Осенью 1608 г. войска Сапеги перерезали Ярославскую и Дмитровскую дороги, что вызвало панику в столице. Дворяне из Новгорода, Пскова, Ярославля стали спешно покидать Москву и пробираться в родные места. Царь Василий пытался отговорить их и принуждал к присяге. Но помещики отвечали: «Нашим де домам от литвы и от русских воров быть разореным». Рязанские дворяне, покинув лагерь Болотникова, не пристали к «тушинскому вору». Рязань находилась поблизости от столицы, и многие из местных помещиков участвовали в обороне Москвы. Царь Василий еще до прихода Лжедмитрия II в Тушино настойчиво советовал рязанским служилым людям, «чтобы они для воровского приходу жен своих и детей присылали б к нам к Москве с людьми своими». Многие люди последовали его совету. Союз между столицей и Рязанским краем имел неоценимое значение для «царствующего града». Из Рязани в Москву постоянно шли обозы с хлебом и отряды ратных людей. Государь не раз благодарил за усердие и верность воеводу Прокофия Ляпунова.

К исходу зимы 1609 г. ситуация вновь осложнилась. Среди рязанских дворян, оборонявших столицу, обнаружилась «шатость».

Первая осадная зима принесла тяготы и нужду московскому населению. Враги царя решили использовать момент и совершить переворот. Заговор возглавили князь Роман Гагарин-Стародубский, вождь рязанских дворян Григорий Сумбулов и московский дворянин Тимофей Ильин (последний происходил из известной опричной семьи Грязных). Заговор был хорошо подготовлен. В нем участвовали до 200 дворян. Столько же было у Василия Шуйского, когда он сверг Лжедмитрия I. Но среди заговорщиков не было бояр, что сказалось на исходе дела.

25 февраля 1608 г. заговорщики проникли в Кремль и ворвались в думные палаты, где заседала Боярская дума. «Придя в верх к бояром, — повествует летописец, — и начаша говорить, чтоб царя Василия переменити». Действия Гагарина и его сообщников не были собственно мятежом. Они пытались низложить царя законным путем, через думу. Для этого надо было настоять на том, чтобы Боярская дума подтвердила свое прежнее решение об отрешении Шуйского в случае, если к 1 октября он не добьется вывода иноземных войск из страны.

Летописец уверяет, что бояре «отказаша» Гагарину. Правда заключается в том, что дума не выступила в защиту Шуйского и не приняла мер для вызова войск и подавления бунта. Вместо энергичных действий члены думы поспешно разъехались по своим дворам.

Гагарин с дворянами не были обескуражены. Из дворца они отправились в Успенский собор, где патриарх Гермоген вел богослужение. Прервав службу, они «ведоша его на Лобное место», где уже собралась большая толпа. Мятежники объявили владыке, что восстали на Шуйского за его тайные казни: «и топере, де, повели многих, нашу братию сажать в воду, за то, де, мы стали».

Патриарх вступил в спор с мятежниками и постарался убедить народ, что царь Василий не собирается никого казнить.

Гагарин и дворяне отнюдь не были сторонниками «царя Дмитрия», в противном случае они заявили бы, что Шуйский отнял трон у прирожденного государя. Заговорщики подчеркивали, что Василий не был избран всей землей. Им и в голову не пришло выпустить из тюрьмы арестованных агентов Лжедмитрия II.

Взывая к патриотизму жителей столицы, патриарх заявил, что государь избран Московским государством, которое всегда все «государства Русской земли слушали». Что касается кровопролития, оно есть кара Божья русским людям за грехи, особенно за измену законному государю.

Настроение толпы стало меняться. Гермоген покинул площадь и укрылся на своем подворье.

Царь Василий был выкрикнут в цари толпой. Гагарин и дворяне намеревались низложить государя таким же способом. Гермоген помешал им выполнить их план. Мятежники пытались вызвать на площадь бояр. На их призыв откликнулся один князь Василий Голицын. Он наблюдал за происходящим, но в дело не вмешался.

По словам Гермогена, кроме Гагарина с товарищами на площади объявились тушинские эмиссары, которые «учали честь грамоту, писано ко всему миру из литовских полков от русских людей» с призывом свергнуть царя Василия. Однако сторонники Шуйского успели вызвать в Кремль войска из лагеря на Ходынке.

Царь решился покинуть хорошо охраняемый дворец и вышел к народу. Он не стал разгонять толп> силой, а вступил в переговоры с ее вожаками. Самодержец поклялся на кресте, что через три недели на помощь Москве придут рать его племянника Скопина и войско Федора Шереметева. Обещание было невыполнимо, но толпа послушала монарха и разошлась.

Окончание мятежа получило неодинаковое освещение в русских и иностранных источниках. По летописи, Гагарин и 300 дворян после провала мятежа бежали в Тушино. Согласно записи Дневника Сапеги от 20 февраля (2 марта) 1609 г., в табор Лжедмитрия II «прибыло несколько десятков простолюдинов, которые от всего мира привезли повинную грамоту… прося о милосердии». Речь шла о волнениях черни, происшедших за пять дней до выступления Гагарина. Тогда в Тушино отправились простолюдины с «посольством».

Следующая запись заключала сведения о мятеже в столице 25 февраля (7 марта) 1609 г.: «7 марта весь мир хотел выдать, связавши, Его Милости Царю (Лжедмитрию II) Шуйскою». Сделать это не удалось, и москвичи отправили в Тушино «двести сынов боярских с повинной грамотой от всего мира» к «царьку». 2(12) марта перебежчики предупредили Сапегу, что «все дети боярские и немцы, чернецы и попы несколько человек, которые отъехали в царский лагерь из Москвы, устроили то ради измены и некоторые с ведома Василия Шуйского».

Тушинцы использовали любую возможность, чтобы спровоцировать беспорядки в Москве. Среди их агентов выделялись поп Иван Зубов и сын боярский Кирилл Хвостов. Этот последний получил от Сапеги крупную сумму денег для «подкупления» москвичей. В свою очередь, царь Василий использовал любой повод, чтобы заслать своих людей ко двору «царька».

Гагарин и его сообщники бежали в Тушино после провала мятежа. С ними в «воровской» лагерь пробрались царские лазутчики.

Вскоре в столице произошли новые волнения. 2 апреля собравшийся на площади народ потребовал отречения царя Василия, не желая дальше терпеть трудности осадного времени. К народу вышли несколько думных бояр и купцы, представлявшие посадскую общину. В феврале — марте царь поклялся, что Скопин окажет помощь столице через три недели. Обещание не было выполнено. Но в начале апреля думные люди зачитали толпе грамоты от Скопина и Шереметева о выступлении в поход на Москву. Толпа дала себя уговорить.

Перебежчики уверяли тушинцев, что царь Василий не раз прибегал к хитрости. Его слуги сами изготовляли и подписывали ложные грамоты от Скопина. Гонцы тайно выезжали через одни ворота, а затем торжественно въезжали в другие, «чтобы мир видел». Грамоты содержали фантастические сведения о том, что Скопин ведет 200 000 шведов.

В марте царь объявил, что прощает всех участников заговора, как уехавших с Гагариным к «вору», так и оставшихся в столице. Прошение было своевременным. Князь Гагарин недолго пробыл в Тушине и уже в начале мая 1609 г. вернулся в Москву.

За попытку государственного переворота и измену в пользу «вора» Гагарина надлежало пытать и казнить. Но он явился с повинной, и его встретили с распростертыми объятиями.

Во время новых волнений в Москве 5 мая Гагарин выступил перед народом с горячей речью. Он засвидетельствовал, что «Дмитрий» — «прямо истинной вор», и призвал москвичей не прельщаться «на дьявольскую прелесть». Он сказал также, что виновник беды, литовский король, хочет попрать православную веру. Его выступление помогло успокоить народ, но ненадолго.

Положение в государстве быстро ухудшалось, и от царя отворачивались даже его ближайшие сподвижники.

Окольничий Михаил Татищев оказал Василию Шуйскому неоценимые услуги при избрании на трон, но ожидаемых выгод не получил. Царь не пожаловал ему боярства и не допустил в Ближнюю думу. Более того, в 1608 г. он выслал окольничего из Москвы на воеводство в Новгород Великий, что было несомненным знаком опалы. Там он стал жертвой доноса и погиб.