Борис Годунов жестоко покарал князей Шуйских и постарался обезопасить себя от интриг царицы Марии и Нагих. По его наущению царь Федор прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского, наделенного самыми широкими полномочиями. Фактически царевич Дмитрий и его мать Мария Нагая лишились почти всех прерогатив, которыми они обладали в качестве удельных владык. Все деньги удельная семья стала получать из рук дьяка. Его постоянная опека вызывала возмущение вдовы Грозного и ее братьев. На этой почве происходили постоянные ссоры и брань.

В полдень 15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб в своей резиденции в Угличе. Гибель наследника престола поставила правителя в затруднительное положение. Слухи о покушениях на жизнь Дмитрия давно носились по Москве.

Годунов проявил обычную для него осторожность и предусмотрительность. Для розыска о причинах гибели царевича он согласился составить следственную комиссию, включавшую авторитетных членов Боярской думы. В Углич были посланы лица, придерживавшиеся абсолютно разной политической ориентации.

Руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Но в помощники ему был назначен окольничий Андрей Клешнин, известный своей преданностью Борису. В то же время Клешнин доводился зятем Григорию Нагому, жившему при особе царицы Марии в Угличе.

Вся практическая организация следствия была возложена на главу Поместного приказа думного дьяка Елизария Вылузгина и его подьячих.

По прошествии времени следователь Василий Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.

Согласно выводу комиссии, царевич нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов невольно вызывает подозрение.

Следует ли рассматривать сохранившиеся угличские материалы как оригинал, или это беловая копия? По мнению А. А. Зимина, основная часть материалов следственного дела дошла до нас в виде беловой копии.

Если это копия, а оригиналы допросов не сохранились, то легко заподозрить, что черновики подверглись при копировании фальсификации.

Палеографическое исследование рукописи выявило примерно шесть или даже восемь основных почерков писцов. Следственная комиссия очень спешила. Главных свидетелей допрашивала боярская комиссия, в распоряжении которой были лучшие писцы. Параллельно другие писцы протоколировали показания полутора сотен второстепенных свидетелей. Отмеченное обстоятельство объясняет наличие многих почерков в документе. При составлении беловика такого множества писцов попросту не потребовалось бы. Достаточно было бы двух-трех человек.

Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте обыска имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканные подписи двух угличских игуменов.

Комиссия провела огромную работу в течение примерно десяти дней, и ей некогда было изготовлять черновики, потом копировать их на беловики, меняя содержание в нужном духе, повторно отбирать подписи у свидетелей.

Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит проверкой любого крупного события. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивала угличский «обыск». Есть основания утверждать, что угличское дело стало жертвой ретроспективной оценки событий.

К моменту смерти царевича не исчезла полностью возможность рождения законного наследника в семье Федора. Никто не мог точно предсказать, кому достанется трон. Из ближних родственников царя наибольшими шансами обладал не Годунов, а Романовы.

Ситуация, сложившаяся в Москве к моменту трагедии, носила критический для правительства характер. Над страной нависла непосредственная угроза вторжения шведских войск и татар. Власти готовились к борьбе не только с внешними, но и с внутренними врагами. За одну-две недели до смерти Дмитрия они разместили на улицах столицы усиленные военные наряды и осуществили другие полицейские меры на случай народных волнений. Достаточно было малейшего толчка, чтобы народ поднялся на восстание, которое для Годунова могло кончиться катастрофой.

В такой обстановке гибель Дмитрия явилась для Бориса событием нежелательным и, более того, крайне опасным. Факты опровергают привычное представление, будто устранение младшего сына Грозного было для Годунова политической необходимостью. Вместе с тем рушится предвзятая оценка угличского «обыска».

Следственные материалы сохранили по крайней мере две версии гибели Дмитрия.

Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Ее выдвинули дядья царицы Нагие. Но среди них не было полного согласия.

Андрей Нагой сидел с царицей за столом, когда произошло несчастье. Он живо описал, как «закричали на дворе, что царевича не стало». Нагая сбежала «сверху», и он, Андрей, «прибежал туто ж к царице», а «царевич лежит у кормилицы на руках мертв, а сказывают, что его зарезали, а он того не видел, хто его зарезал».

Безо всякой паузы Андрей рассказал далее о припадках «черной болезни» у царевича и о том, что тот играл перед смертью ножом. Тем самым он косвенно подтвердил версию о нечаянной смерти Дмитрия. Показания Андрея принадлежали к числу самых важных: он видел мертвого царевича одним из первых и «был у царевичева тела безотступно и тело он царевича внес в церковь».

Дядья царицы, Михаил и Григорий Нагие, обедали у себя на подворье и не сразу явились к месту происшествия.

По словам Григория, они «прибежали на двор, ажно царевич Дмитрей лежит, набрушился сам ножем в падучей болезни… и на двор прибежали многие люди… и почали говорить, неведомо хто, что будто зарезали царевича». Таким образом, Григорий прямо подтвердил версию нечаянной смерти внучатого племянника.

Показания Григория только в одном пункте расходились с показаниями Андрея. По словам Григория, когда он с братом прискакал ко дворцу, «царевич ешо жив был и при них преставился». Неточность в его показаниях может быть объяснена. Очевидцы говорили, что Михаил Нагой был «мертв пиан», «прискочил на двор пиян на коне». Григорий же пил за обедом вместе с Михаилом.

Из всех Нагих один Михаил категорически настаивал на том, что царевича убили: прибежал он «к царевичю на двор, а царевича зарезали» Волохов, Качалов и Битяговский-сын.

Однако Михаил не мог подтвердить свою версию ни одним свидетельским показанием.

Нагие напрасно отговаривались тем, что они не знают, кто первый заговорил об убийстве Дмитрия. Этим человеком, без сомнения, была мать мальчика. Ее слова подхватил Михаил Нагой.

По понятным причинам Нагие не хотели признать, что версию насильственной гибели княжича выдвинули они сами, не имея в своем распоряжении никаких тому доказательств.

Протоколы допросов позволяют установить с полной очевидностью, зачем понадобилась Нагим версия убийства Дмитрия. Таким путем они пытались оправдать расправу с государевым дьяком Битяговским.

В полдень 15 мая царица Мария отправилась обедать, а сына отпустила погулять и потешиться игрой с четырьмя сверстниками. Дети играли на небольшом заднем дворике — в углу между дворцом и крепостной стеной. Обед только начался, как вдруг на дворе громко закричали. Царица поспешно сбежала вниз и с ужасом увидела, что ее единственный сын мертв.

19 мая из Москвы в Углич прибыла комиссия боярина Василия Шуйского. С ним вместе приехал митрополит Геласий. В основу своих выводов комиссия положила подробные показания Василисы Волоховой. Фактически она была признана главным свидетелем. Объяснялось это достаточно просто. Василиса была хорошо известна при московском дворе. Она пользовалась полным доверием Ивана Грозного и много лет служила при нем постельницей. После его смерти она последовала за вдовой-царицей в Углич. При царевиче Дмитрии Волохова исполняла должность боярыни-мамки. В иерархии дворцовых чинов она стояла неизмеримо выше всех других лиц, непосредственных очевидцев происшествия.