Как отмечал Андреев, после этого у него с Толлем «установились наилучшие отношения». Именно Толль Николай Петрович сыграл потом определяющую роль в выборе темы для докторской диссертации Андреева, за что Николай Ефремович был крайне благодарен своему старшему коллеге. «Я тогда плохо понимал, что, собственно, мне выбрать, — вспоминал Андреев, — чтобы это было связано и с древним периодом русской письменности, по которой я формально писал свою диссертацию, и с вопросом, что не был бы совершенно чужд Семинарию имени академика Кондакова.
Он предложил тему "Дело дьяка Висковатого как литературное и идейное явление", и этот выбор оказался замечательным, потому что моя работа произвела известное впечатление и до сих пор не сошла со сцены. Она явилась совершенно новым методом соединения идейных проблем века, в данном случае XVI века, которым я занимался специально, с русской иконописью. Это было совершенно новое поле приложения сил, но подходом к нему я всецело обязан Н. П. Толлю. Он, назвав тему, дал мне полную свободу, и, когда я время от времени стал ему сообщать, как идет мое исследование, он оказался очень полезен мне и при обсуждении материала, и при том, что отлично видел правильность общего направления исследования. Это был тот инстинкт материала, о котором говорил Н. П. Кондаков и который у Толля действительно существовал… К тому моменту, когда я с ним познакомился, он уже был женат на сестре Георгия Владимировича Вернадского, женились они, по-видимому, по взаимной большой любви…»
С особым почтением и только в превосходной степени описывал Н. Е. Андреев качества и достоинства директора Семинария А. П. Калитинского: «Особенное место занимал здесь А. П. Калитинский. Он был отличный организатор, прекрасный психолог, но и более того — он был крупнейший методолог, может быть, лучший методолог, которого я встретил в этот период своей научной жизни. Это было особое качество профессора Калитинского, его собственные работы, которые не были широкими по диапазону и стремились к большой детальности и, даже можно сказать, углубленной узости, если можно выразить таким образом сущность его исследовательских работ, — все отличались замечательной методологической выдержанностью. Поэтому обычно его теории невозможно было опровергнуть — нравится или не нравится, материал был продуман логическим образом и представлял собой нечто методологически цельное. И его собственные работы придавали ему ореол ученого высокого класса. Он может не знать подробностей отдельного вопроса, но всегда сразу увидит основу всякого подхода к любой теме — метод. Этот метод у него был прекрасно разработан…»
Коллеги-ученые не мыслили себе проведение семинаров, диспутов, конференций без присутствия на них профессора Калитинского. «Он был совершенно незаменим на заседаниях семинара, — отмечал Андреев, — когда вдруг самым дружеским, спокойным образом, двумя-тремя вопросами — обычно вопросы, чтобы докладчик понял, а не со стороны ему сказали, — выяснял, что подход к данной теме не полностью продуман, что там есть уязвимые места, что надо пересмотреть подход или оснастить дополнительными материалами утверждения докладчика. Это было крайне полезно, так как, увлеченный фактическими подробностями, исследователь вдруг начинал понимать, что он допускает методологическое сужение базы или, наоборот, методологически неоправданно расширяет ее, что в научной работе одинаково опасно. Этому профессор Калитинский учил замечательно. Историческое общество он посещал регулярно, и я по его примеру тоже ходил туда и очень полюбил это собрание, а позднее даже был туда избран. Здесь Калитинский тоже мог поставить два-три вопроса, которые бросали очередного докладчика в жар и в холод, ибо ему становилась очевидна недостаточная продуманность его схемы и проблема повисала в воздухе…»
Семинар Н. П. Кондакова успешно действовал, однако в конце 20-х — в начале 30-х годов ученые забеспокоились о дальнейшей судьбе своего научного учреждения. Это было связано с тем, что «…здоровье Масарика все ухудшалось, и предполагали, что скоро он уйдет в отставку. Становилось совершенно ясно, — отмечал Андреев в своих воспоминаниях, — что, в связи с общим изменением отношения к Советскому Союзу в Чехословакии, под ударом окажется финансирование Семинария Кондакова в персональном его составе. Проблема, которую пока что Масарик еще предотвращал своей властью.
Следовало предусмотреть и попытаться как-то маленькую ученую группу Семинария Кондакова превратить в более открытый для общества Институт имени Кондакова, который широко поддерживали бы различные лица. Должны были появиться всевозможные группы членов: членов-благотворителей, почетных членов и действительных членов и вообще разные группы участников этого будущего Института, а главное, следовало на всякий случай найти новые источники его финансирования…»
Семинар переживал не лучшие времена: уехал из Праги директор Калитинский, начался конфликт между Беляевым и Толлем, затем погиб Беляев. Начались поиски директора для реформируемого Института. «В конце концов его нашли, — вспоминал Н. Андреев. — Это был Александр Александрович Васильев, русский профессор, академик, специалист по византийской и арабской истории, который выехал в Соединенные Штаты, но который согласился (даже не заезжая вначале к нам) возглавить Институт… Это разрешило проблему. Толль стал его заместителем, княгиня вошла в правление как казначей, ученым секретарем сделался Расовский…». Так победили ученые — сотрудники Института и продолжили дело, начатое их великим учителем Никодимом Петровичем Кондаковым.
Об институтских преподавателях — с благодарностью
Как вспоминал Николай Андреев, жили они с другом Константином Теннукестом в студенческие годы в деревне вблизи Праги, в Уезде Надлесы. Николай Ефремович описал бытовые условия студентов того времени. Друзья сняли «одну общую комнату у бывшего чешского легионера, воевавшего в Сибири, Франца Ивановича Мусило и его жены — русской Федосьи Ивановны… Там было приятно и тепло. Хозяин, строительный рабочий… мы прошли в свою комнату, довольно большую, обставленную по-городскому. У нас были отличные кровати, между ними стояли ночные столики, имелся стол, который годился как для еды, так и для занятий.
Уговорились, что хозяйка будет… кормить дважды в день: утром и вечером. Утром она подавала кофе с молоком, масло, хлеба сколько хотите и жареное (яичницу, свинину или даже, как ни странно, утром — горячие сосиски).
Деревня была населена большим количеством русских эмигрантов. Жили тут представители академического мира и… профессор истории — знаменитый Александр Александрович Кизеветтер…»
С большой теплотой Андреев отзывался о директоре кооперативного института профессоре Маракуеве: «Профессор Маракуев оказался симпатичнейшим и, как мне тогда представлялось, очень пожилым господином. На самом деле он тогда еще не был таким. Позднее, восемнадцать лет спустя, когда он стал значительно старше, я был в большой дружбе с ним. Он отнесся ко мне очень мило. Маракуев, по происхождению донской казак, был очень образованным человеком, специалистом по сельскому хозяйству и кооперации…», а также читал в кооперативном институте курс политической экономии.
Помимо Маракуева на Николая Ефремовича — студента Русского института сельскохозяйственной кооперации — неизгладимое впечатление производили лекции по теории права в изложении профессоров Дмитрия Николаевича Иванцова, Аркадия Николаевича Фатеева и других институтских преподавателей. «По экономической географии и некоторым отраслям экономических наук, специально связанных с Россией, читал доцент Петр Николаевич Савицкий, один из лидеров евразийцев, — вспоминал Андреев. — Очень интересный и конструктивный ум. Я многим обязан общению с ним. По истории кооперативных движений читал профессор Татамианц. Но Татамианц не всегда оказывался в Праге: он читал тот же курс в Берлине по-немецки и еще ездил читать в Париж. Он все время странствовал, и его называли «блуждающий Татамианц». Читал он очень хорошо. Был почти слеп и узнавал всех своих слушателей по голосам. По тому, как ему сдавали экзамены, он запоминал слушателей на всю жизнь, довольно редко их путая.