В связи с введением земства в Витебской, Минской, Могилевской, Волынской, Киевской, Подольской губерниях возник польский вопрос. Появление данного законопроекта стало обходным маневром правительства после неудачи с реформой местного и волостного управления. В отличие от земского Положения 1890 г., проект вводил две национальные курии — польскую и русскую, в которую зачислялось все непольское население. По нему также предусматривалось, что председатель, часть членов управ и земские служащие будут русскими. Проект, одобренный Думой, отвергли антистолыпинские силы в верхней палате, что заставило премьера провести его в чрезвычайноуказном порядке, распустив в марте 1911 г. Думу на 3 дня. Драматично с ноября 1911 г. протекало в Думе рассмотрение законопроекта «О выделении из состава губерний Царства Польского восточных частей Люблинской и Седлецкой губерний с образованием из них особой Холмской губернии», по которому из-под опеки польского дворянства высвобождалось русское население Холмщины. В ходе обсуждения черносотенцы возмущались полонизацией русского края, представители польского коло заявляли о «четвертом разделе» Польши, а украинские депутаты доказывали, что Холмщина — колыбель украинства. Закон был принят Думой в апреле 1912 г., в мае одобрен Государственным советом, а в июне утвержден царем.

Острота национального вопроса проявилась и вне парламента в антисемитских кампаниях, не раз инспирировавшихся в послереволюционный период реакционно-охранительными силами. VII съезд объединенного дворянства открыто требовал «очищать русскую землю от евреев, очищать твердо, неуклонно, шаг за шагом и по выработанному заранее плану». Это повлекло массовое выселение евреев из Киева, Смоленска, Чернигова, Гомеля, Полтавы и других городов в законодательно установленные районы черты оседлости. Правительство предпринимало меры по ограничению приема иудеев в школы и университеты. Символом антисемитской компании стало «дело Бейлиса», по которому в 1911 г. в совершении ритуального убийства мальчика Андрея Ющинского был обвинен Мендель Бейлис, приказчик кирпичного завода, вблизи которого был обнаружен труп. Министром юстиции И. Г. Щегловитовым была принята версия ритуального убийства. Для судебного процесса по делу проводился специальный отбор состава присяжных, однако суд оправдал Бейлиса.

Программой П. А. Столыпина предусматривалась также реорганизация армии и флота, дабы они были на высоте, «которая соответствует чести и достоинству России». В 1906–1910 гг. большинство этих планов не удалось принять по причинам финансовых трудностей власти, а также технико-экономической отсталости России, затруднявшей перевооружение армии и флота. Достижение стабилизации бюджета и начавшийся промышленный подъем, сопровождавшийся рядом урожайных лет, привели к некоторому увеличению внутренних накоплений в стране. Рост государственных доходов почти до 1 млрд руб. позволил увеличить военные расходы. Увлечение строительством крупных морских флотов, согласно распространившейся в мире концепции маринизма, повлияло и в России на выбор приоритетов при разработке программ совершенствования армии и флота. Последнему был дан зеленый свет, чему содействовали и чисто русские факторы: урон, который понес флот в Русско-японской войне, и амбиции царизма. Морской министр адмирал И. М. Диков утверждал: «Флот России как великой державе необходим, и она должна иметь его и быть в состоянии послать туда, куда его потребуют государственные интересы». Морской генеральный штаб еще в 1906 г. предложил царю 4 варианта программы. Не получив ее одобрения в Совете государственной обороны, император созвал адмиралов, высказавшихся за оптимальные масштабы строительства флота. Однако из-за отсутствия денег в казне царь утвердил варианты программ, предусматривавших постройку кораблей для Балтики и Черного моря. Приступить к ее реализации смогли лишь летом 1909 г.

Разработка программы перевооружения армии началась с большим опозданием. Сделанные расчеты показали, что размер нужной суммы составляет приблизительно годовой доход государства. Представленный план минимальных потребностей армии не стал и рассматриваться Николаем II. Только обострение ситуации на Балканах вынудило правительство вернуться к этому вопросу. На созванном царем в феврале 1908 г. совещании генералов и адмиралов для армии испрашивалось 315 млн руб., включая 1914 г. Из этой суммы более половины шло на усиление материальной части — артиллерия, пулеметы, телефон, телеграф и пр. Изменение финансового положения страны к 1909 г. обусловило новую постановку программ развития армии и флота на ближайшие 10 лет. Морское министерство получало около 700 млн руб., в том числе на новое судостроение 540 млн руб., а военное — чуть более 700 млн руб. Программа 1910 г., поздно принятая, рассчитанная на длительный срок выполнения и явно не учитывающая быстрый рост потребностей в новой технике, выглядела штопаньем прорех в оснащении русской армии. Общие расходы в 1911–1913 гг. на армию и флот составили в среднем около 720 млн руб. в год против менее 570 млн руб. в первые послереволюционные годы.

Кризис третьеиюиьской системы. С начала 1911 г. стала обнаруживаться шаткость позиции председателя Совета министров, в политике которого разочаровывались правые силы. Все заметнее отказывал в поддержке Столыпину Николай II. Борьбу против премьера возглавили лидеры правых в Государственном совете П. Н. Дурново и В. Ф. Трепов, которые вели свою кампанию продуманно. Они заручились общей поддержкой царя и его разрешением на голосование в Совете против законопроекта правительства о земствах в западных губерниях. Столыпин, не учтя коварства, присущего российскому самодержцу, переоценил прочность своей позиции. Государственный совет, рассматривая закон о земствах, изъял положение о национальных куриях. Столыпин подал в отставку, но царь ее не принял, не допуская решения подобных вопросов подданными и учитывая мнение императрицы-матери, великих князей, продолжавших видеть в Столыпине опору трона. В итоге председатель был оставлен на своей должности и даже с принятием определенных условий с его стороны, но, как трезвый политик, Столыпин понимал, что дни его премьерства сочтены.

Возникший весной 1911 г. «министерский» кризис вскоре сменился «парламентским». Поводом явился перерыв в работе Думы, который депутаты сочли незаконным. В сходных выражениях определил свою позицию и Государственный совет. В итоге А. И. Гучков сложил с себя полномочия председателя Думы. Его сменил крупный помещик и деятель екатеринославского земства Михаил Владимирович Родзянко, поддержанный правооктябристским большинством. «Министерский» и «парламентский» кризисы, показав шаткость третьеиюньской системы, выявили усиление вмешательства царя в деятельность высших органов государственной власти. В дальнейшем эта тенденция развивалась, осложняя функционирование исполнительной власти, обремененной массой нерешенных проблем и вопросов.

28 августа Столыпин приехал в Киев на торжества по случаю открытия земских учреждений и памятника Александру II. Устроители продемонстрировали пренебрежение к главе правительства — ему пришлось нанимать извозчика, так как для него не нашлось места в экипажах, предоставленных царю и царской семье, приближенным лицам, и не был выделен отдельный казенный экипаж. Охраной высокопоставленных лиц занимался товарищ министра внутренних дел и командир корпуса жандармов П. Г. Курлов, смещения которого добивался Столыпин. Поступившее в киевское охранное отделение сообщение от жителя города Д. Г. Богрова, что на его квартиру прибыл человек с оружием, должным образом не оценили, и вряд ли по недомыслию. Богров сотрудничал с охранкой, выдавая за деньги анархистов. Ему предоставляли пропуска и билеты на все мероприятия, где он буквально по пятам ходил за Столыпиным. 1 сентября в киевской опере в антракте Богров в упор дважды выстрелил в премьера. Несколько дней состояние Столыпина было неопределенным, а после резкого ухудшения 5 сентября он умер. Богров предстал перед Киевским окружным военным судом 9 сентября, а 12-го уже был повешен. Новым председателем Совета министров был назначен Владимир Николаевич Коковцов, сохранивший за собой пост министра финансов. Коковцов происходил из знатной дворянской семьи, в 1896–1902 гг. был товарищем министра финансов С. Ю. Витте, затем — статс-секретарем Государственного совета, а с февраля 1904 г. занимал с небольшим перерывом должность министра финансов.