Важнейшей особенностью кочевой империи как специфического типа ранней, средневековой государственности было то, что ее единая организация, по существу, сводилась к военной. Военная организация, в свою очередь, сформировывалась воедино властным соподчинением, которое хотя и имело государственно-политический характер, затрагивало самую-самую верхушку империи. Реального общего управления единой монгольской империи не существовало.

Носителем верховной власти в империи был каан (хаган). Титул был заимствован из традиций ранних тюркских государств. Впервые его принял Чингис-хан, но реально он закрепился как обозначение правителя объединенного государства примерно с 1210 г.

В обосновании исключительного положения каана основную роль играла религиозная идея: правитель получал власть «именем Неба» и действовал во имя Его величия. Основные полномочия правителя вытекали из этой «небесной» санкции и подкреплялись традицией. Каан считался (1) главой гражданского управления — лидером собственного рода, общеплеменным вождем, судьей и жрецом, а также (2) главой военной организации. Этим определялись и функции кочевого правителя, несколько отличные от обычных государств; он обязан укреплять державу, заботиться о народе и (!) поддерживать стремление к завоеваниям как главному смыслу военной организации.

В провозглашении правителя кааном большое значение имел курилтай — съезд военной и родовой знати. С укреплением власти Чингис-хаиа курилтай стал в большей степени собранием знатных его собственного племени и военных. После Чингиса укоренился обычай наследования власти в роде. По древнетюркской традиции, власть в империи в целом передавалась младшему сыну; старшие сыновья получали свои области в «выдел» еще при жизни отца-правителя. Допускалось законом и традицией регентство (в т. ч. и женщин-матерей) при малолетнем наследнике. Восшествие на престол выражалось в особой процедуре интронизации, также построенной по древнетюркским традициям перв. пол. I тыс.: шаманы провозглашали день, собравшиеся просили кандидата занять место, он отказывался, его насильно сажали на трон, он приносил присягу. Кульминацией провозглашения было поднятие правителя на войлоке и выслушивание его обещания править справедливо под угрозой свержения. Наследование власти в отдельных улусах империи отличалось: там превалировал принцип родового старшинства, и из 32 известных великих ханов частей империи только 11 были сыновьями предыдущих.

Также по древнетюркской традиции империя делилась на неравнозначные в государственно-политическом отношении части: центр и крылья. Центр (в него входили исторические области монголов) был местом размещения гвардейского корпуса (примерно в 10 тыс. всадников) и считался доменом великого каана. Крылья делились на правое (запад) и левое (восток); левое считалось главнее — также по древней кочевой традиции предпочтения левого правому. Дополнительно они обозначались цветами: синее было предпочтительнее белого (западного). В системе крыльев отражалась войсковая организация: центр — правое крыло — левое крыло. Крылья подразделялись на тумены (10 тыс. всадников), далее на тысячи, сотни и десятки, каждая во главе с нойонами своего ранга. Нойон был не только военным начальником, но и распределителем земель войска, добычи, главой рода или его части, отчасти судьей.

В рамках крыльев империя политически разделялась на улусы. Первоначально улусов было четыре — по числу сыновей-наследников Чингиса. Затем и они стали дробиться. В улусах, как и в целом в империи, реальная государственная власть осуществлялась на основе соправительства: одновременно было по двое равных правителей крыльев, которые советовались друг с другом (либо враждовали и воевали). Иногда такой соправитель, если он не был из рода Чингисидов, получал особый титул (например, в Золотой Орде — беклярибек).

Монгольская империя как государство рождалось в ходе завоеваний. И вся его организация была взаимосвязана с военной активностью. Однако включение в состав империи огромных территорий, населенных земледельческими народами, определило выработку некоторых принципов гражданского управления. Особое влияние на это оказал древнейший опыт китайской государственной администрации. Его носителем стал советник Чингис-хана из китайцев Елю Чу-цай. По преданию, внимание к его административному таланту привлекли слова: «Хотя вы завоевали империю, сидя на коне, но управлять ею, сидя на коне, нельзя».

Уже в правление Чингиса при ставке великого казна помимо дворцовых администраторов сложилась как бы гражданская канцелярия. Основную роль в ней играли двое советников из немонголов: Елю Чу-цай и Чинкил. Первый был как бы политическим советником. Второй выполнял функции канцлера, возглавляя 2 особых бюро по подготовке указов и переписки. (Государственную печать монголы заимствовали у уйгуров.) Дальнейшая администрация в империи осуществлялась с помощью даругов — чиновников особых поручений. Главной обязанностью даругов было надзирать за сбором и доставкой налогов, однако они контролировали также рекрутирование вспомогательных войск, почтовое дело. Знаком их полномочий были разного рода металлические пайцзы (жетоны-мандаты).

Единство империи в какой-то мере обеспечивали общегосударственные обязательные налоги. Собственно монгольский был купгур (1/100 с голов скота); его собирали со всех без исключения. Поземельный налог был позаимствован из традиционной системы халифата — харадж. Кроме этого, собиралось еще до 45 разных других: чрезвычайный на армию (собирали его, однако, регулярно), снабженческий, содержания чиновников и т. д. Монголы ввели обязательную ямскую повинность по всей империи (или ямской налог) на содержание дорог и почтовой связи. Важную роль играло и общегосударственное право войск на постой. С религиозных объединений взималась особая тамга. Все торговые сделки (даже розничные продажи) также облагались налогом в 10 %.

Управление в улусах следовало собственным традициям покоренных государств. В Средней Азии, в бывших областях государства хорезм-шаха, сохранялась должность везира, возглавлявшего особый диван управления. Местными администраторами были наместники. Был общеулусный диван финансов. Более сложным и разветвленным было управление в центральной части империи — бывших землях Китая с его бюрократическими традициями. В XIII в. там были организованы специальные управления — Провинциальные, в т. ч. Управление умиротворения. Затем организовался центральный секретариат, занимавшийся государственными делами, отдельно — военный совет, занимавшийся армией. Сформировались 6 «министерств»: чинов, налогов, ритуалов, наказаний, военных дел, строительства. Особо существовал цензорат — ведомство государственного контроля.

По всей империи высшими руководителями ставились, как правило, собственно монголы. На чисто бюрократические должности назначались местные — причем не из знати и не из военных. Гражданские чиновники освобождались от всех государственных повинностей.

В империи существовали полугосударственные, полусвященные посты верховного шамана и верховного судьи, избиравшихся лично кааном. Однако в основном религиозное управление, а также суд на местах осуществлялись по местным традициям и законам. Монголы отличались высокой степенью религиозной терпимости, сохраняя нетронутой систему религиозных культов в завоеванной стране. Сохранение судебных организаций также опиралось на один из государственных заветов Чингисхана. Его выполнение, по мысли великого завоевателя, способно было укрепить государственность империи: «Изучайте разные законы, сравнивая, приноравливайтесь к ним. Для разных дел нужны опытные, ученые люди. Тот человек выше множества множеств людей, который знает законы государства».