В 1681 г. правительство попыталось предложить проект, касавшийся изменений в управлении церковью: предусматривалось создать при 12 митрополиях 72 епископии по принципу строгого подчинения. На Церковном соборе 1681–1682 гг. архиереи отклонили боярский проект, согласившись только на образование четырех новых епархий (Устюжской, Холмогорской, Тамбовской и Воронежской). Это объяснялось тем, что создание такого числа новых епархий можно было осуществить только путем дробления прежних, что сократило бы доходы каждого из архиереев. Они не желали усиления централизации церковного управления, предпочитая оставаться под контролем патриарха без посредничества со стороны митрополитов.

Помимо борьбы со старообрядчеством, идеологическая деятельность русской церкви в последней четверти XVII в. определялась противоборством двух течений: «грекофилов» и «латинствующих». «Грекофильство» представляло официальную позицию церкви и поддерживалось царской властью. Особым влиянием пользовались «грекофилы» при патриархе Иоакиме. Из отечественных «грекофилов» выделялись Епифаний Славинецкий, Евфимий Чудовский, Афанасий Холмогорский, а также приезжавшие в Россию греки — братья Ли худы, Арсений Грек и др. «Грекофилы», как переводчики и авторы собственных сочинений, выступали против рационалистических методов анализа вероучительных и богослужебных текстов. С «грекофилами» связано распространение греческой образованности, выразившееся в создании Типографской школы при Печатном дворе в 1681 г. и Славяно-греко-латинской академии в 1687 году.

Патриарх Иоаким выступал с осуждением культурных и бытовых западных заимствований, «латинства» и проявлял крайнюю нетерпимость к иноземцам. Например, он требовал, чтобы из русского войска были отозваны иностранные офицеры. Яркими представителями «латинства» из духовных лиц были Симеон Полоцкий и его ученик Сильвестр Медведев. Переехав из Полоцка в 1664 г. в Москву, Симеон Полоцкий развернул при поддержке Алексея Михайловича разностороннюю деятельность. Он был учителем царских детей Алексея, Федора и Софьи; преподавал в Богоявленской и Заиконоспасской школах; открыл в Кремле придворную типографию, в которой издавал богословскую и учебную литературу, а также собственные сочинения. Симеон Полоцкий считал «разумное» знание необходимой составляющей процесса познания; истинное познание Бога должно исходить из веры и «разумного» знания. Этот подход он воплощал в своей преподавательской деятельности, считая, что в России надо создавать систему светского образования для изучения «гражданских и духовных» наук. Патриарх Иоаким осуждал взгляды и деятельность Симеона Полоцкого, но открыто против него не выступал, поскольку Симеона поддерживали и Алексей Михайлович, и Федор Алексеевич. Только в 1680 г., после смерти Симеона Полоцкого, патриарх обвинил его в отклонении от истинного православия, назвав его сочинение «Венец веры» венцом «из терния, на западе прозябшего, сплетенным».

Трагично сложилась судьба переводчика, поэта и церковного писателя Сильвестра Медведева. Его столкновение с патриархом Иоакимом произошло по богословскому вопросу — о времени пресуществления Святых Даров. Согласно христианскому вероучению непостижимое для человеческого разума превращение хлеба и вина в тело и кровь Христа происходит во время совершения священником таинства евхаристии. Сильвестр в соответствии с католической традицией считал, что евхаристия совершается в момент произнесения на литургии «Христовых словес» — «Приимите, ядите…», а его оппоненты — после возглашения иереем молитвы «И сотвори убо…».

Мнение Сильвестра о моменте пресуществления Святых Даров было оспорено братьями Лихудами, которые обвинили противника в так называемой «хлебопоклонной ереси». В разгоревшейся полемике Сильвестр продемонстрировал не только блестящее знание греческой литературы, но и «рационалистическую методу» как способность человеческого разума к познанию мира. Собственные интересы Сильвестра Медведева захватывали и политическую сферу. В 1689 г., как сторонник царевны Софьи, он был арестован, а в 1691 г. казнен. Патриарх Иоаким в 1690 г. на Церковном соборе добился осуждения «латинствующих».

Последний, одиннадцатый в истории средневековой Руси патриарх Адриан (1690–1700) был сторонником и представителем «древлецерковного благочестия». Нельзя сказать, что, вступив во власть, Петр Алексеевич не считался с церковью. Это было просто невозможно в конце XVII века. Но по мере возмужания (особенно после смерти матери в 1694 г.) в его отношениях с патриархом Адрианом все резче обозначалось неприятие мнений и действий друг друга. В патриаршем «Увещании к пастве» звучала вера в незыблемость православия и надежда на традиционное отношение светской власти и церковной: «Царство убо власть имать точию на земли между людьми… Священство же власть иметь и на земли и на небеси». Свой долг патриарха он видел в том, чтобы свободно высказывать царю мнение по важным вопросам. Эту позицию Адриан отстаивал словом и делом, предавая осуждению петровские новшества: брадобритие, немецкое платье, курение табака. Он видел в этом падение нравов московских людей и наступление западных ересей. По отзывам современников, патриарх Адриан, не отличавшийся ни глубокой ученостью, ни большой смелостью, прежде всего заботился о сохранении для себя белого клобука и мантии. Но положение главы церкви обязывало его возвышать голос, просить светскую власть о милосердии. В 1698 г. Адриан выступил перед царем ходатаем за бунтовавших стрельцов. На мольбы патриарха о смягчении наказания Петр ответил предельно ясно: «Я не меньше тебя чту Бога и его Пречистую Матерь, но мой долг — казнить злодеев, умышлявших против общего блага». Фактически этими словами Петр определил и свои отношения с патриархом, и положение церкви в обществе.

С началом Петровских реформ церковь неуклонно теряла свои позиции. Православный изоляционизм был несовместим с разносторонним западным влиянием, светскостью, пронизывавшей разные стороны жизни, с веротерпимостью. Государственные интересы требовали усвоения светских знаний, приходивших с Запада, что неизбежно подтачивало влияние церкви в духовной жизни общества. Церковь отстаивала традиционное, привычное; Петр, напротив, разрушал все это. В сложившейся ситуации церковь была обречена на реформирование со стороны светской власти. Церковная реформа станет одним из наиболее обдуманных и последовательных из многочисленных преобразований Петра I. Ему потребовались годы, чтобы кардинально изменить управление церковью: лишить ее самостоятельности и полностью подчинить государству. Но первые шаги на этом трудном пути были сделаны его предшественниками в XVII столетии.

XVII столетие вошло в историю как «бунташный век». Справедливость этого определения, данного уже современниками, подтверждают бурные и трагичные события Смутного времени с их острым противостоянием практически всех социальных групп. О том же свидетельствуют и известное под названием «Балашовщины» движение «вольницы» в армии А.И. Шейна периода Смоленской войны, и неоднократно вспыхивавшие в последующие годы городские восстания, а также массовое движение под руководством донского казака С.Т. Разина и серия стрелецких бунтов в конце века. Причем большинство волнений, бунтов и движений, как это ни покажется парадоксальным, происходило в годы царствования Алексея Михайловича, прозванного Тишайшим. Именно в его правление массовый характер приняли городские восстания, при этом два особенно мощных из них, в 1648 и 1662 rr. развернулись непосредственно в столице.

Городские восстания середины XVII в. были наиболее сильным проявлением внутреннего недовольства и социального напряжения, постоянно существовавшего в массе городского населения. В 30-х гт. иностранные дипломаты неоднократно отмечали взрывоопасность обстановки в Москве, возможность новых смут и мятежей. Усиление налогового гнета в период Смоленской войны и введение новых налоговых сборов ко времени заключения Поляновского мира создавали благоприятную почву для волнений. В марте 1636 г. сильный пожар в Китайгороде Москвы сопровождался массовыми беспорядками. Малоимущие жители столицы, среди которых были холопы, посадские люди и стрельцы, не только громили лавки и грабили отдельные дворы, но и выпускали из тюрем колодников, разбивали кабаки и даже вооружались. И все же эти беспорядки не идут ни в какое сравнение с теми событиями, которые начались в Москве в первых числах июня 1648 г. и, как полагают некоторые исследователи, продолжались, хотя и с разными степенью накала и составом участников, вплоть до принятия в конце января 1649 г. Соборного уложения.