Когда князь Иван, последний из душеприказчиков Василия III, умер, во главе партии Шуйских стал князь Андрей Михайлович Шуйский.

Дед будущего царя Василия Шуйского, князь Андрей, обладал беспокойным и неугомонным характером. Он был честолюбив и ради власти не боялся идти на самые рискованные поступки.

В браке с Соломонидой Сабуровой великий князь Василий III не имел детей. 20 лет его брат Юрий ждал кончины государя, чтобы наследовать престол. Второй брак монарха создал новую ситуацию. Но удельный князь не желал отказываться от своих планов. Исход заговора зависел от знати, и Юрий попытался заручиться поддержкой бояр. Он добился большого успеха, перезвав к себе на службу князей Андрея и Ивана Михайловичей Шуйских.

Василий III забил тревогу. Он не решился арестовать брата, но потребовал выдачи мятежных Шуйских. Они были закованы и разосланы в тюрьмы по городам. Строгость наказания объяснялась тем, что речь шла о заговоре и подготовке государственного перепорота. В темнице князь Андрей пробыл пять лет. Так неудачно складывалась карьера деда царя Василия Шуйского.

Тотчас после смерти Василия III правительница Елена Глинская выслушала «печалование» думы и митрополита и велела освободить от уз Андрея Шуйского и его брата. Если верить официальной летописи, освобожденный Андрей повел себя как сущий изменник: не медля ни дня, «злодей, мало побыв тако, пакы помысли к князю Юрью отъехати, и не токмо отъехати, но и на великое княжение его подняти, а у князя сего (Юрия) на мысли не бывало, понеже бо крест целовал великому князю: как было ему изменити?»

Пристрастность летописца очевидна. Царю надо было обелить родного дядю, а всю вину за происшедшее (в особенности за грядущую казнь Андрея Шуйского) возложить на изменников-бояр.

Ближе к истине другая летописная версия, автор которой знал многие подробности происшедшего. Когда Андрей Шуйский вернулся из тюрьмы, к нему пришел дьяк Юрия Третьяк Тишков с наказом звать его в удел. Удельный князь уже принес присягу трехлетнему Ивану IV, и дьяку пришлось давать объяснения по этому поводу: «Князя Юрья бояре приводили, заперши, к целованью, а сами князю Юрью за великого князя (трехлетнего Ивана IV) правды не дали: ино то какое целование? То неволное целование» (присяга). Иначе говоря, опекуны отказались заключить с Юрием традиционный договор — «докончание».

Через Андрея претендент на трон пытался склонить на свою сторону весь влиятельный клан Шуйских-Суздальских. Андрей отправился к боярину Борису Горбатому-Суздальскому и посвятил его в план заговора. «…Князь великий еще молод, — говорил Андрей, — а се слова носятся про князя Юрья; и толко будет князь Юрьи на государстве, а мы к нему ранее отъедем, и мы у него тем выслужим».

Рискованные действия заговорщиков не встретили сочувствия среди «братии» Андрея. Выслушав Шуйского, Горбатый «не всъхоте ехати ко князю (Юрию), но ему взъбраняше». Не медля, Борис отправился во дворец и подал донос. Спасая голову, и сам Андрей поспешил в думу с изветом. Горбатый якобы перезывал его на службу в удел, а Юрий дал ему знать, что «к нему хотят будто многие люди».

Заговор провалился, и власти посадили в башню сначала Андрея Шуйского, а затем князя Юрия с его боярами. Андрей провел в тюрьме еще пять лет. Лишь после смерти Елены Глинской правитель Василий Шуйский добился освобождения Андрея из заточения.

Благодаря опекунам братья Иван Плетень и Андрей Михайловичи Шуйские получили боярские чины.

Шуйские правили государством пять лет. После смерти последнего опекуна, князя Ивана Васильевича Шуйского, к власти пришли представители старшей ветви княжеского дома — князь Андрей Михайлович Шуйский с братом. Длительное пребывание в тюрьме давало о себе знать. Андрею недоставало политического опыта, расчетливости и осторожности. Его преследовали неудачи.

Когда юный великий князь стал оказывать милость боярину Федору Воронцову, Андрей Шуйский поспешил изгнать его из столицы. Князь и его советники «взволновашася между собою перед великим князем и митрополитом» и набросились на Федора в дворцовых хоромах: «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Вслед за тем Воронцова стащили «с великого князя сеней с великим срамом, биюще и пхаище, на площадь», после чего бросили в тюрьму. Шуйские и их пособники Головины не проявили уважения даже к митрополиту: «в кою пору от государя митрополит ходил к Шюйским, и в ту пору Фома Петров сын Головина на манатью наступал и манатью на митрополите подрал».

Члены думы имели право на боярский суд. Попытка устранения Воронцова без всякого суда вызвала недовольство у знати. Противники Андрея — новые «ласкатели» (фавориты) — опрометчиво вмешали несовершеннолетнего государя в свои распри. По приказу Ивана IV псари убили Андрея возле дворца напротив Курятных ворот. Убитый лежал наг в воротах два часа. Приверженцы князя Андрея князья Федор Скопин-Шуйский и Юрий Темкин-Ростовский попали в тюрьму.

Андрей Шуйский был первым боярином, убитым по приказу Ивана IV. В то время великому князю Ивану исполнилось 13 лет. «От тех мест, — записал летописец, — начали боляре от государя страх имети и послушание».

Достигнув совершеннолетия, Иван IV принял царский титул. Но этот акт мало что изменил в его взаимоотношениях с думой. Годы реформ стали для него годами ученичества. Государь всецело подчинился авторитету учителей и наставников Адашева и Сильвестра, действовавших в полном согласии с Боярской думой. Преобразования не могли быть проведены безличного участия Ивана IV и санкции со стороны руководства думы.

В пору реформ князья Суздальские не пользовались исключительной властью, но их позиции в думе были на редкость прочными.

Законные опекуны братья Шуйские сошли со сцены, уступив место крамольным Шуйским. Брат казненного князя Андрея Михаил стал главой Боярской думы. Он занял первую строку в думном списке Дворовой тетради 1552 г. (будущий царь Василий доводился Михаилу внучатым племянником). Ниже князя Ивана в списке членов думы был записан удельный князь Иван Федорович Мстиславский.

Возвышение бояр Романовых-Захарьиных, родни царицы Анастасии, и династический кризис 1553 г. осложнили карьеру Ивана Михайловича Шуйского. 22-летний государь тяжко занемог. Его кончины ждали со дня на день. Захарьины спешили с принятием присяги младенцу — наследнику царевичу Дмитрию. Проведение церемонии присяги они поручили своим сторонникам — князю Владимиру Воротынскому и дьяку Висковатому. Церемония была омрачена с первых минут. Старший боярин думы Иван Михайлович Шуйский заявил формальный протест: «Им (боярам) не перед царем целовати крест (приносить присягу) не мочно: перед кем им целовати, коли государя тут нет?» Подлинный смысл протеста заключался в следующем. Руководить присягой мог либо сам государь (но он был при смерти), либо старший боярин думы (Шуйский). Вместо этого дел о было поручено Воротынскому. Бояре не скрывали своего раздражения. Подойдя к кресту, князь Иван Пронский попрекнул Воротынского отцом, которого умертвили в тюрьме за измену. Правя старые летописи, Иван IV постарался изобразить князя Ивана Михайловича Шуйского старым изменником, зачинщиком «мятежа» в Боярской думе.

По случаю готовившегося похода Ивана IV на татар князь Михаил Шуйский в 1559 г. возглавил московскую «седьмочисленную» боярскую комиссию, которая должна была управлять царствующим градом в отсутствие монарха.

После смерти Михаила Шуйского первенство в думе перешло к удельным князьям Бельскому и Мстиславскому — аристократам литовского происхождения.

В середине XVI в. Россия вела длительную и кровавую войну с Казанским ханством. С весны 1552 г. русская армия стала готовиться к решающему наступлению на Казань. Передовые силы русских войск заблаговременно сосредоточились в Свияжске. Ими командовал князь Александр Горбатый. Внезапное вторжение Крымской орды едва не расстроило планы военного командования. Крымцы появились под Тулой, в непосредственной близости от Москвы, но были разгромлены.