11 апреля 1880 г. этот вице-император предложил Александру II довольно разностороннюю программу преобразований, которую перед этим согласовал с цесаревичем. Она предусматривала проекты податной системы, перестройки местного управления, расширения прав старообрядцев, пересмотра паспортной системы, налаживания отношений рабочих и предпринимателей, изменения в системе народного образования. Программа включала привлечение сведущих людей (выборных представителей дворянства, земств и органов городского самоуправления) к обсуждению проектов ряда правительственных решений. Царь полностью одобрил предложения графа.

12 апреля Михаил Тариелович получил ободряющее письмо от цесаревича. «С огромным удовольствием и радостью, — сообщал Александр Александрович, — прочёл все пометки государя, теперь смело можно идти вперёд и спокойно и настойчиво проводить Вашу программу на счастье дорогой родины и на несчастье министров, которых, наверно, сильно покоробит эта программа и решение государя, да бог с ними» (381, 1925, кн. 1910, с. 108). Удачной деятельности Лорис-Меликова способствовали его добрые отношения с наследником престола и с княгиней Е. М. Долгорукой. Не забывал он навещать также больную, умирающую императрицу, чем ещё больше расположил к себе цесаревича.

Репрессии при этом «обновителе России» не уменьшались, а только упорядочивались, ибо он стремился сделать их разумными и строго направленными к одной цели. Программа Лорис-Меликова, получившая название «новые веяния», содержала наряду с репрессивными мерами систему реформ, направленных на облегчение материального положения населения. В своей деятельности он делал всё возможное, чтобы завоевать доверие всех слоёв общества. В интересах дворянства стремился расширить права земств. Для улучшения жизни городских слоёв пытался развивать органы самоуправления. Идя навстречу интеллигенции, облегчил правила печати, значительно ослабил цензурный гнёт, хотя свобода слова не входила в его программу, он заменял её «разумным руководством». Изменилась правительственная политика по университетскому вопросу.

При Лорис-Меликове сразу открылось много новых газет, среди которых выделялись либеральный, с явными конституционными тенденциями «Порядок» М. М. Стасюлевича, «Страна» Я. П. Полонского, «Земство» В. Ю. Скалона и А. И. Кошелева и славянофильская «Русь» И. С. Аксакова.

В числе толстых журналов в это время возникла «Русская мысль» под редакцией С. А. Юрьева, человека близкого по своим взглядам к славянофилам.

Важной заслугой «бархатного диктатора» Лорис-Меликова считается устранение с постов наиболее одиозных фигур царской администрации. Д. А. Толстого сменил в должности министра народного просвещения А. А. Сабуров, имевший репутацию либерала, а на посту обер-прокурора Синода — К. П. Победоносцев.

При участии главного начальника Верховной распорядительной комиссии была дарована жизнь осуждённым, приговорённым к смерти, и смягчены несколькими степенями наказания всем прочим. Также смягчены все приговоры военных судов по политическим делам в Киеве, Харькове и Одессе и ни один из преступников, осуждённых на смерть, не казнён.

Граф вполне оправдал высокое доверие монарха, призвавшего его в самую тяжёлую для России годину на трудный пост начальника Верховной распорядительной комиссии. Он внёс мир и спокойствие в общество, светлый и согревающий луч в мрачную пучину действительности. Блеснула надежда на лучшее будущее. Это была пора «новых веяний».

В начале мая 1880 г. встал вопрос о переезде императрицы Марии Александровны в Царское Село, однако доктора наотрез воспротивились этому. Силы её стремительно таяли. Ей не давали покоя кашель и удушье.

Жизнь её тихо угасла после длительной болезни лёгких. Ранним утром 22 мая (3 июня) она скончалась в Зимнем дворце на 56-м году жизни. «Никто не был при ней в самый момент смерти», — отметил Д. А. Милютин, — неотлучная её камерфрау Макушина, войдя в спальню в девятом часу утра, нашла уже бездыханный труп. Можно полагать, что больная кончила жизнь спокойно, без агонии, как бы заснула». Узнав о кончине императрицы, Александр II экстренным поездом прибыл в Петербург из Царского Села. После её смерти, кроме завещания, как явствует фрейлина А. Толстая, по которому она передавала в наследство свою недвижимость, бриллианты и другие предметы, нашли лишь единственное письмо к Александру II, написанное когда-то давно. Императрица трогательно благодарила его за счастливо прожитую жизнь рядом с ним. Помимо этого, в её столе остались разрозненные листки с выражением последней воли: «1. Я желаю быть похоронена в простом белом платье, прошу не возлагать мне на голову царскую корону. Желаю также, если это возможно, не производить вскрытия. 2. Прошу моих милых детей поминать меня сорок дней после смерти и по возможности присутствовать на обедне, молиться за меня, особенно в момент освящения Святых Даров. Это самое большое моё желание» (314, с. 43). Четыре дня спустя останки усопшей были торжественно перенесены в Петропавловский собор в пасмурный день, при сильнейшей буре на Неве, а 28 мая совершено отпевание и погребение (78, с. 98—99).

Большинство из тех, кто видел царя в это время, были поражены его болезненным видом: он стал совершенно седым, на лице появилось выражение постоянной усталости, в глазах отражалась беспредельная грусть и безнадёжность. Астма его значительно усилилась и причиняла ему большие страдания. Единственным утешением ему были княгиня Екатерина Михайловна Долгорукая и трое их детей.

В день окончания Петровского поста, 6(18) июля в 3 часа дня в Большом Царскосельском дворце состоялась церемония венчания Александра II с княжной Долгорукой, с которой он был близок в течение 14 лет. Император в голубом гусарском мундире и княжна в скромном светлом выходном платье длинными коридорами прошли в маленькую залу с окнами на пустынный двор, где всё было приготовлено для ритуала бракосочетания. Кроме протоиерея Никольского, протодьякона и дьячка на обряде венчания присутствовали министр двора граф Адлерберг, генерал-адъютанты Баранов и Рылеев, а также доверенная княжны госпожа Шебеко. По окончании службы царь с молодой супругой и двумя старшими детьми — Георгием и Ольгой совершили прогулку в коляске по тенистой дороге, соединяющей Царскосельский парк с Павловском. В тот же вечер император подписал следующий указ:

«Указ Правительствующему сенату

Вторично вступив в законный брак с княжной Екатериной Михайловной Долгорукой, мы приказываем присвоить ей имя княгини Юрьевской с титулом светлейшей. Мы приказываем присвоить то же имя с тем же титулом нашим детям: сыну нашему Георгию, дочерям Ольге и Екатерине, а также тем, которые могут родиться впоследствии, мы жалуем их всеми правами, принадлежащими законным детям сообразно ст. 14 Основных законов империи и ст. 147 Учреждения императорской фамилии.

Александр

Царское Село, 6 июля 1880 года».

Данным указом Александр II признавал своё отцовство и создавал своим детям от Екатерины Михайловны законное положение. Возможно, как отмечает Вс. Николаев, более всего удручало императора отношение к Долгорукой его братьев и сыновей, а ещё более — их жён. Те были возмущены, что Александр Николаевич даже не счёл необходимым соблюсти год траура по своей первой жене, императрице Марии Александровне, о которой по всей России служили традиционные панихиды, об упокоении её души молилась вся православная Русь.

Довольно правдиво описывает отношения между императором, его тридцатичетырёхлетней морганатической женой и родственниками царя родной племянник самодержца, сын его брата великий князь Александр Михайлович, крёстный царя, которому тогда шёл пятнадцатый год. На первом ужине после заключения морганатического брака Александр II захотел представить супругу своей семье. «Когда государь, — вспоминает Александр Михайлович, — вошёл в столовую, где уже собралась вся семья, ведя под руку свою молодую супругу, все встали, а великие княжны присели в традиционном реверансе, но отведя глаза в сторону… Княгиня Юрьевская элегантно ответила реверансом и села на место императрицы Марии Александровны! По любопытству я внимательно наблюдал за ней и ни на минуту не отвёл глаз. Мне нравилось грустное выражение её прекрасного лица, и я любовался великолепным блеском её роскошных светло-золотистых волос. Она была явно очень взволнована. Часто она поворачивалась к императору и слегка пожимала его руку. Она, возможно, привлекла бы мужчин, если бы за ними пристально не наблюдали их жёны. Её усилия присоединиться к общему разговору встретили лишь вежливое молчание. Мне было жалко её, и я просто не мог понять, почему её подвергали остракизму за то, что любила она красивого, доброго и приветливого человека, который случайно был императором России…»