К середине XVII в. сложилась новая центральная администрация, сохранившаяся без существенных изменений в течение всей эпохи Токугава. Основной орган составляло правительство (родзю) из нескольких высших министров (обычно пяти). В их ведении находились практически все государственные дела, включая надзор за императорским двором, финансы, отношения с князьями (кроме военных). Назначали их из высших феодалов, приверженцев сегуна, и правили они по месяцу, сменяя друг друга. Следующий круг правительственной бюрократии составляли начальники ведомств ставки-бакуфу, градоначальники и др. (буге). Трое буге считались важнейшими: финансов, храмов и монастырей столицы Эдо. Всего же ведомств центральной администрации насчитывалось до 60 в столице (Эдо) и в других городах до 40 (в т. ч. занимавшиеся вооружением, чеканкой монеты, флотом и т. д.). Члены родзю, родственники сегуна, члены регентского совета образовывали также нерегулярный совещательный орган — гоебэя (названный так по залу, где проходили заседания).

Каждое княжество представляло собой самостоятельную административную единицу, в которой было свое малое правительство (киро). Как правило, в княжествах было до 4-х основных ведомств, занятых финансами, религией, судом и полицией. Надзор за деятельностью князей-дайме осуществляли полицейские инспекторы (мэцке) сегуна во главе со старшими полицейскими. Об их должностях и деятельности был даже принят специальный закон (1632). По-особому строилось управление в домене сегуна: здесь основными фигурами были управляющие (дайкины) и старосты волостей. В городах ставились специальные правители из самураев. Кроме того, образовывались городские советы из торговцев и богатых ремесленников (участие в таком совете давало право на ношение меча). Как органы внутригородского самоуправления, они занимались водоснабжением, чистотой улиц, сбором налогов и т. п.

Сегунат не облагал княжества налогами. Но существовала практика принесения правителю «даров» пропорционально богатству провинций, количеству городов и, соответственно, уровню вассальных отношений.

Военно-полицейское управление сегуната составляло главную, но не единственную сторону японской государственности. Сохранялась система традиционной монархии с собственной системой управления и собственными полномочиями.

Император был номинальным главой страны. Его полномочия ограничивались собственным двором и религиозными делами. Согласно особому «Завещанию Иеясу» все реальные государственные полномочия передавались сегуну, власть его признавалась наследственной в собственном роде. Император был обязан предоставлять сегуну своего сына в заложники. При императоре находился особый представитель сегуна — сесидай (с 1600 г.), считавшийся одновременно наместником столицы Киото. Без его участия не приводились в исполнение приказы императора, выходившие за пределы его двора. В 1615 г. были установлены специальные правила для императорского двора, согласно которым обязанности императора направлялись на изучение древней истории, стихосложение, изучение церемоний и соблюдение традиций.

Несмотря на то что в течение двух с половиной веков сегуны даже не были в столице (чтобы не выказывать «унижающего» почтения к императору), влияние их на дела императорского двора было огромным. Даже выбор наследника престола подлежал согласованию с бакуфу. Императоры могли вступать в брак лишь с невестами из пяти традиционных домов высшей знати. В финансовом отношении зависимость была также значительной: императорскому двору выделялся рисовый паек и никаких собственных доходов иметь не полагалось. Императорский домен представлял автономное от бакуфу хозяйство, но также находящееся под его верховным надзором.

Императорский двор располагал собственной административной организацией. В составе императорского (бывшего Государственного) совета были должности первого министра, левого и правого министров, других высших сановников, традиционно пополнявшиеся только из семей высших аристократов (кугэ). Однако их роль ограничивалась дворцовыми церемониями, религиозными и научно-образовательными делами в столице.

Исторически сформировавшееся двоевластие — императора и сегуна — составляло наиболее своеобразную черту феодальной монархии Японии. Режим сегуната поддерживался в главном средневековым сословным строем, влиянием служилого слоя самураев. Как только исторически старая сословная система стала распадаться, наступил и государственно-политический кризис власти.

До начала VII в. в Японии господствовало обычное право, не зафиксированное никакими памятниками. Его предписания были не только юридическими, но и религиозными, этическими правилами. Многое в японском праве той эпохи было перенесено из более древних правовых систем Китая и Кореи. Собственно юридические нормы появились в обычном праве с выделением среди религиозных и моральных запретов особых представлений о наказании. Наказание было как бы закономерным следствием «греховности» людей и настигающего их Божьего суда. Первые понятия о преступном также были еще взаимосвязаны с религией и существовали в виде представлений о «семи небесных грехах» (тяжких) и «восьми небесных грехах» (менее тяжких). За их совершение обычно полагались кара и очищение — как правило, коллективные.

Формирование письменного права в Японии началось не путем записи обычного права (как это было у большинства восточных и средневековых народов), а путем создания особого законодательства о системе и деятельности органов государственного управления — своего рода государственно-административных кодексов. Закономерно, что при создании такой своеобразной сферы права широко использовался опыт более древней административной традиции Китая. В этом заключается одна из важнейших особенностей формирования древнего японского права.

Первые законы были составлены в Японии в начале VII в. Это были Законы 17 Статей (604–622), в которых содержались в большей степени моралистические пожелания в духе конфуцианства, чем строго юридические предписания. В конце VII в. под влиянием административных преобразований, начатых с переворотом Тайка, для одной из провинций Оме был составлен свод административных правил — Оми-ре (661–672). Свод был записан по образцу китайского «Уголовного и административного кодекса» империи Тан середины VII в. В нем регламентировались обязанности администраторов, устанавливалась вводимая в японском государстве система рангов и в общей форме фиксировались взаимоотношения жителей с новой, государственной властью. Позднее Оми-ре был пересмотрен и превратился в «Уголовный и административный кодекс государева двора» — Киемигахара-ре (681–683). Состоял он из 22 глав и, по-видимому, включал, кроме административных правил, и нормы ответственности чиновников. Оба свода VII в. не сохранились, и о содержании их ничего не известно.

Первым известным по содержанию памятником древнего японского права стал кодекс «Тайхо-рицурё» (702). Он как бы юридически оформил государственные реформы Тайка. Для его составления в 700 г. была образована комиссия из императорских приближенных: «Государь повелел царевичу Восакабэ, Фудзивара Фубито, Авата Мабито и другим отобрать уголовные и гражданские законы». После его опубликования работа была продолжена. Составленный кодекс подвергался изменениям. В итоге была составлена новая редакция свода под названием «Еро рицурё» («Уголовный и административный кодекс годов Еро» — 718 г.). Однако в действие новые законы ввели с большим запозданием — только в 757 г. Переработанная редакция в большей степени отражала заимствования из китайского права. Тогда как основная — Тайхо-рицурё — содержала правила японского происхождения и отражала основные черты древнего японского права.