Брожение среди коренных народов Сибири и Алтая было вызвано изъятием у них на основе актов, принятых в 1896–1901 гг., земель для передачи их в пользование царского двора (кабинета) и в Переседенческий фонд. Закон сопровождался проведением общего землеустройства и реформированием системы управления сибирскими народами, в ходе которого российское чиновничество потеснило представителей местной феодальной и полуфеодальной знати. Все это привело к массовым выступлениям эвенков, бурятов, алтайцев. Правительство прибегло к массовым репрессиям и введению в бурятских районах «Положения об усиленной охране». Хотя волнения пошли на убыль, но проведение землеустройства и реформы управления затормозились надолго.

Стремление к реформированию прежних устоев затронуло и Русскую православную церковь. В условиях резкого обострения борьбы трудящихся классов против своего бедственного положения церковь, включенная через синодальную систему в структуру государственного управления, многое теряла с точки зрения возможностей воздействия на массы. Этот недостаток особенно усилился в годы деятельности на посту обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева, который поощрял процесс огосударствления православной церкви, что приводило к стеснению ее самостоятельности, утрате инициативности. 25 — летнее пребывание Победоносцева во главе духовного ведомства способствовало возникновению кризисного положения в РПЦ и снижению нравственного влияния православного духовенства на массы верующих. В силу этого внутри РПЦ появляются течения «обновления», имевшие целью возвысить авторитет православной церкви через подъем морального уровня ее духовенства. В ходе обсуждения этих проблем на страницах светской, а главным образом церковной печати выдвигались конкретные предложения. Прежде всего речь шла об освобождении РПЦ от жесткой государственной опеки и предоставления ей реальной самостоятельности; реформировании церковного суда и епархиального управления, преобразовании прихода. Высказывалась мысль о превращении Синода в «синодальное правительство Всероссийского собора», независимое от светской власти. Некоторые сторонники «обновления», особенно из числа церковных иерархов, говорили о восстановлении патриаршества. Среди белого духовенства получали распространение идеи «соборности», подразумевавшие расширение участия в делах церкви рядовых священников и верующих.

Отчуждению РПЦ от масс трудящихся содействовала пассивная позиция церкви в аграрном вопросе, что объяснялось наличием обширных церковных земельных владений. Патриархальная набожность в начале XX в. была малохарактерна для демократической интеллигенции и заметно исчезала среди пролетариата. Через рабочих идеи атеизма привносились в крестьянство. Несмотря на это, многие представители церкви, особенно из числа рядовых монахов и священников, пользовались авторитетом и влиянием среди верующих различного социального статуса. На встречи со старцами Оптиной пустыни устремлялись крестьяне, мастеровые, аристократы, военные, предприниматели и интеллигенция. Большой отклик в различных слоях общества нашло возрождение поклонения мощам св. Серафима в Сарове.

Начало массового рабочего движения относится в России к концу XIX в. Первая волна крупных, длительных забастовок прошла в середине 1896 г., когда на борьбу поднялись столичные текстильщики, требуя сокращения рабочего дня с 13 ч до 10 с половиной, повышения расценок, уплаты сполна за «коронационные дни». В стачке участвовало более 30 тыс. человек. Она прекратилась 18 июня после повальных обысков, высылки «на родину», арестов свыше 1000 человек и обещаний рассмотреть требования. Когда стало очевидно, что власти не выполняют данные посулы, рабочие возобновили борьбу. К забастовавшим в январе 1897 г. текстильным мануфактурам присоединились металлисты Александровского, Невского, частично Путиловского заводов. Всего в стачке участвовало до 20 тыс. человек. По фабрикам было распространено правительственное объявление о подготовке законопроекта об урегулировании рабочего дня, а предпринимателям разрешалось, не дожидаясь принятия закона, сокращать рабочее время. Петербургская майско-июньская стачка 1896 г., возобновленная в январе 1897 г., нашла отклик у рабочих Москвы, Иваново-Вознесенска, Сормова, Екатеринослава и других промышленных центров. Ее результатом был закон о сокращении рабочего дня на фабриках и заводах и установлении праздничного отдыха, принятый 2 июня 1897 г. по проекту, обсуждение которого длилось более 10 лет. Показателем превращения рабочего движения в характерную черту жизни российского общества стал его рост даже после принятия нового закона. Количество стачек на предприятиях, подчиненных надзору фабричной инспекции в Европейской России, в сравнении с 1897 г. увеличивается. Особенно возросло число бастующих металлистов: с 3 тыс. в 1897 г. до 20 тыс. в 1899 г.

Начавшийся в 1900-е гг. экономический кризис сопровождался ростом безработицы, особенно отразившейся на положении металлургов, металлистов, нефтяников, угольщиков. В эти годы лишились работы почти 30 % рабочих бакинских промыслов, 15 % шахтеров Донбасса, 20 % рабочих, занятых в доменном и передельном производствах Юга России. Свыше 200 тыс. человек оказались на улице; вместе с членами их семей это составляло около миллиона человек. Скопление безработных, особенно в крупных городах, делалось опасным, и правительство установило льготный железнодорожный тариф для отправки на родину уволенных рабочих. И без того низкая заработная плата, которая существовала в России, в годы кризиса еще упала, в том числе за счет неполной занятости рабочих. Не была изжита сохранявшаяся изощренная система штрафов. Все это создавало почву для экономических забастовок. Однако в начале XX в. заметным явлением становятся политические выступления рабочих. Одним из них была 10-тысячная первомайская демонстрация 1900 г. в Харькове. По окончании трудового дня рабочие вышли на улицы с красными знаменами, чтобы отметить свой праздник. В следующем году первомайские демонстрации состоялись в Тифлисе, Варшаве, Лодзи, Вильно, Казани. Крупное волнение рабочих, подавленное конной полицией и солдатами, произошло в мае 1901 г. на казенном Обуховском заводе в Петербурге.

На рубеже XIX–XX вв. участились противоправительственные выступления студентов. В феврале 1899 г. в Петербургском университете вспыхнула студенческая забастовка, спровоцированная действиями его ректора. После избиения студентов казаками волнения развивались по нарастающей: от непрерывной 3-дневной сходки к всеобщей университетской забастовке, затем к прекращению занятий в Военно-медицинской академии, Технологическом, Горном, Лесном и Электротехническом институтах, присоединению к бастующим слушательниц Медицинского института и Высших женских курсов. Вскоре движение охватило ряд учебных заведений Киева, Харькова, Риги. В конце февраля число бастующих достигало почти 30 тыс. Расследование причин беспорядков, порученное императором генерал-адъютанту П. С. Ванновскому, привело к введению «Временных правил», дозволявших отдачу «бастующих студентов в солдатство». В январе 1901 г. они были применены к 183 участникам студенческих волнений в Киеве (декабрь 1900 г.), что вызвало настоящую бурю в ряде университетских городов. 14 февраля студент П. В. Карпович несколькими выстрелами смертельно ранил министра народного просвещения Н. П. Боголепова. 19 февраля в Петербурге студенты, требуя отмены «Правил» и амнистии киевлян, провели у Казанского собора демонстрацию, в которой участвовали и рабочие. Очевидец события М. Горький писал: «Сначала народу собралось тысячи три, потом — целая лава». Внушительная манифестация студентов и рабочих прошла 19 февраля в Харькове. Активно против правительственной расправы со студентами выступали пролетарии Москвы. 4 марта в Петербурге опять состоялась демонстрация студентов и рабочих, что заставило правительство издать новые «Временные правила». Они допускали под наблюдением учебного начальства устройство студенческих столовых, касс взаимопомощи, кружков для научной работы.