Как только закончились казни, она приступила к расследованию. Выяснилось, что существовало два типа гугенотов: те, кто действительно следовал новой религии, и те, кто не желал подчиняться противозаконному режиму Гизов. Последние умиротворились бы, если бы ненавистных братьев и их прихвостней заменил совет, возглавляемый Бурбонами — принцами крови. Екатерина предпочла бы лично побеседовать с такими протестантами, но, по понятным причинам, получила лишь письменные ответы. В королевстве разгорелась пропагандистская война, и Екатерина оказалась под прицелом наряду с Гизами. По Франции разгуливали памфлеты, где ее называли шлюхой, наградившей сына проказой (многие думали, что Франциск болен проказой). По стране прокатились волны глумления над церковными законами, особенно в Дофинэ, Гиени и Провансе. Больше всего беспокойства вызывал тот факт, что протестанты объединялись и все лучше вооружались. Заговор в Амбуазе и последовавшие за ним репрессии стали пропагандистским оружием для гугенотов, обращавшихся за помощью к иностранным князьям-протестантам. Эти события укрепили силу противников режима, привлекая на их сторону новообращенных гугенотов, зачастую из числа знати, представители которой могли подготовить и организовать регулярную армию.
Даже собственную инициативу Екатерины, Роморантенский эдикт от мая 1560 года, повелевающий, чтобы лишь церковные суды рассматривали религиозные судебные дела, не удалось ни ратифицировать, ни воплотить. Согласно эдикту, церковь лишалась права выносить смертные приговоры, а в целом этот акт был направлен на то, чтобы обойти стороной суровые религиозные законы Генриха II. Колиньи, племянник коннетабля, произведя опрос от лица королевы-матери, пришел к выводу, что единственным способом спасти королевство от хаоса является созыв большого совета. С согласия Екатерины он был созван 21 августа 1560 года в Фонтенбло. Одновременно она настояла на заключении мира с Англией и прекращении активного вмешательства в дела Шотландии, ибо королевству не под силу было держать войска и тратить деньги на боевые действия на севере. Французские и английские войска были выведены из Шотландии, но Мария и Франциск не оставили своих притязаний на трон Елизаветы и герб не изменили. Франциск, под влиянием Марии и ее дядюшек, отказался ратифицировать Эдинбургский мирный договор, но основная цель была Екатериной достигнута: мир с Англией и прекращение оттока людей и средств в Шотландию. Она радовалась и тому, что на поддержание амбиций семейства Гизов более не расходуются средства французской казны.
Марии в эти месяцы пришлось несладко; мало того, что Франция прекратила оказывать поддержку шотландскому королевству, но еще и ее любимая матушка, Мария де Гиз, умерла от водянки 11 июня 1560 года после долгой болезни. Джон Нокс, ликуя по поводу смерти королевы-регентши, писал: «…ее живот и ноги отвратительно распухли, и так продолжалось, пока Бог не свершил над нею свой приговор». Еще раньше он писал, будто корона на голове королевы «выглядела… как седло на бодливой корове». Вести о смерти матери подкосили Марию. Королева, страдая «то от одной беды, то от другой», получала утешение у Екатерины, знающей по своему опыту, что такое тяжелая утрата. Хотя это не мешало ей теперь, когда шотландской проблемы более не существовало, вплотную заниматься грядущей встречей в Фонтенбло, направляя всю свою энергию на сохранение мира во Франции.
К несчастью, два важных участника совета — Антуан де Бурбон и его брат Луи Конде — бойкотировали встречу в Фонтенбло. Конде, избежавший обвинения в Амбуазском заговоре, теперь, когда был учинен обыск в его владениях и бумагах, обеспокоился насчет собственной безопасности и переехал на юг, поближе к брату и подальше от Гизов. Екатерина к этому времени уже пользовалась поддержкой Мишеля де Л'Опиталя, ставшего канцлером в мае 1560 года, стремление которого к мирному разрешению проблемы подкреплялось девизом: «Un Roi, une Loi, une Foi» («Один король, один закон, одна вера»). Он полагал, что двум религиям во Франции мирно не ужиться, но решительно противостоял насильственным репрессивным мерам, от которых ожесточение и сила гугенотов лишь росли. Его мнение находило сочувствие у Екатерины. Стремясь высвободиться из железных тисков Гизов, но не желая полностью порывать с ними, королева должна была отныне действовать весьма осторожно. Екатерина хотела иметь их у себя под каблуком, чтобы самой располагать большей свободой для управления делами сына, ибо в этом видела главное свое назначение. Если она слишком сильно подорвет авторитет лотарингцев, они и вовсе устранятся, но их военная сила и возможности слишком велики, чтобы позволить им перейти в оппозицию. Замена Гизов Бурбонами означала хаос, не говоря уже о том, что происхождение принцев крови могло серьезно угрожать правам ее детей на трон. Екатерина считала возвращение Монморанси еще менее приемлемой мерой. Она не только не любила его лично, но и опасалась его влияния.
На открытии совета в Фонтенбло 21 августа 1560 года королева-мать призвала советников следовать политике, которая поможет королю — «сохранить скипетр, его подданным — избавиться от страданий, недовольным — удовлетвориться, если это возможно». Затем к кафедре вышел новый канцлер и произнес пространную речь о бедствиях Франции и возможных путях спасения. Наконец братьев Гизов пригласили выступить с отчетом о своих делах. После этого открыли дискуссию, чтобы могли высказаться другие участники совета. Колиньи представил две петиции, одну — королеве-матери, вторую — королю, в которых просил позволить протестантам мирно исповедовать свою веру, пока не состоится заседание генерального совета с окончательным решением по религиозным вопросам. Документ обращался к Екатерине с просьбой стать новой Эсфирью и вести Божий народ от притеснения к процветанию. Гизы с презрением отвергли петицию, заявив, что она не подкреплена подписями. Колиньи возразил, что мог бы легко собрать 10 тысяч подписей, на что герцог заявил: «Колиньи придется одну из этих подписей сделать кровью, ибо сам он скорее всего возглавит эти десять тысяч».
Слово взял Жан де Монлюк, сторонник королевы-матери. Он выразил взгляды Екатерины, когда спросил, как можно оправдать жестокость, с коей обрушились на реформатов, испытывающих «страх перед Господом и почтение к королю». Он продолжил, предположив, что при более мягких мерах страна скорее бы успокоилась и не нужны были бы радикальные перемены в правительстве. После нескольких дней жарких прений решили созвать Генеральные штаты в Фонтенбло 10 декабря 1560 года, а вслед за ними, через месяц — Собор духовенства, дабы решить проблемы религии во Франции и французской церкви. Папу Пия IV встревожила идея такого собора вне его контроля: он боялся, как бы это не стало шагом к созданию схизматической «галльской церкви». В целом члены совета просили Екатерину о снисхождении в отношении реформатов. Они надеялись, что смогут получить разрешение свободно исповедовать свою веру, по крайней мере не подвергаясь гонениям. Совет в Фонтенбло можно рассматривать как политическую победу Екатерины: ее позиции укрепились, что свидетельствовало о политической зрелости королевы.
Однако были и такие, кто смотрел на это заседание без особых надежд, все еще предполагая, что справиться с Гизами можно лишь путем активного действия, поставив Бурбонов во главе совета. Отсутствие некоторых лиц ясно дало понять: существуют люди, рассматривающие правление Гизов как незаконное. Параллельно с заседанием совета в Фонтенбло Антуан де Бурбон собрал встречу в Нераке, где велись разговоры, подогревающие определенные настроения среди поддерживавших его дворян. Монморанси, как считалось, поддерживал Бурбона, хотя сам был чрезвычайно осторожен, избегая обвинения в измене. В ноябре 1560 года приготовления гугенотов к военному противостоянию уже шли полным ходом, и Екатерина вынуждена была признать, что на оппозиционную партию не произвели ни малейшего влияния принятые решения о переменах и последующих встречах. Они верили: только военная сила поможет им избавиться от чужеземных принцев и освободить законного короля Франции от назойливого влияния ненасытных Гизов. Беда разразилась поздней осенью 1560 года, когда войска гугенотов атаковали главные города на юге и юго-западе Франции. Екатерина обратилась за помощью к Филиппу Испанскому и герцогу Савойскому. Гражданская война казалась неизбежной.
