В XI–XII вв. возникло большинство средневековых японских городов. Их население стало еще одним фактором в развернувшейся борьбе за сословные привилегии. С XI в. известны первые ремесленные и торговые объединения — цехи (дза). Тогда же определилось в сословном отношении духовенство. Буддийские монастыри стали крупными феодалами, содержателями значительных вассальных дружин, отрядов самураев.

Формирование феодально-сословного строя сопровождалось резким падением политической значимости императорской власти. С конца VII в. императорский престол находился под контролем одного из крупнейших аристократических кланов — Фудзивара. С VIII в. клан обязал императора брать жен только из их дома. В IX в. захватил в свои руки посты принца-регента и первого министра (с общим титулом секкэна), поставив под контроль государственную администрацию. Государственное управление приобрело вид неофициальной диктатуры секкэнов. Положение императорской власти свелось до религиозно-придворного главенства. С конца Х в. под нажимом регентов императоры стали регулярно отказываться от престола в пользу малолетних детей, с тем чтобы реальные полномочия власти удерживались секкэнами. Сложился своеобразный институт экс-императоров (или «монашествующих императоров», поскольку правители удалялись в монастырь). Случалось, некоторые императоры правили сами, без Фудзивара. Однако к XI в. нити государственного управления прочно были захвачены новой системой регентского правления.

Окончательное утверждение нового своеобразного двоевластия произошло к концу XII в. После длительного соперничества нескольких знатных феодальных домов (и семейных кланов), среди которых выделялись дома Тайра и Минамото, победу одержали Минамото (1185). Глава рода был пожалован императором в ранг «великого полководца, покоряющего варваров» (сейи-тайсегун), сёгуна. Реально в руки полевой ставки полководца-сегуна бакуфу перешли основные рычаги управления государством. Прежняя раннефеодальная центральная администрация практически распалась, сохранились только ведомства и советы, связанные с придворными делами и священно-религиозными правами императора. Такая новая государственно-политическая организация получила название сёгуната. Опорой режима сегуната стала военно-служилая феодальная иерархия, прежде всего сословие самураев, превратившихся в прямых (гокенины) или опосредованных вассалов сегуна.

В период Камакурского сегуната (1192–1333) императорский престол был поставлен под прямой контроль сегунов. Даже престолонаследие императорского дома требовало согласия и своеобразного утверждения в бакуфу. Вводилась особая должность советника сегуна при дворе (1221), которому подчинялась особая дружина и в обязанности которого вошло «политическое покровительство» императора. В XIII в. правители нового клана Ходзе инициировали раздел дома Фудзивара на 5 ветвей, которым по очереди давались звания секкэнов. Тогда же и сам императорский дом был поделен на южную и северную ветви, с правом поочередного наследования престола. Гарантом этой разветвленной системы монархии выступали сегуны. Таким образом установилась реальная военно-политическая диктатура новой власти.

Управление в рамках сегуната стало осуществляться через новую систему местных представителей: сюго, которым поручались полицейские и военно-вассальные дела (с 1190), и дзито, земельных представителей по контролю за налогами, в том числе и в вотчинах-сеэнах (с 1185 г.). Со временем сюго стали как бы военно-полицейскими губернаторами в провинциях, обладая в том числе и судебными правами. Сегун считался «главой сюго и дзито», тем самым сосредоточивая у себя военную и полицейско-судебную власть. Центральное управление страной осуществляло бакуфу, в которой выделилось несколько ведомств: Административное (мандокоро). Судебное (монтюдзе), Военное (самурайдокоро). Ведомства были одновременно и судебными инстанциями по искам вассалов (гокенинов). Для надзора за знатью был создан специальный совет из 10 высших вассалов сегуна.

В конце XIII в. военная диктатура сегунов обрела более открытый вид. От Государственного совета правители Ходзе перешли просто к домашним совещаниям клана. Реальное положение секкэнов упало, был ликвидирован государственный секретариат. Росту значения военной организации способствовала длительная борьба с нашествием монгольского флота, разгромленного в том числе благодаря «священной помощи» тайфуна (камикадзее), разметавшего вражеские корабли.

Система управления Камакурского сегуната усугубила стремления разных кланов, и теперь уже территорий, к сепаратизму. После мощных мятежей, реставрации временной власти императоров в стране установился режим сегуната дома Асикага. Этот второй сегунат Муромати (1335–1573) способствовал общей децентрализации страны. В Японии сформировалось до 250 княжеств, подчиненных своим даймё, которые были не только самыми богатыми феодалами, но и располагали особым сословным статусом, исключительными судебными и административными правами. На протяжении XV в. страну раздирали постоянные междуусобные войны, крестьянские восстания. Государственная власть и управление ограничивались пределами феодальной группировки, в той или другой период собиравшейся вокруг сегунов.

В последней четверти XVI в. крупнейшие феодалы Центральной Японии повели борьбу за политическое объединение страны. В этой борьбе они опирались на возросшее недовольство феодальными раздорами крестьян и горожан, а также на менявшееся сословие самураев. Война против режима прежнего сегуната приобрела характер политической реконструкции страны под руководством лидера оппозиционных групп феодалов и самурайства Тоэтоми Хидееси (1536–1598). Военные успехи оппозиции были дополнены рядом централизаторских реформ. В ходе земельной реформы была осуществлена податная перепись на новых принципах, в число подпадающих под налогообложение было включено большинство крестьянского населения, само обложение упорядочено и унифицировано. Сословной реформой в стране устанавливалось новое сословное подразделение на три сословия: самураев, крестьян и горожан, для каждого закреплялись свои предписанные занятия и связанные с этим обязанности и привилегии. Крестьянству запрещалось владеть холодным оружием. Согласно указу 1588 г. началась т. н. «охота за мечами» в стране, которые, по изъятии, должны были пойти на гвозди и заклепки для постройки статуи Будды. Была запрещена миссионерская деятельность христианских проповедников (начавших проникать в Японию с сер. XVI в., после ее «открытия» португальцами). В целях создания единого финансово-экономического пространства страны ликвидировались внутренние таможни, вводились единые меры и весы, начата денежная реформа.

Для обеспечения преемства власти в своей семье и предотвращения новой межфеодальной войны Хидееси образовал особый Совет регентов (1598) из пяти главных министров-князей (тайро), которые должны были править до совершеннолетия сына Хидееси. Однако в 1600 г. наиболее влиятельный и богатый из князей-регентов Токугава Иеясу разрушил установленную систему, разгромил оппозицию других князей и стал единоличным военным правителем страны. К 1603 г. император даровал Иеясу титул и полномочия сёгуна. Тем самым в стране установился новый режим сегуната, охвативший всю централизованную страну. Окончательно новый политический и административный режим упрочился в сер. XVII в., при третьем сегуне династии, после целого ряда правовых и административных преобразований.

В ходе социально-правовых реформ была упрочена и частично преобразована прежняя сословная структура общества. Она получила название си-но-ко-се. Высшее сословие было представлено самурайством (си), среднее — крестьянством (но), ремесленниками (ко) и торговцами (се). Дворянство также не представляло единой категории. Высший слой составила придворная аристократия (кугэ), связанная только с императорской семьей и лишенная реальных богатств и влияния. Главную и значимую часть дворянства образовывали военные дома (букэ), среди которых выделялись владетельные князья — дайме, и рядовое дворянство. Сохранив владения и влияние дайме, Токугава преобразовал сословие по составу. Были проведены значительные конфискации владений и переселение князей (до 1/2 всех земель страны поменяли владельцев). Перераспределялись земли, также учитывая внутренние категории дайме: родственников сегуна, его прямых вассалов (приверженцев), опальных и враждебных. Только из первых двух категорий формировались государственные органы, заполнялись вакансии наместников в провинции. Для удержания дайме в повиновении была введена практика заложничества (1635), когда князья предоставляли сегуну своих родственников в обеспечение верности. Вместе с тем князья остались единственными, кроме государства, земельными собственниками; в остальном поместья-сеэн были ликвидированы. Самурайское сословие получало условные земельные владения, разные по статусу для тех, кто относился к личным вассалам сегуна, вассалам других князей. Особенно многочисленную прослойку составили деклассированные самураи — ронины, практически единственными правами которых оставались ношение оружия и свобода незамедлительно расправиться с обидчиком, не прибегая к суду.