К началу XVII в. знать сохраняла прочные позиции в государстве. Борис Годунов должен был считаться с этим фактом. Его крестьянская политика ограждала интересы боярской аристократии и дворянских верхов, удовлетворяла нужды состоятельных землевладельцев в ущерб интересам низших слоев господствующего класса — мелкопоместных городовых детей боярских. Гражданская война расколола дворянское сословие. Пока Борис Годунов занимал престол и положение династии оставалось достаточно прочным, боярская аристократия и Государев двор служили верной опорой трона. Напротив, мелкопоместные дети боярские из южных уездов вскоре оказались вовлеченными в восстания против Годуновых. Случаи измены представителей боярских семей и членов Государева двора носили единичный характер. Большинство дворян, получивших от Лжедмитрия думные и придворные чины, попали в повстанческий лагерь как пленники.

Если в первые месяцы войны Отрепьев именовал себя царевичем и великим князем всея Руси, то в Путивле он присвоил себе титул царя. Именно этот титул употреблен в письме Лжедмитрия Сигизмунду III, написанном из Путивля в конце января 1605 г.

Первые достоверные разряды путивльского «государя», содержащие сведения о пожаловании думных чинов, датируются концом мая — июнем 1605 г. Пленные воеводы из южных крепостей были привезены в Путивль не ранее второй половины марта 1605 г. Если большинство из этих пленников (князья Б. М. Лыков, Б. П. Татев и Д. В. Туренин, голова А. Измайлов) получили от самозванца думные чины два месяца спустя, то на это были свои причины.

Весной 1605 г. политическая ситуация в государстве претерпела разительные перемены. Борис Годунов умер, и знать подняла голову. Многие бояре, прежде поневоле терпевшие худородного царя, стали искать способ избавиться от выборной земской династии. Лжедмитрий сумел использовать наметившийся поворот. Спешно формируя свою «думу» из знатных московских пленников, он старался расчистить себе путь к соглашению с правящим московским боярством.

В течение 20 лет Годунов управлял Россией — сначала как правитель, а затем как самодержец. В последние годы его жизни все большую роль в делах государства играл «Тайный совет» — Ближняя дума. После смерти конюшего Дмитрия Ивановича главой Ближней думы фактически стал Семен Никитич, руководитель Сыскного ведомства. В Москве он слыл крайне жестоким человеком.

Польские послы, побывавшие в России в дни суда над Романовыми, писали, что у Бориса среди подданных много недоброжелателей, строгости по отношению к ним растут с каждым днем, так что москвитянин шагу не сделает, чтобы за ним не следили два-три соглядатая.

Власти старались держать втайне все, что творилось на Пыточном дворе. Но их старания приводили к обратным результатам. По стране распространялись самые преувеличенные слухи о жестокостях Годуновых.

По уверениям Исаака Массы, стоило человеку произнести имя Дмитрия, как царские слуги хватали его и предавали ужасной смерти вместе с женой и детьми: «и вот день и ночь не делали ничего иного, как только пытали, жгли и прижигали каленым железом и спускали людей в воду, под лед». Яков Маржарет обвинял Бориса в том, что после появления «Дмитрия» тот «целые дни только и делал, что пытал и мучил по этому поводу», «тайно множество людей были подвергнуты пытке, отправлены в ссылку, отравлены в дороге и бесконечное число утоплены».

Некогда Годунов снискал симпатии земщины, положив конец опрично-дворовой политике. В обстановке начавшейся гражданской войны он поневоле должен был возродить репрессивный режим. Для судьбы его династии это имело роковые последствия.

Вдумчивый наблюдатель дьяк Иван Тимофеев отметил, что к концу жизни Бориса всем надоело его притеснительное, с лестью, кровожадное царство, и не из-за податных тягот, а из-за пролития крови многих неповинных.

После расправы над атаманом разбойников Хлопком в 1603 г. пытки и казни превратились в повседневное явление. Взбунтовавшиеся холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Государство старалось виселицами оградить себя от мятежников. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов. Власти вполне оценили опасность, когда в лагере самозванца появились комарицкие мужики. В наказание за «воровство» Комарицкая волость была подвергнута неслыханному погрому.

Преследования дворян были менее жестокими. И московский самодержец, и самозванец понимали, что верх возьмет тот, кто сможет привлечь на свою сторону дворянское сословие.

Крайние меры применялись лишь к перебежчикам и к посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Их вешали без суда на первом попавшемся дереве.

Сыскное ведомство вновь выдвинулось на авансцену. Его глава Семен Годунов, как толковали, настаивал на казни заподозренных в измене членов Боярской думы. Но Борис отверг его советы.

Борис безмерно возвысил род Годуновых. Но этот род не дал государству талантливых и популярных деятелей, кроме самого Бориса. В критический момент сын Бориса не смог найти помощи и опоры у многочисленных Годуновых, носивших высокие титулы и занимавших почетные места в Боярской думе.

Прежде деятельный и энергичный, царь Борис в конце жизни все чаше устранялся отдел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда правитель охотно благотворил сирым и убогим, помогал им найти справедливость, давал управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался народу, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.

Фатальные неудачи порождали в царе подозрительность, столь чуждую ему в лучшие времена. Круглиц, всю жизнь поддерживавших его своими советами и помощью, стремительно сужался. Годунов «полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…» — писал в 1600 г. польский дипломат из Москвы. Однажды Борис пригласил астролога из Ливонии. В небе тогда появилась яркая комета, и царь просил колдуна составить ему гороскоп. Звездочет посоветовал ему «хорошенько открыть глаза и поглядеть, кому же он оказывает доверие, крепко стеречь рубежи».

Годунов велел привести во дворец знаменитую в столице юродивую Алену. Та предсказала ему близкую кончину. Другая ведунья, Дарьица, уже после смерти Бориса призналась, что ворожила ему во дворце. Прорицательница, по ее собственным словам, нагадала, что «Борису Федоровичу быти на царстве немногое время».

Польские послы записали молву об одном из предсказаний волхвов. Пугая царя близким падением, колдуны советовали ему на время покинуть государство: «коли б на час сступил з земли Московской, а сын его Федор царем ся именовал, тогда б под титлом его то царство зде ржал ось…» Поверив кудесникам, Годунов велел объявить повсюду о своей смерти. Предварительно он опоил зельем двойника и выставил его гроб на всеобщее обозрение. Вслед за тем Борис взял много золота и «дорогих чепей» и уплыл в Англию под видом торгового человека. Даже дети царя не догадывались об обмане.

Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили некоторые странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах.

Живя отшельником в Кремлевском дворце, он временами покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые со съестными припасами. Скупость, по наблюдению англичан, стала одной, притом не самой последней, из причин его падения.

Многие признаки в поведении Бориса указывали на его преждевременно наступившее одряхление. Принимая посла английского короля Якова I, царь впал в слезливый тон, когда речь зашла об умершей королеве Елизавете I.

Государь тревожился за будущее сына и держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Придворные из числа ученых иноземцев пытались убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако монарх неизменно отклонял такие советы, «говоря, что «один сын — все равно что ни одного сына», и он не может и на миг расстаться с ним».