Последний раз Боярская дума обсуждала проект унии в 1600 г. В составлении проекта непосредственно участвовал царь Борис.

С воцарением Василия Шуйского польская партия не исчезла. Ее вождь Мстиславский и другие влиятельные бояре искали случая возобновить переговоры о заключении унии, надеясь таким путем добиться прочного мира с Речью Посполитой, прекращения польской помощи мятежникам и завершения гражданской войны.

Иван IV безмерно возвысил Ивана Мстиславского, поставив его во главе думы. Сын боярина Федор наследовал от отца его пост. Знатные бояре литовского происхождения испокон веков переписывались со своей родней в Речи Посполитой, и даже Грозный ничего не мог с этим поделать. В 1609 г. Ян Сапега громил из пушек Троице-Сергиев монастырь, а Федор Мстиславский посылал втайне грамотки «другу и брату» Сапеге, просил его «писать о своем здоровье» и выражал надежду, что ему, боярину, «даст Бог очи твои в радость видети».

Гедиминовичи не без основания полагали, что передача короны члену польской королевской династии упрочит их исключительное положение при московском дворе.

Ввиду постоянных военных поражений оппозиция в думе пришла к выводу о необходимости сместить царя Василия. В январе 1607 г. бояре тайно, через посла князя Григория Волконского, предложили Сигизмунду III передать царский трон королевичу Владиславу.

После возобновления мирных переговоров в Москве в начале лета 1608 г. бояре, по словам поляков, вновь обратились к королю с тайным предложением об устранении Шуйского и избрании на царство Владислава. Инициатива исходила от польской партии в Москве.

Придворный летописец Романовых сообщает наиболее подробные сведения о заговорах против Шуйского. Но он становится вовсе не многословным, коль скоро возникает необходимость объяснить, кому бояре намеревались передать престол. Для Романовых вопрос об избрании Владислава был щекотливым. В момент составления летописи Владислав, законно избранный московским Земским собором, все еще носил титул царя и великого князя Московского.

Слуга Мнишека записал в Дневнике 1 (11) июня: «Пришли вести, что все бояре покинули царя Шуйского и встали в поле, и говорили, что только мир при нем остался».

Приведенное известие следует сопоставить с записью «Нового летописца». В конце мая 1608 г. царь Василий собрал рать и отдал приказ о выступлении против «вора». Дмитрий Шуйский незадолго до того был разгромлен под Волховом. По этой причине пост главнокомандующего достался Скопину. Однако в самом начале похода Шуйский отозвал Скопина с речки Незнань в Москву. Предлогом послужила измена: «в полках же нача быти шатость, хотя царю Василью изменити князь Иван Катырев, да князь Юрьи Трубецкой, да князь Иван Троекуров и иные с ними». Ни один из «изменников» не имел воеводского чина.

Сохранилась Разрядная запись о походе Скопина на Незнань. Она датирована 29 мая. Слуга Мнишека записал в Дневнике 5(15) июня: «Дня 15. Дано знать, что в столичном городе Москве начался большой мятеж, в котором сражаются между собой одни за Шуйского, а другие ни за ту, ни за другую сторону». Слова насчет «большого мятежа» и всех бояр, покинувших царя, кажутся большим преувеличением. Но утверждение, что в думе «сражаются» те, кто за Шуйского, с теми, кто ни за царя, ни за его противников, отразило истинное положение дел.

Заподозренные в измене были арестованы, доставлены в Москву и подвергнуты пытке. Шуйский не мог осудить лиц, принадлежавших к высшей знати, без боярского суда. Бояре же твердо стояли на том, что царь не должен «мстить» аристократии. Государю пришлось ограничиться служебными перемещениями. Князь Иван Катырев был отправлен первым воеводой в столицу Сибири Тобольск, князь Иван Троекуров попал на воеводство в Нижний Новгород, а князь Юрий Трубецкой — в Тотьму.

Царь Василий сурово расправился с сообщниками Катырева. Несколько дворян, в их числе Яков Желябужский, были казнены в Москве. Желябужские были выборными дворянами. Дьяк Григорий Желябужский получил чин думного дьяка от Шуйского и сменил Афанасия Власьева в Казенном приказе. Еще до похода на Незнань, в феврале 1608 г., дьяк лишился думного чина и был отослан вторым воеводой в сибирский острог Тару.

По мнению С. Ф. Платонова, «чисто боярская шатость» была затеяна кружком Романовых. Едва ли это так. Двое главных заговорщиков представляли суздальскую знать. Летопись ничего не сообщает, кого заговорщики прочили на трон.

Армию, ранее подчинявшуюся Скопину, царь Василий вверил своему брату Ивану Ивановичу Шуйскому. Воеводы армии Скопина — Иван Воротынский, Иван Романов, Григорий Ромодановский, Иван Черкасский, Данила Мезецкий — сохранили свои посты. Снят был один Скопин. Фактически он был отстранен от руководства армией накануне решающих битв.

Москва оказалась в критическом положении. Присутствие в столице самого даровитого из полководцев — Скопина было абсолютно необходимо. Но князь Михаил был не только отозван с Незнани, но и отправлен царем в Новгород Великий. Для отставки нужны были серьезные причины. Видимо, Скопина заподозрили в том, что он был причастен к измене или же не проявил должного усердия в обличении заговорщиков. Ясно лишь одно: борьба за первенство внутри клана князей Шуйских началась.

Племянник царя получил жестокий урок. В дальнейшем он позаботился о том, чтобы обеспечить себе свободу действий и избежать произвола самодержца.

Рать князя Ивана была разгромлена в битве под Рахманцевом в окрестностях Москвы 22 сентября 1608 г. Сражение началось с того, что ратники обратили в бегство полки Микулинского, Вилямовского и Стравинского. В центре они окружили полк Яна Сапеги и завладели всей его артиллерией. Гетман едва избежал плена. Воеводы считали, что противник разгромлен, и не ожидали контратаки. Между тем Сапега вырвался из окружения и бросил в атаку две гусарские роты. Эта атака решила исход битвы. Победа обратилась в поражение. Иван Шуйский трусливо бежал с поля боя. Передовой полк воеводы Ромодановского выстоял. Но он не получил помощи от большого полка и был разбит. Литовцы преследовали московские полки на протяжении четырех миль.

30 сентября к Яну Сапеге явились трое московских перебежчиков — служилый немец Виктор Франк и два сына боярских Максим Муранов и Вешняк Ефремов. Их показания были записаны в Дневник гетмана 1 октября 1608 г.: «Шуйскому установлен срок до Покрова, чтобы с «литвой» договорился или государство им оставил, тогда и он сам до того срока просил сенаторов своих и у всего мира, чтобы воздержались, не сдавали столицу».

Ответ за поражение Шуйскому пришлось держать перед боярами и всем миром. Дума требовала ответить, как случилось, что крупные отряды литовской армии оказались под стенами Москвы. Царю были поставлены определенные условия. Он должен был добиться вывода литовских ратных людей из России не позднее 1 октября. Если царю сделать это не удастся, он должен «оставить государство».

Перебежчики появились в лагере Сапеги через неделю после битвы под Рахманцевом. Вывести иноземные войска в столь короткий срок было невозможно. Очевидно, срок ультиматума был установлен много раньше.

Царь Василий приложил все усилия, чтобы выполнить требование бояр. В соответствии с мирным договором, подписанным польскими послами в Москве, король Сигизмунд III должен был отозвать своих подданных с территории России. Но Ружинский не собирался выполнять условия договора.

От имени думы царь Василий предложил провести переговоры. 7 сентября состоялся обмен заложниками. В Тушино прибыли бояре Андрей Голицын и Иван Крюк-Колычев, в Москву — «боярин» Заруцкий и полковник Лисовский. При таких заложниках тушинцы могли затеять любую рискованную авантюру.

На переговорах польскую сторону представляли Юрий Мнишек, Ружинский и двое братьев Вишневецких. Список русских представителей не сохранился. По всей видимости, комиссию возглавляли старшие бояре. С ними были стольники Василий Бутурлин и князь Семен Прозоровский. Переговоры не дали результатов. Шуйский не выполнил своих обещаний. Литовцы продолжали громить его войска и разорять страну. Противники царя поняли, что низложить его можно только силой.