Утвердилось московское влияние и в земле коми-зырян по рекам Выми и Вычегде. Здесь в 1383 г. была создана новая Пермская епархия, первым епископом которой стал Стефан Пермский, обративший коми-зырян в христианство и создавший для них алфавит и письменность на их языке. Архиепископ новгородский в 1385 г. пытался выгнать Стефана из его епархии, но нападение было отбито с помощью жителей Устюга.
Василий Дмитриевич предпринял против Новгорода более радикальные и решительные действия. В 1397 г., вступив в соглашение с местными двинскими боярами, он взял под свою защиту отпавшую от Новгорода Двинскую землю, послав туда своих наместников. Двинянам была выдана уставная грамота, определявшая положение Двинской земли в составе владений великого князя московского. Переход Двинской земли под власть Москвы определил бы судьбу и ряда других северных владений Новгорода, которые оказались бы отрезанными от основной территории Новгородского государства. Одновременно московская рать заняла пограничные «волости», бывшие «сместными» — общими владениями великого князя и Новгорода: Торжок, Бежецкий Верх, Волок Ламский, Вологду. Все это могло бы привести к серьезному ослаблению Новгородского государства и к усилению позиций великокняжеской власти в Новгороде, но удержать все эти земли под своей властью великому князю не удалось. Новгородское войско подавило восстание двинян и серьезно разорило соседние Белозерские (входившие в состав Великого княжества Московского) и Ростовские земли. Предпринимавшиеся в последующие годы попытки с помощью двинских эмигрантов, обосновавшихся в Устюге, вернуть Двинскую землю под власть великого князя оказались безуспешными. Новгородское государство оказалось достаточно сильным, оно сумело не только отразить нападения, но и отвечало на них сильными контрударами, от которых, правда, больше страдали Ростовские земли вокруг Устюга, а не великокняжеские территории. Закрепить за собой Торжок Василию Дмитриевичу также не удалось, но другие новгородские волости (Бежецкий Верх, Волок Ламский, Вологду) он удержал под своей властью, и уже после его смерти, в 30-х гг. XV в., новгородские власти тщетно добивались от его сына Василия Васильевича их возвращения.
Борьба за присоединение Нижнего Новгорода. Другой важный шаг, предпринятый Василием Дмитриевичем, касался Нижнего Новгорода. В 1392 г., воспользовавшись затруднениями Тохтамыша в войне с Тимуром, великий князь московский добился от него ханского ярлыка на этот крупный центр. После этого нижегородские бояре отказали в поддержке своему князю Борису Константиновичу и Нижний Новгород с прилегающими волостями вошел в состав владений Москвы. Нижегородско-Суздальское княжество в последних десятилетиях XIV в., подобно Тверской и Рязанской земле, имело ранг «великого княжения», а его правители Могли претендовать на формальное равенство с правителями Москвы. Теперь это «великое княжение» перестало существовать, а его столицей завладел великий князь московский. Присоединение Нижнего Новгорода можно рассматривать как своего рода знаковое событие, обозначившее начало перехода от первого этапа объединения княжеств Северо-Восточной Руси, когда они подчинились руководящей политической роли Москвы, ко второму, когда встал вопрос об их включении в состав владений великого князя московского.
Правда, само присоединение Нижнего Новгорода прошло мирно и спокойно, но последующие события показали, что окончательно овладеть Нижним Новгородом оказалось нелегко. Потерявшие Нижний Новгород суздальские князья нашли поддержку в Орде, прежде всего у татарских и мордовских князей Среднего Поволжья, которые постепенно становились серьезной самостоятельной силой в условиях начинавшегося распада Ордынского государства. Уже в 1395 г. один из суздальских князей, Семен Дмитриевич, с их помощью сумел овладеть Нижним Новгородом. Василию Дмитриевичу пришлось послать брата Юрия с большим войском, которое не только восстановило московскую власть в Нижнем Новгороде, но также разорило Болгар, Джукетау и другие города Среднего Поволжья. Во время набега Едигея в 1408 г. к Нижнему Новгороду пришли «мнози татарове и Болгарская сила и Мордва», и при их поддержке здесь на княжеский стол сели сыновья Бориса Константиновича Иван и Даниил. В 1411 г. они разбили у Аыскова посланное против них московское войско во главе с братом великого князя Петром. Лишь в 1415 г. Юрию Дмитриевичу удалось изгнать из Нижнего Новгорода суздальских князей. Однако московская власть оставалась здесь непрочной. С суздальскими князьями, нашедшими приют в Орде, постоянно велись переговоры, и в 1419 г. Василий Дмитриевич передал Нижний Новгород одному из них, Александру Ивановичу, женив его на своей дочери. После его смерти Нижний Новгород вернулся под власть великого князя, но ненадолго. В 1424 г. на нижегородском столе снова сидел Даниил Борисович. Лишь после его смерти Нижний Новгород прочно вошел в состав владений московского великого князя. Таким образом, борьба за присоединение Нижнего Новгорода растянулась на несколько десятилетий.
В общественном мнении того времени действия великого князя московского в отношении суздальских князей неоднократно получали отрицательную оценку. Так, в тверской редакции общерусского свода начала XV в. читаем, что Василий Дмитриевич добивался в Орде нижегородского княжения «на кровопролитие, на погыбель христианскую» и «взя Нижнии Новгород златом и сребром, а не правдою». В том же источнике резко осуждались нижегородские бояре, не сохранившие верности своему князю. Один из наиболее авторитетных духовных лиц — современников Василия Дмитриевича, Кирилл Белозерский обратился к великому князю с посланием, в котором призывал его примириться с суздальскими князьями. Все это показывает, с какими серьезными трудностями столкнулась московская великокняжеская власть, когда она предприняла первые попытки объединить земли Северо-Восточной Руси под властью одного правителя. Новое препятствие на пути к объединению русских земель возникло с началом феодальной войны в Великом княжестве Московском.
Борьба внутри московского княжеского рода за великокняжеский стол. Феодальная война. Для «великих княжений», образовавшихся на русских землях во второй половине XIV в., были характерны острые конфликты, борьба за обладание великокняжеским троном между представителями разных ветвей княжеского рода и даже между членами одной семьи. Так, соперник Дмитрия Донского Михаил Александрович завоевал тверской стол в напряженной борьбе со своим дядей Василием I. Для московского княжеского рода такие конфликты первоначально не были характерны. Ряд важных обстоятельств способствовал единству московского княжеского рода: центр княжества — город Москва был их коллективным владением; у московских бояр были крупные владения и на территории великого княжения, и на землях уделов; наконец, удельные князья, действовавшие совместно с великим князем, получали часть его «примыслов». Так, после присоединения Нижегородского княжества дядя Василия I Владимир Андреевич присоединил к своему уделу Городец на Волге. Солидарность членов рода в борьбе за великокняжеский стол стала одним из важных условий их успеха. Однако когда цель была достигнута и руководящее положение великого князя московского в Северо-Восточной Руси уже никто не оспаривал, противоречия, подспудно существовавшие и ранее, вышли наружу.
После смерти Василия I (27 февраля 1425 г.) его брат Юрий стал претендовать на великокняжеский стол, не желая признавать новым великим князем молодого племянника Василия, сына Василия Дмитриевича. Однако он не сразу решился открыто оспаривать право племянника на власть. Василий Дмитриевич отдал сына под опеку его могущественного деда — Витовта. Во второй половине 20-х гг. Софья Витовтовна с малолетним сыном неоднократно навещала отца, прося его о помощи и поддержке. В условиях, когда к власти в Орде пришел ставленник Витовта Улу-Мухаммед, у Юрия Дмитриевича не было шансов для успешной борьбы за престол, и в 1428 г. он заключил договор с племянником, признав его «старшим братом» — сюзереном.