Аграрный вопрос в России. Новое царствование ознаменовалось открыто заявленной поддержкой высшего сословия Российской империи, прежде всего поместного дворянства. Уже в Манифесте от 14 ноября 1894 г. объявлялось об очередном снижении процента по ссудам должников Дворянского земельного банка. Это послужило поводом подачи правительству ходатайств дворянских собраний, в которых содержались призывы о помощи, необходимости оградить дворянские родовые гнезда как сельскохозяйственные культурные центры от разорения. Во время коронационных торжеств Николай II выразил сочувствие нуждам дворянского сословия, что увеличило поток прошений. Приобретавший все большую агрессивность социальный паразитизм помещичьего класса вызывал неудовольствие в министерских сферах. Однако это не помешало в мае 1897 г. ввести императорским указом очередное понижение учетного процента Дворянского земельного банка с 4 до 3,5 %.

Вопросы аграрной политики на рубеже XIX–XX вв. бурно обсуждались на специально созываемых ведомственных совещаниях, особых совещаниях, комиссиях и т. п. В 1896 г. стало работать Совещание с участием губернских предводителей дворянства в рамках Министерства внутренних дел (МВД), в 1899–1901 гг. действовало так называемое Особое совещание И. А. Звегинцева. Его сменила Комиссия центра, возглавляемая государственным контролером В. Н. Коковцовым. В 1902 г. учреждаются Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности под руководством В. Ю. Витте и Редакционная комиссия при МВД во главе с В. К. Плеве. В ходе этих многолетних обсуждений крестьянского вопроса, сопровождавшихся сбором огромного и разнообразного материала о нуждах русской деревни, выдвигались идеи о необходимости перехода в политике государства от опоры на крестьянскую общину к опоре на крестьянина как частного земельного собственника, ликвидации круговой поруки. «Оскудение» исторического центра страны увязывалось с громадными затратами государства на окраинные владения и тяжестью обложения крестьянства коренной России. Участники комиссий и совещаний предлагали понижение, но не отмену выкупных платежей, говорили о необходимости увеличить государственные расходы на подъем сельского хозяйства, повышение образования в крестьянской среде и пропаганду специальных агрономических знаний. Одновременно появились проекты расширения и регулирования переселенческого процесса, развития аренды и куплипродажи земли. Вместе с тем были и проекты сохранения неприкосновенности общины, патриархальных устоев крестьянской семьи, противодействия разделам семей и т. п.

26 февраля 1903 г., в период работы Совещания Витте и Редакционной комиссии, был обнародован Манифест, возникший по инициативе и при участии князя В. П. Мещерского, а затем отредактированный чиновниками МВД под руководством Плеве. В целом документ отражал реакционно-консервативную линию на решение крестьянского вопроса, но содержал и такие положения, которые свидетельствовали о колебаниях правительства. Подтверждая неприкосновенность общинного крестьянского землевладения, сохранение сословного строя и неотчуждаемость надельных земель, царь обещал выработать меры для облегчения выхода крестьян из сельских обществ и отмены круговой поруки.

Вся многолетняя работа учрежденных по царскому повелению комиссий и особых совещаний привела к принятию лишь нескольких частных законодательных актов, отменявших самые устарелые обычаи и правовые нормы. Среди них были законы об отмене телесных наказаний крестьян (1902), круговой поруки (1903), облегчении выхода из общины зажиточных крестьян (1903), упрощении процедуры переселения (1903). Столь разительный контраст с более результативным решением проблем торгово-промышленной сферы свидетельствует о сложности и глубине аграрных противоречий в России, их непосредственной связи с положением господствующего сословия империи и ее верховной власти. Не случайно поиск на рубеже XIX–XX вв. мер к разрешению дворянского и крестьянского вопросов неизбежно выявлял их социально-политический аспект, что приводило к возникновению трений между самодержавием и поместным дворянством по вопросам о методах и целях внутренней политики. Стремясь сохранить свои экономические, социальные, политические привилегии и монархию как охранительницу этих старых устоев российского общества, поместное дворянство начинает подталкивать верховную власть к модернизации, к ликвидации очевидной архаики. Однако это не встретило понимания ни в лице самого Николая II, ни в деятельности приближенного к нему после отставки Витте в 1902 г. В. К. Плеве, что со всей очевидностью показали итоги работы Редакционной комиссии и Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности.

Национальный и конфессиональный вопросы в условиях развития общего социально-политического кризиса приобретают новую остроту. Их взаимодействие и сложное переплетение было обусловлено принципами, что «нет отдельных народов, есть только подданные» и утверждением православия как официальной религии. В начале XX в. экономическое развитие отдельных окраин приводило к росту их буржуазии, заявлявшей о своих претензиях. Шло также формирование национальной интеллигенции, являвшейся питательной средой для сепаратистских и леворадикальных течений. В России начинают возникать национальные политические организации и партии, число которых в конце концов превысило количество русских политических объединений. Развитие национального самосознания сопровождалось ростом изданий национальной периодики. Указанные тенденции были особенно заметны в регионах с сильными традициями национальноосвободительного движения и развитыми экономически — Польше, Финляндии, Украине. В индустриальных городских центрах, возникших в Прибалтике и Закавказье (Рига, Ревель, Баку), в силу многонационального состава пролетариата, значительной доли русских кадровых рабочих на первый план выступала общепролетарская борьба за свои права.

В конце 1890-х гг. вновь обострился финляндский вопрос. По инициативе Николая II были ограничены права сейма княжества, в делопроизводство введено употребление русского языка, установлен порядок замещения административных должностей выходцами из России, ликвидирована самостоятельность финской армии. Это вызвало демонстрации протеста, проведение сбора подписей под петицией царю с просьбой отменить законы, ущемляющие финляндскую автономию, посылку депутации к царю. Депутация, однако, не была принята, что только усилило сепаратистские и революционные настроения в Финляндии.

Постоянно тлеющим огнем в России оставался еврейский вопрос, поскольку для лиц, исповедовавших иудаизм, сохранились все прежние ограничения, касавшиеся территории проживания, прав собственности, занятий, приобретения высшего образования. Это привело к активному формированию на рубеже XIX–XX вв. многочисленных еврейских общественно-политических организаций, от сионистских до социал-демократических. Значительная часть еврейской молодежи, стремившаяся вырваться из замкнутого местечкового мира, вступала в ряды русского освободительного движения. Это давало повод многим лицам из числа высших сановников да и самому Николаю II считать евреев главными возмутителями спокойствия. Такие взгляды высказывались открыто, что провоцировало возрождение в 1903 г. еврейских погромов.

К возникновению народных движений на окраинах империи часто приводили действия властей. В июне 1903 г. был издан царский указ о секвестре движимого и недвижимого имущества армянской церкви и передаче под контроль государства ее расходов. Ему предшествовали закрытие в середине 1890 гг. армянских школ и конфискация в 1898 г. их денежных средств; ликвидация в 1900-х г. армянского издательского общества и гонения на армянскую прессу. Стачка на Юге России заставила власти отсрочить исполнение указа и одновременно ускорила переход армянского населения к активным действиям. В июле — августе 1903 г. прошли демонстрации протеста в городах Армении, Азербайджана и Грузии. В Гяндже произошло столкновение демонстрантов с полицией, были убитые и раненые. Армянская партия «Дашнакцутюн» в 1904 г. решила «заменить стратегию самозащиты на Кавказе стратегией революционных действий». Ею был осуществлен ряд террористических актов против царских чиновников.