Следователи выяснили, что возле Дмитрия в момент его смерти находились четверо жильцов. Титул «жилец» носили молодые дворяне, охранявшие покои и фактически исполнявшие службу телохранителей при особе монарха или княжича.

Во дворе Кремля при Дмитрии находились юноши Петрушка Колобов, сын постельницы, Баженко Тучков, сын кормилицы, Ивашка Красенский и Гриша Козловский. Когда они предстали перед судной комиссией, им задали вопрос: «Хто в те поры за царевичем были?» Они отвечали, что на дворе с царевичем были «только они, четыре человеки жильцов, да кормилица, да постельница».

Мария Нагая оставила сына с боярыней Волоховой, постельницей и кормилицей. Почему же мальчики не упомянули имени боярыни? Этот вопрос позволил исследователям усомниться в «доказательной силе» свидетельства очевидцев: «…если «жильцы» не упомянули о Василисе, то они могли «забыть» и о присутствии других лиц» (А. А. Зимин).

Предположение о том, что мальчики хитрили, не находит подтверждения в источнике. Они изложили то, что видели своими глазами. Если ребята не назвали боярыню, значит, в момент смерти Дмитрия ее не было во дворе. Она отлучилась либо на обед, либо по делам.

Слова мальчиков позволяют объяснить поведение царицы. Она передала сына на руки боярыне, которая несла всю ответственность за его жизнь. Волохова принадлежала к кругу самых близких к царице лиц. Но мамка покинула ребенка. За нерадивую службу, стоившую жизни питомцу, царица набросилась на мамку и, ухватив попавшееся под руку полено, стала бить по голове смертным боем.

Нагая не могла не чувствовать собственной вины за смерть сына. Незадолго до того, когда в руке у мальчика оказалась «свая», он во время припадка поколол мать. Казалось бы, само провидение предостерегло ее в тот момент. Царица не вняла предостережению. Избавиться от невыносимого чувства можно было лишь одним способом: переложить всю вину на кого-то другого. Кровь царевича требовала отмщения, и в голове у обезумевшей от горя женщины родилась идея мести. «Окаянная мамка» должна была испить ту же чашу — лишиться собственного сына. Нагая объявила, что Дмитрия зарезал Осип Волохов, что было равносильно смертному приговору.

По словам Волоховой, царица, избивая ее, приговаривала, «что будто се сын ее, Василисин, Осип с Михайловым сыном Битяговского, да Микита Качалов царевича Дмитрия зарезали».

Фактически главная свидетельница повторила окончательную версию обвинения, выдвинутого Нагими. Но, судя по «обыску», эта версия возникла не сразу.

Нагие повелели бить в набат, чтобы созвать народ и оповестить город о несчастье. Немолчный гул колокола поднял на ноги весь город. Возбужденная толпа запрудила площадь перед дворцом. Михаил Битяговский, заслышав звон, поспешил в Кремль. Но Нагие успели принять меры. Они запретили страже пускать в крепость главного дьяка. Наконец один из его приспешников отпер ворота. Битяговский сразу почуял неладное и стал хлопотать о наведении порядка. Его суета раздражала Нагих.

Никто не приглашал дьяка в княжие покои, но он и не ждал приглашения. Он, «взбежав на двор, да вверх побежал, а чаял того, что царевич вверху». Оттуда Битяговский бросился в церковь и мимо тела царевича взбежал на колокольню. Дьяк ломился в звонницу и требовал, чтобы прекратили бить в колокола, но звонарь, по его словам, «ся запер и в колокольню его не пустил».

Толпа перед дворцом прибывала. Посадские люди и казаки спешили вооружиться рогатинами, топорами и саблями. Ситуация осложнилась после того, как на площади появились Михаил Нагой с братом Григорием.

Нагие враждовали с Битяговским с того дня, как удельная семья утратила право распоряжаться доходами со своего княжества и стала получать деньги «на обиход» из его рук. Назначенное правительством содержание казалось царице мизерным, а зависимость от дьяка — унизительной. Стряпчий царицы и другие лица сообщили комиссии, что Михаил Нагой постоянно «прашивал вверх государева указу денег ис казны», а Битяговский «ему отказывал», из чего проистекали ссоры и брань. Последняя стычка между ними произошла утром 15 мая.

Уже после того, как толпа убила Битяговского, люди Нагих притащили во дворец угличского городового приказчика Русина Ракова, и там Михаил Нагой, куражась, заставил его шесть раз подряд присягать на верность царице Марии. Михаилу незачем было повторять перед Раковым выдумку об убийцах царевича. Похваляясь победой над ненавистным дьяком, Нагой с полной откровенностью объявил приказчику, что это он, Михаил, велел убить Битяговского с сыном и что «Микиту Качалова, да Осипа Волохова, да Данила Третьякова, да и людей их велел побити я же для того, что они у меня отнимали Михаила Битяговского с сыном».

Откровения Михаила проясняют картину. По-видимому, Нагие поначалу натравили толпу на одного только дьяка с сыном, а Качалов и Волохов были умерщвлены не как убийцы Дмитрия, а как защитники Битяговских.

Раков был ближайшим помощником дьяка и досконально знал все его дела с Нагим. В поданной митрополиту Геласию челобитной он объяснял смерть государева дьяка следующим образом: с утра 15 мая Михаил Нагой разбранился с дьяком, потом «напился пьян да велел убить Михаила Битяговского с сыном». Достоверность слов о состоянии Михаила не вызывает сомнений. Семь человек рассыльщиков (курьеров), видевшие расправу своими глазами, заявили, что Нагой «прискочил» на княжий двор «пиян на коне».

Рассыльщики служили в дьячей избе и не зависели от удельного двора. Их показания отличались откровенностью и полнотой. Они сообщили любопытные подробности о гибели Качалова и Волохова. По их словам, «Микыту Качалова убили за его шурина за жильца да за Осипа за Волохова, что Микыта учал говорить, чтоб его шурина не убили, и оне за Микыту Качалова и Осипа Волохова (убили) до смерти». Показания семи свидетелей страдали видимым противоречием: Качалова убили за Волохова, а Волохова — за Качалова. Но кажется, именно так и произошло в действительности. Качалов погиб не потому, что был заподозрен в убийстве царевича, а потому, что вступился за Волохова. Качалов бросился на помощь Волохову в то время, когда на площади еще бегал и распоряжался его всесильный дядя Битяговский. Осипа удалось защитить от самосуда. Убежав с площади, Волохов укрылся на подворье Битяговских. Это было единственное место, где он мог спастись от гнева царицы.

Многие свидетели описали столкновение между Нагими и дьяком как очевидцы. На княжом дворе Битяговский сначала попытался прикрикнуть на толпу, а затем принялся увещевать Нагова, «чтобы он, Михайла, унел шум и дурна которого не зделал».

Избитая в кровь и брошенная на площади Василиса Волохова видела, как царица указала на Битяговских и молвила «миру: то-де душегубцы царевича». Пьяный Михаил Нагой взялся было руководить расправой с дьяком, но на помощь Битяговским пришли их родственники и холопы. Посадские люди также не сразу поверили Нагим. Плотник Савва, каменщик Митя и мужик-бел озерец кричали, что «царевич умер черною болезнью, а Михайло Нагой взводит на тех людей (Битяговских) за посмех, по недружбе». На помощь к дьяку прибежал посошный приказчик. Он просил посадских людей, чтобы «оне за посмех Михаила Битяговского с товарыщи не побивали». В пользу Битяговского говорил посадский богатей Баусов. Но люди Нагих тут же схватили его и поволокли в тюрьму. Приказчика с трудом отбили у толпы.

Однако настроение толпы становилось все более угрожающим, и Битяговским пришлось покинуть площадь. Вместе со своими сторонниками они заперлись в Дьячей брусяной избе. Это окончательно погубило их. Толпа выбила двери, выволокла укрывшихся там людей и растерзала их.

Даже служивший царице дворянин должен был признать перед комиссией, что приказных побила всякая чернь «с Михайлова веленья Нагова».

Дело не ограничилось убийствами. Чернь разгромила приказную избу — канцелярию государева дьяка: «у дьячьи избы сени и двери разломаны и вокна выбиты». Нападавшие завладели немалой суммой денег, хранившихся в коробьях (сундуках) у приказных.