После третьеиюньского переворота правительство принимает жесткие меры по стабилизации положения в стране. Наиболее активно эта линия внутренней политики проводилась до 1909 г., т. е. в годы премьерства П. А. Столыпина, что обусловило ее характеристику как «столыпинской реакции». Председатель Совета министров неоднократно публично заявлял о своей убежденности в необходимости искоренения революционных настроений и решительных действий против революционеров. Он не отступил даже перед непрекращавшимися (всего их было И) покушениями на него. Правительство широко использовало Положение об усиленной и чрезвычайной охране, вводя его нормы в отдельных регионах страны. С кануна революции (июль 1904 г.) и по июль 1909 г. репрессиям подверглось не менее 1,5 млн человек. Беспощадное искоренение смуты сопровождалось обысками в железнодорожных поездах, школах, университетах, церквях, учреждениях земств и судов. К началу 1908 г. в тюрьмах находилось более 200 тыс. человек, что вдвое превышало число мест в них и содействовало распространению болезней, особенно сыпного тифа. Смертная казнь, по словам В. Г. Короленко, стала в России «бытовым явлением». В 1906–1909 гг. было закрыто 350 профсоюзов рабочих, почти 500 — отказано в регистрации. Большинство возникших в революцию демократических организаций подверглись полному уничтожению. Исчез Крестьянский союз, жалкие обломки остались от студенческих и профессионально-интеллигентских союзов.

Столыпинская аграрная реформа. Идеи дальнейшей модернизации России в социально-экономической сфере получали все большее распространение даже в правящем классе. Такой позиции придерживался и новый председатель Совета министров П. А. Столыпин, считая необходимым ликвидировать глубинные причины народной борьбы против власти. Он: заявлял: «Революция — болезнь не наружная, а внутренняя, и одними наружными средствами ее не вылечишь». В модернизационно-реформаторской линии политики столыпинского правительства ключевое место заняла аграрная реформа. Суть ее сводилась к решению крестьянского вопроса не через отчуждение помещичьих земель, а предоставлением крестьянству земли в индивидуальную собственность за счет общинного фонда. Данная идея к этому времени прошла уже определенный путь развития на съездах уполномоченных дворянских обществ и в Особом совещании о нуждах сельскохозяйственной промышленности под председательством Витте. При известном сходстве позиций Столыпина и Совета объединенного дворянства в разрешении аграрного вопроса у них были различия, даже определенные противоречия, которые в дальнейшем привели к серьезному конфликту. Дворянство, высказываясь за разрушение общины, видело в этом единственную возможность отвести крестьянскую угрозу от помещичьей земли. Столыпин, не покушаясь на дворянские имения, руководствовался идеей создания в земледельческом центре страны хуторского хозяйства. В этой позиции премьера, вероятно, сказался его жизненный опыт, никак не связанный с русской деревней. Это было характерно и для разработчика землеустроительной части реформы, датчанина А. А. Кофода. Приехав в Россию в 22-летнем возрасте и совершенно не зная русского языка, он долго жил в датской колонии в Псковской губернии. В проведении аграрной реформы отразилось личное неприятие Столыпиным духа русской общины, о чем он писал в 1904 г.: «У русского крестьянина — страсть всех уравнять… а так как массу нельзя поднять до уровня самого способного, самого деятельного и умного, то лучшие элементы должны быть принижены к пониманию, к устремлению худшего, инертного большинства». На эти деятельные элементы он и рассчитывал, приступая к разрушению общины. Осуществление реформы неотделимо у Столыпина от проявления силы верховной власти: «Не беспорядочная раздача земель, не успокоение бунта подачками — бунт погашается силою, а признание неприкосновенности частной собственности и, как последствие, отсюда вытекающее, создание мелкой личной земельной собственности, реальное право выхода из общины и разрешение вопросов улучшения землепользования — вот задачи, осуществление которых правительство считало и считает вопросами бытия русской державы».

Началом аграрной реформы стал Указ, принятый 9 ноября 1906 г. между I и II Думами в порядке ст. 87 «Основных государственных законов». По новому закону домохозяину, владеющему надельной землей на общинном праве, разрешалось требовать укрепления его части земли в личную собственность. При наличии излишков больше душевого наделения домохозяева могли и эту землю укрепить за собой. Выделенная земля становилась личной собственностью домохозяина, которой он мог распоряжаться, но с ограничениями. Продавать ее можно было только лицам, приписанным к сельскому обществу, закладывать — только в Крестьянском поземельном банке, а завещать — только ближайшим наследникам. Закон ориентировался на зажиточные слои деревни, которые получали возможность мобилизации земельных владений за счет скупки наделов бедноты. Указ поступил на рассмотрение Думы в конце 1909 г. Правооктябристское большинство готово было его сразу одобрить. Кадеты, страшась нового революционного взрыва, предлагали действовать осторожно и постепенно. Решительно против столыпинского указа выступили трудовики. Крестьянские депутаты из правых фракций дополнительно внесли законопроект, предлагая наделение безземельных и малоземельных крестьян за счет помещичьих земель. Их требования поддержали социал-демократы. Поправка думской земельной комиссии к проекту была направлена на расширение условий выделов. Сельские общества, в которых не проводилось в течение последних 24 лет общих переделов, объявлялись целиком перешедшими к наследственному землевладению. С этим дополнением правительственный законопроект был принят Думой. Поправка Государственного совета устанавливала единоличное владение также в обществах, где переделов не было с момента наделения землей. 14 июня 1910 г. закон был утвержден царем. 29 мая 1911 г. был принят Закон о проведении землеустроительных работ, по которому селения, где прошло землеустройство, оказывались перешедшими к наследственному участковому владению. Подобная норма давала право землеустроительным комиссиям насаждать хуторское и отрубное землепользование.

К началу реализации столыпинской аграрной реформы от общего числа 12,3 млн крестьянских и казацких дворов владели землей на общинном праве в Европейской России 9,5 млн (или 77 %). Желание выйти из общины было характерно для части зажиточной верхушки, стремившейся освободиться от стеснительных общинных порядков и завести более рациональное хозяйство. Эти тенденции особенно проявлялись в районах сравнительно недавнего заселения (Новороссия, Предкавказье, степное Заволжье), где община была слабее и где более интенсивно шел процесс капитализации аграрного хозяйства. Достаточно многочисленной в русской деревне была группа выделенцев, намеревавшихся полученную землю сразу продать. Это были, как правило, малоземельные крестьяне, уже порвавшие связь с хозяйством или желавшие этого. Две крайние группы деревни — богатая и беднейшая — и составили основное число выходцев из общины, причем вторая преобладала. Часть середняков выделялась из опасения остаться в начавшейся земельной перетасовке с худшими и урезанными наделами.

Данные об итогах реформы свидетельствуют, что община упорно сопротивлялась переделу крестьянской земли, поскольку помещичья оставалась нетронутой. К сентябрю 1914 г. заявления об укреплении земли в личную собственность подало 2,7 млн хозяев, т. е. менее трети. Из них только около 27 % получили согласие сельских сходов, поэтому 9 % крестьян взяли свои заявления обратно. Больше всего выходов приходилось на Поволжье, Таврическую, Херсонскую, Екатеринославскую губернии. В 1907 г. выделилось из общины 48,3 тыс. хозяйств. В 1908 и 1909 гг. этот показатель составил соответственно больше 508 тыс. и почти 580 тыс. выделов, т. е. увеличение к первому году было в 10 и 12 раз. В последующее пятилетие выделы неуклонно снижались, достигнув в 1914 г. 98 тыс., а в военном 1915 г., опустившись до 30 тыс. Невелико было число выделов в общинах, которые по закону 1910 г. признавались полностью перешедшими на новые права землевладения. За 1910–1915 гг. из 3,7 млн членов этих общин удостоверительные документы потребовало около 17 % домохозяев, а получило менее 13 %. В общей сложности за 1907–1915 гг. около 2,5 млн крестьян получили право собственности на бывшую надельную землю. К этому числу следует добавить 2,8 млн хозяйств с подворным владением землей, для которых снимались ограничения в продаже земли. В итоге 39 млн десятин земли могло свободно покупаться и продаваться.