «внутреннего самосвидетельства истины и добра», замечает Георгий Васильевич, «…нужны еще пышные и непреложные подпорки, ему мало, что идеал высок и свят, нужно еще, чтобы он был стихийно-необходим, чтобы было гарантировано хилиастическое блаженство».

Однако надеждой на прозрение звучит полувопрос-полуутверждение Флоровского: «…Уверует ли человечество, поставит ли оно свободу и творчество выше необходимости и понимания? и когда? — от этого зависят свет и тени будущего».

Творческая натура философа Г. Флоровского находилась в постоянном поиске смысла человеческого бытия. Но в личном плане, похоже, искания идеала своей собственной жизни у Георгия Васильевича закончились в Праге. Здесь в апреле 1922 года он женился на Ксении Ивановне Симоновой, выпускнице Бестужевских Высших женских курсов, художнице и переводчице. Венчанием они скрепили свой союз, который длился долгих 55 лет и служил им надежной основой и опорой в жизни, творчестве, научных изысканиях.

С начала 1922 года ученый стал ассистентом профессоров П. Новгородцева, Н. Алексеева и доцента Г. Гурвича на Русском юридическом факультете при Пражском университете. Помимо научной и преподавательской работы Г. Флоровский продолжал работать над магистерской диссертацией о религиозных исканиях А. И. Герцена.

В июне 1923 года Г. Флоровский защитил докторскую диссертацию «Историческая философия Герцена» и получил звание магистра философии от Русской академической группы в Праге. Официальными оппонентами на защите диссертации выступили ученые Николай Онуфриевич Лосский, Петр Бернгардович Струве, Василий Васильевич Зеньковский. Хотя защита диссертации прошла успешно и после этого ученый занял должность приват-доцента на кафедре истории философии права Русского юридического факультета, некоторые исследователи творческой биографии Г. Флоровского отмечают, что его работа не получила надлежащего отклика в научном мире, которого, несомненно, заслуживала. Подготовленное для печати сочинение «Историческая философия А. И. Герцена» не было опубликована в эмигрантской печати — появилась лишь краткая обобщающая статья. Очевидно, пропагандируемые Г. Флоровским прагматичные взгляды на философию как на программу личностной и общественной жизни, т. е. «философию действия», шли вразрез с позитивистскими и либеральными приверженностями эмигрантской среды того времени.

Спустя годы, в 1929 году в парижских «Современных записках» Георгий Васильевич опубликовал одну из версий своих исследований под заглавием «Искания молодого Герцена», ниспослав этому в эпиграфе слова Аполлона Григорьева: «Немногие имеют счастье или несчастье рождать из себя собственные, а не чужие мысли». Наверное, далеко не всеми соотечественниками ученого-эмигранта однозначно воспринимались выводы Г. Флоровского: «…будущее не из прошлого вырастает, не его силою живет, не связано его пределами, представляя собой нечто новое, исполненное непочатой свежести и молодости. Это сознание окрыляет национально-исторические упования, освобождает путь созидающему творчеству. И до последних лет жизни Герцен чувствует и мыслит как человек, взошедший на кряж: подъем кончен, спускаться еще рано… И с тем вместе он твердо знает, что этот перевал не единственный; тот, который сейчас преодолевает человечество, — не первый и не последний, — не конец мировой истории. Путь всемирно-исторического развития не есть наклонная плоскость, по которой нужно взбираться до верхнего предела или спускаться под гору. Это — равнина, бескрайняя и широкая, перерезанная…горными хребтами…»