Вмешательство Сыскного ведомства посеяло раздор среди воевод, на которых династия возлагала наибольшие надежды. П. Ф. Басманов с головой погрузился в местническую тяжбу с А. А. Телятевским. Воевода полка левой руки З. И. Сабуров отказался подчиняться М. П. Катыреву и отослал ему полковые списки «для того, не хотечи быть менши князя Ондрея Телятевского». К тому же второй воевода полка правой руки князь М. Ф. Кашин-Оболенский «бил челом на Петра Басманова в отечестве, и на съезд не ездил, и списков не взял».
В армии назревал заговор, и местнические распри способствовали его успеху. Душой заговора были братья Голицыны. Свой род князья Голицыны вели от литовской великокняжеской династии. По знатности они превосходили главу Боярской думы Ф. И. Мстиславского — потомка младшей линии литовской династии. Но к концу XVI в. местническое положение Голицыных пошатнулось. Попытки тягаться с Трубецкими и Шуйскими закончились для них полной неудачей. После смерти царя Федора Ивановича Голицыных не было среди претендентов на трон. Кончина Бориса Годунова пробудила в них честолюбивые надежды. Положение династии стало непрочным, и Голицыны первыми из бояр покинули ряды ее сторонников.
Некоторые летописи причисляли к числу организаторов заговора воеводу боярина М. Г. Салтыкова. Однако очевидец мятежа Яков Маржарет утверждал, что М. Г. Салтыков был захвачен изменниками. Слова Маржарета находят подтверждение в Разрядных книгах пространной редакции. Другой осведомленный современник — Петр Петрей также писал, что заговорщики захватили М. Г. Салтыкова и жестоко терзали его.
Выдающуюся роль в организации мятежа сыграли Прокофий Ляпунов и его братья. Ляпуновы занимали видное положение среди выборных рязанских дворян. Они обладали неукротимым нравом, и летописцы не прочь были подчеркнуть их склонность к авантюрам.
После смерти Грозного Ляпуновы вместе с другими рязанцами участвовали в московских беспорядках, едва не погубивших правителя Бориса Годунова. За год до войны с самозванцем царь Борис велел наказать Захара Ляпунова кнутом за посылку заповедных товаров к вольным казакам на Дон. Мятежные алексинские дворяне выдвинули из своей среды Захара Бибикова. Он числился выборным дворянином от Алексина и имел оклад в 500 четвертей земли. После переворота Лжедмитрий I пожаловал ему за особые заслуги рязанское поместье в 200 четвертей, взятое у И. П. Вельяминова.
Возникновению заговора в годуновской армии способствовали многие обстоятельства, но два из них имели решающее значение. Первым было появление знати в путивльском лагере, вторым — смерть Бориса. Конрад Буссов записал слухи о том, что изменники Бориса затеяли переписку с самозванцем сразу после его поражения под Севском. Они советовали «царевичу» не отступаться от своего и обещали тайную поддержку. Достоверность этих слухов сомнительна. Скорее всего заговорщики установили связь с Путивлем позднее. Лжедмитрий многократно посылал листы к царским воеводам, но последние откликнулись на них лишь после того, как обращения самозванца поддержали хорошо известные им лица.
Родовитая знать не смирилась со своим поражением в период династического кризиса, и ей не всегда удавалось скрыть свое истинное отношение к выборному земскому царю Борису. За два-три года до вторжения самозванца власти получили донос о том, что князь Борис Михайлович Лыков, «сходясь с Голицыными да с князем Борисом Татевым, про него, иаря Бориса, разсуждает и умышляет всякое зло». Названные лица были связаны тесной дружбой, а отчасти и родственными отношениями.
В силу превратностей гражданской войны одни члены этого кружка оказались заброшенными в путивльский лагерь, где их обласкал самозванец, другие же остались в царских полках. В былые времена злые речи Голицыных и их друзей против царя Бориса не были подкреплены никакими практическими шагами, а потому Годунов не придал доносу никакого значения. После смерти Бориса ничто не помешало им претворить помыслы в действие.
Князья Борис Петрович Татев и Борис Михайлович Лыков, как видно, оказали Лжедмитрию исключительные услуги, поскольку первый вскоре получил боярство, а второй стал кравчим самозванца. Вероятно, Лыков поддерживал наиболее тесные связи с заговорщиками, поскольку именно ему Лжедмитрий поручил организовать присягу в сдавшихся царских полках.
Следует отметить, что князь Б. П. Татев владел крупным поместьем в Рязани. Рязанское дворянство было охвачено брожением и сыграло особую роль в событиях под Кромами. В отличие ог детей боярских южных городов, дети дворян рязанских городов несли службу в Государевом дворе. Участники боярского заговора Ляпуновы и Измайловы принадлежали к высшему и наиболее влиятельному слою землевладельцев Рязани. За Прокофием Ляпуновым числилось 550 четвертей пашни в поместье и небольшая вотчина. Измайловы владели обширными родовыми вотчинами в Рязанском уезде. В числе других лиц в южных городах был захвачен Артемий Измайлов. За считанные недели этот рязанский дворянин из пленника превратился в дворецкого, думного дворян и на и ближнего человека «царевича». Измайлов был приятелем Ляпунова. Многие родственники Измайлова служили в армии Мстиславского. Скорее всего именно Артемий Измайлов помог организовать заговор среди рязанских дворян, за что и был удостоен исключительных милостей. Переговоры между путивльскими «советниками» самозванца и заговорщиками в армии под Кромами были окружены глубочайшей тайной. Но некоторые подробности все же стали известны в Польше. Некто Петр Арсудий, подвизавшийся в Польше в качестве доверенного лица Ватикана по делам восточной церкви, получил подробные сведения о секретных переговорах «царевича» с боярами от виленского епископа Войны. На начальном этапе организации самозванческой интриги покровители Лжедмитрия попытались заручиться поддержкой Войны. Епископ занял двусмысленную позицию. Королю он советовал известить Годунова об экспедиции как «частном предприятии своевольных людей», но одновременно считал необходимым послать гонца к «царевичу, чтобы таким известием не был нарушен его покой». С тех пор Война имел возможность получать доверительную информацию от лиц, окружавших «царевича».
По словам епископа, заговорщики обещали «истинному» Дмитрию престол на следующих условиях: православная вера остается нерушимой, самодержавная власть сохраняется, и Дмитрий будет пользоваться теми же правами, что и его отец Иван IV; царь не может жаловать боярский чин иноземцам и назначать их в Боярскую думу, но волен принимать их на службу ко двору и дать им право приобретать земли и другую собственность в Русском государстве; принятые на службу иноземцы могут строить себе костелы на русской земле.
По-видимому, соглашение о будущем устройстве Русского государства было в основных чертах выработано в результате переговоров между членами «воровской» Боярской думы и польскими советниками самозванца. Вместе с Мнишеком лагерь Отрепьева покинула почти вся польская знать, принимавшая участие в авантюре. Это обстоятельство должно было облегчить сговор. Московская знать, оказавшаяся в Путивле, заботилась о сохранении своих привилегий. Немногие польские советники (Бучинский, Дворжецкий, Иваницкий), оставшиеся при особе «царевича» в Путивле, старались выговорить себе право служить при царском дворе, владеть вотчинами и поместьями, а также строить церкви по своему вероисповеданию. Самозванец постоянно совещался с находившимися при нем иезуитами.
В последних числах апреля 1605 г. к самозванцу в Путивль из-под Кром прискакал сын боярский арзамасец Абрам Бахметов и сообщил, что царь Борис умер, что Петр Басманов прибыл под Кромы и 19 апреля привел полки к присяге. Войско Отрепьева получило аналогичное известие из Кром. Казаки сообщили, что они сделали вылазку из крепости и захватили языков, от которых узнали, что «Бориса не стало и что в войске их великое смятение: одни держатся стороны Борисова сына, а другие — нашей».
Положение в царском лагере стало критическим к началу мая.
Когда П. Ф. Басманов прибыл под Кромы, он горячо убеждал войско служить Федору Годунову. Одновременно он начал охоту за тайными приверженцами Лжедмитрия. Что ни день, воевода рассылал «по всему лагерю людей, которые подслушивали, что там говорили, и доносили обо всем ему, так что открылось, что больше людей на стороне Дмитрия, чем на стороне московитов». Сведения Басманова полностью совпадали с показаниями языков, захваченных казаками Корелы. Воеводе предстояло железной рукой покарать сторонников Лжедмитрия в интересах Годуновых. Но положение династии было шатким.