Королевская власть в империи по своим полномочиям зависела от политической ситуации. Предопределялось это тем, что германского короля избирали на имперском съезде герцоги (князья) и, позднее, наиболее важные архиепископы. В избрании могли принимать участие только обладатели исконных немецких земель. Полномочия монарха заключались в ленных правах, особых привилегиях (чеканка монеты и установление пошлин везде, по месту пребывания) и верховной юрисдикции. Право законодательствовать только по личному усмотрению за королем не признавалось. Только королю принадлежало право суда над князьями. В военных походах права монарха также не были неограниченны.

Королевский двор был узким по составу. Его управлению подлежал только домен. Двор составляли королевские вассалы — министериалы, некоторым поручалось исполнение постоянных должностей. Постоянным учреждением была только канцелярия, где велось государственное делопроизводство. Управляющий двором — майордом — назначался с согласия знати. Ближайшие помощники короля носили звание королевских советников. Эти должности не были институализированы, а составляли скорее почетные ранги. Такой же смысл вкладывался и в ряд чинов королевского двора, которые считались как бы отличительными званиями некоторых высших магнатов — почетный стольник, чашник, маршал, канцлер. Со временем эти чины (лишь эпизодически связанные с исполнением подразумеваемых функций и полномочий — в случае торжественных событий) закрепились за отдельными фамилиями наследственно: так, пфальцграф Рейнский считался одновременно имперским стольником, герцог Саксонский — маршалом.

Важнейшую политическую роль играли собрания знати. Они были унаследованы от франкских времен, однако иными были и состав, и значение. На эти собрания призывались все связанные с феодально-ленными отношениями с королем: князья государства, правители областей, архиепископы, в самой малой части — королевские министериалы. Собрания проводились практически ежегодно в Х в., иногда — по два в год. На них обсуждались военные вопросы, назначения в епископские должности, судебные дела. В первой половине XII в. значение собраний поднялось: они стали считаться необходимой частью обнародования императором законодательства.

Во главе местного управления по особым традиционным округам находились графы — с военной, судебной и полицейской властью. Там, где графства превратились в полновесные лены, сформировался и второй уровень управления — при помощи назначенных фохтов, которым вручалась административная и полицейская власть в основном по отношению к несвободному населению.

Военная организация империи основывалась на ополчениях феодалов. Ленники обязывались к конной службе, прочие, в т. ч. крестьяне, к пешей. Существовал и специальный налог на содержание войска. Другие налоги и доходы короны были связаны с домениальными правами.

В конце XII — начале XIII в. на основе общего социального и экономического оживления Германии в политической структуре империи обозначились важные изменения: прежние феодальные области (герцогства, архиепископии) превращались в почти полностью самостоятельные государства. Одной из важных социальных опор для князей в стремлении к обособлению от империи стали германские города. XII–XIII вв. были временем начала расцвета городской жизни в Германии: число городов возросло до 500, многие стали важными политическими и экономическими центрами своих областей. Начиная с XIII в. почти все новые города возникали во владениях отдельных князей и пользовались их покровительством. Князья развернули борьбу за подчинение имперских городов своему феодальному иммунитету.

Наряду со старыми княжествами и областями важное значение приобрели вновь образовавшиеся. В 1156 г. выделилась из Баварии в самостоятельное герцогство Австрия. В XII в. на основе небольшого поначалу маркграфства началось формирование герцогства Пруссии. Общее завершение феодализации в стране привело к тому, что на месте прежних полуплеменных герцогств образовалось до сотни княжеств, из которых 80 были духовными. Территориальные князья заняли место племенных герцогов франкского времени, составив особое высшее сословие — имперских князей. Князья могли держать свои лены и от негерманских государей, некоторые уже в XII в. оказались в вассальных отношениях с несколькими монархиями Европы. Вместе с тем князья всячески препятствовали установлению прямых ленно-вассальных связей императора с подчиненными им феодалами. Императорская власть практически утратила к концу XII в. опору в широкой среде рыцарства и поддержку собственных министериалов (которые в значительном числе превратились в свободных феодалов, сохраняющих свой статус благодаря связям с несколькими князьями сразу).

Негативное влияние на единство империи оказали династические события. После некоторого политического взлета в правление королей из династии Гогенштауфенов (1138–1254) в Германии настал кризис, вызванный пресечением династии. Кризис практически закрепил реальную уже раздробленность империи. В 1273 г. на имперский престол был избран Рудольф I из новой династии Габсбургов. Основное внимание новых императоров сосредоточилось на расширении своих владений в Австрии. Имперская политика перешла более на уровень идейно-политических акций, поисков согласия между германскими князьями по государственным вопросам.

Решающим этапом в оформлении нового государственного качества империи стало правление короля Фридриха II Гогенштауфена (1220–1250). Продолжая авантюрную итальянскую политику первых императоров, Фридрих II, отчасти вынужденно, отчасти из равнодушия к делам Германии, закрепил целым рядом актов широчайшие права областных магнатов. В 1220 г. духовным князьям была передана часть императорских суверенных прав: назначение епископов в их княжествах, основание таможенных дворов и финансовые регалии, право ставить кого-либо вне закона. Духовные лены были объявлены неприкосновенными, а император обязывался их защищать от любых посягательств. Согласно заключенным в 1231–1232 гг. Вормским привилегиям между королем и сословиями, сходные права получали и светские князья: они могли чеканить свою монету, изымались от юрисдикции земских судов, приобрели законодательные права в своих землях. Единственным остатком государственной централизации под властью Фридриха II после этого оставалось только Сицилийское королевство, присоединенное к империи. В королевстве сформировалось прочное государственное управление, специальные финансовые ведомства, постоянные должности чиновников; издавались конституционные постановления всеобщего значения. Однако в целом с середины XIII в. Священная Римская империя германской нации (официально доктрина священства империи была провозглашена в 1157 г., тогда же, когда монах Оттон Фрейзингенский обосновал концепцию самостоятельного, без папы, суверенитета империи и обусловленности власти короля только «Божьим определением и народным избранием») стала представлять своеобразную политическую федерацию самостоятельных германских (и негерманских) феодальных государств.

Усиление государственно-политической самостоятельности отдельных германских княжеств продолжилось в XIV–XV вв. Границы огромной империи в это время стали в большой степени номинальными. Внутри началось движение за открытый выход из ее состава: в начале XIV в. сложился Швейцарский союз, поведший борьбу за независимость.

Император обладал особыми правами политического верховенства, которые были далеки от реальных государственных полномочий. Даже в периоды укрепления империи не удалось превратить эту власть в наследственную. К XIV в. принцип избрания на престол по воле собрания высшей знати империи стал абсолютным. Это было закреплено в особом документе — Золотой булле 1356 г. (Буллой называли грамоту особого значения, Золотой — из-за особой печати, подвешенной к ней), дарованной королем Карлом IV. Устанавливались права особой коллегии — из 7 князей и архиепископов (владетельных князей Майнца, Кельна, Рейнского, Саксонского, Бранденбургского, короля Богемии) на своем съезде избирать императора. Эти права были впредь наследственны и неразрывны с особым статусом самих князей как суверенных правителей. Булла закрепляла за князьями финансовые регалии, ранее принадлежавшие императору (рудники, чеканку монеты), максимальный судебный иммунитет, право заключать внешнеполитические союзы. Съезд князей становился практически постоянным политическим институтом империи: он должен был происходить ежегодно и вместе с императором решать дела «к общей пользе и благу».