Новая династия не могла обойтись без поддержки всего дворянского сословия в целом. Избрание Шуйского поддержали московские и новгородские дворяне, участвовавшие в заговоре. В целом же в армии царил разброд.

Избиения иноземцев в Москве дали Речи Посполитой повод для вмешательства в русские дела. Ввиду этого Боярская дума решила задержать в Москве как Юрия Мнишека, так и прибывших с ним польских послов с их свитой. Подавляющую часть солдат, нанятых Мнишеком для Лжедмитрия, московские власти поспешили выпроводить на родину.

Русские приверженцы свергнутого царя внушали Шуйскому не меньше тревог и подозрений, нежели бывший «главнокомандующий» Мнишек.

Ближайшим соратником и любимцем «вора» был его боярин и дворецкий князь Василий Рубец-Мосальский. При Грозном князья Мосальские изредка входили в думу, но только в низших думных чинах. Шуйский отнял у князя чин дворецкого, но сохранил за ним боярское звание. Князь был отослан на воеводство в глухую пограничную крепость Корелу.

Среди Нагих Михаил сохранил боярский чин, а его братья были переведены в окольничие, что более соответствовало их происхождению и службе. Окольничий князь Александр Жировой-Засекин получил назначение на воеводство в Торопец. Царь сохранил звание думного дворянина и ловчего за Гаврилой Пушкиным, но назначил его воеводой в пограничную крепость. Думный дьяк Иван Стрешнев получил повышение — был произведен в думные дворяне, но вскоре же отослан на воеводство в Устюг Великий.

Государственный печатник Богдан Сутупов бежал из Москвы, опасаясь за свою жизнь. Казначей Афанасий Власьев был отправлен городовым дьяком в Уфу.

Новый царь подверг гонениям не только верных слуг самозванца, но и своих противников.

Боярин Петр Шереметев был из Углича отправлен на воеводство в Псков. За особые заслуги Лжедмитрий I произвел «худородного» Богдана Бельского в бояре, после чего послал воеводой в Новгород Великий. Боярин Михаил Глебович Салтыков получил от самозванца пост воеводы Ивангорода, второй по значению крепости Новгородской земли. Шуйский не пожелал возвратить названных лиц в столицу и перевел боярина Бельского в Казань, а Салтыкова — в Орешек.

По случаю коронации брат царя Дмитрий получил высший сан конюшего боярина. Чин дворецкого был передан одному из главных заговорщиков — Ивану Крюку-Колычеву. Дворецкие всегда были боярами. Но Крюк не был произведен из окольничих в бояре. Окольничий Михаил Татищев мог рассчитывать на высшие награды, однако обманулся в своих ожиданиях. Новый государь не дал ему боярства и оставил в Важской четверти.

В целом Шуйский жаловал думные титулы очень скупо. Сравнительно рано боярином стал князь Михаил Самсонович Туренин. Его брат Иван умертвил знаменитого воеводу князя Ивана Шуйского. Туренины принадлежали к захудалой ветви дома Оболенских и не бывали в боярах.

Царь Василий получил в наследство от самозванца непомерно разросшуюся Боярскую думу. Управлять такой думой было трудно. Власть Шуйского была непрочной, и ему постоянно приходилось советоваться с думными людьми.

Брожение в Москве не прекращалось ни на день, и правительство искало пути, чтобы успокоить народ. 2 июня Филарет Романов привез из Углича тело истинного Дмитрия. Государь и бояре отправились пешком в поле, чтобы встретить мощи за городом. Их сопровождали духовенство и толпа горожан. Марфе Нагой довелось в последний раз увидеть сына, вернее, то, что остаюсь от него. Потрясенная страшным зрелищем, вдова Грозного не могла произнести слова, которые от нее ждали. Чтобы спасти положение, царь Василий сам возгласил, что привезенный труп и есть мощи царевича.

Ни молчание царицы, ни речь Шуйского не тронули народ. Москвичи не забыли о трогательной встрече Марфы Нагой с «живым сыном». И Шуйский, и Нагая слишком много лгали и лицедействовали, чтобы можно было поверить им снова.

Едва Шуйский произнес нужные слова, как носилки поспешно закрыли. Процессия после некоторой заминки развернулась и проследовала по улицам на Красную площадь. Гроб некоторое время стоял на Лобном месте, а затем его перенесли в Кремль.

Властям удалось заглушить слухи о «знамениях» над трупом Отрепьева. Теперь вся Москва говорила о чудесах у гроба великомученика-царевича. С 3 июня гроб Дмитрия был выставлен на всеобщее обозрение в Архангельском соборе. Судя по описаниям очевидцев, на мощах сменили одежду, на грудь царевича положили свежие орешки, политые кровью. Народ помнил, как Василий Шуйский клялся, что Дмитрий зарезал себя нечаянно, играя в тычку. Самоубийца не мог быть объявлен святым. Но дело шло к канонизации, и властям важно было доказать, что в предсмертный час у мученика в руках был не ножичек, а орешки, что исключало версию о самоубийстве. Организаторы мистерии предусмотрели все.

Благочестивые очевидцы подсчитали, что в первый день у гроба Дмитрия исцелилось 13, в другой — 12 человек и т. д. Находившиеся в Москве иноземцы считали, что исцеленные калеки были обманщиками, пришлыми бродягами, подкупленными Шуйским. При каждом новом чуде по городу звонили во все колокола. Трезвон продолжался несколько дней. Паломничество в Кремль похоже было на разлив реки в половодье. Толпы народа теснились изо дня в день у дверей Архангельского собора. Кремлевская канцелярия поспешила составить грамоту о чудесах Дмитрия, которую многократно читали в столичных церквах после 6 июня.

Церковь обладала огромной властью над умами людей. Удалось ли ей переломить настроения москвичей? Капитан Яков Маржарет засвидетельствовал, что утром вдень перенесения мощей в Москве ждали волнений. Как только Шуйский отправился за город и оказался посреди толпы, он подвергся опасности и едва не был побит камнями. Положение спасли дворяне, предотвратившие волнения.

Обретение нового святого внесло успокоение в умы ненадолго. Противники царя Василия позаботились о том, чтобы испортить игру. Они услужливо открыли двери собора тяжелобольному, который умер прямо у гроба Дмитрия. Толпа отхлынула от собора, едва умершего вынесли на площадь. Многие стали догадываться об обмане, и тогда царь закрыл доступ к телу. В городе перестали звонить в колокола.

30 июля царь Василий впервые покинул Москву и отправился на богомолье. Он заночевал в одном из подмосковных монастырей и в день Спаса совершил омовение в реке в память Христа. С государем была свита и многочисленная охрана: «Царь угощал бояр и стрельцов, которые его провожали на тысяче коней; сам он верхом ехал, а карета за ним шла о шести лошадях, которых вели за поводья».

Сигизмунд III покровительствовал Отрепьеву и заключил с ним секретный договор. После гибели самозванца он пытался снять с себя ответственность за авантюру. В июне 1606 г. он беседовал с венецианским посланником Фоскарини и объявил ему, что «Дмитрий» определенно не был царским сыном и что в ответ на сообщение Мнишека о «царевиче» он, король, посоветовал сенатору не вмешиваться в это дело, дабы не повредить Речи Посполитой, но воевода не желал ему повиноваться.

После переворота бояре отняли у Мнишеков деньги и драгоценности, пожалованные Лжедмитрием. С конюшен сенатора были уведены кони, унесены бутылки из винных погребов.

Тем не менее Юрий Мнишек в своем доме продолжал строго следовать придворному церемониалу. Марине оказывали почести, положенные царствующей особе. Не желая считаться с новым положением дел, Мнишек лелеял несбыточные надежды на то, что дума, соблюдая присягу, признает вдовствующую царицу правительницей государства. После избрания на трон Василия Шуйского возник другой фантастический план: женить неженатого государя на царице Марине.

Боярская дума отклонила претензии Мнишеков и подвергла отца царицы унизительному допросу. В августе вдова Лжедмитрия со всеми ближними отправилась в изгнание в Ярославль.

Тело самозванца было так обезображено, что узнать его было трудно. По словам очевидца Конрада Буссова, «поляки в первый же день мятежа распространили слух, что убитый не царь Дмитрий».