Савва умер в старости, в 1495 году. Его мощи были уже открыты после падения независимости Пскова. Тогда же была построена и каменная церковь вместо деревянной.

Псково-Печерский монастырь, находящийся верстах в пятидесяти от Пскова близ ливонской границы в ущелье песчаных гор, на берегу ручья Каменца, получил свое важное значение уже в XVI-м веке, но его начало восходит ко второй половине XV-ro. Однажды изборские охотники по прозвищу селиши, отец с сыном, гонялись за зверьми в лесистой пустыне и, дошедши до того места, где потом возник монастырь, услышали церковное пение. Они приняли это пение за пение ангелов, заключили из этого, что место, на котором им послышалось пение — свято, рассказали своим товарищам,и все, по общему совету, обратились ко псковскому вечу и выпросили себе на поселение то место, на которое указывали селиши. Получив землю во владение, они поделили ее между собою: одному из них досталось по разделу место недалеко нынешней пещерной горы; звали его Иван Дементьев. Один раз он пошел рубить на домашний обиход дерево на ту гору, где селишам было слышание. Срубленное на краю горы дерево повалилось вниз, захватило с собой другие деревья и кустарники; оторвалась часть земли и открылась пещера с надписью: "Богом-зданная пещера". Тогда оказалось, что селиши слышали пение не ангелов, но отшельников. Но их там не было; не было их вероятно и в живых, и уже пещера завалилась землею. Предание приписывает первое копание пещеры какому-то Марку.

Когда пещера была открыта, во Пскове жил священник именем Иоанн, бывший прежде в ю рьеве ливонском, но удалившийся оттуда по причине гонений от немцев. Он поселился во Пскове, где был чужой — "шестник", родом он был москвич. Услышав об открытии пещеры, отправился он туда на место, там поселился, и близ пещеры выкопал в той же песчаной горе церковь. Жена его, по имени Васса, постриглась в монахини и скоро умерла. Муж и другой священник хотели ее похоронить в земле в пещере, но гроб три раза чудесно выходил из земли, как бы во знамение, что Богу не угодно, чтоб она была зарыта. Гроб поставили в сделанном нарочно углублении.

По смерти Вассы Иоанн принял имя Ионы и постригся в монахи. Церковь была им окончена; против нее на столбах он построил две кельи. Псковское духовенство, соблазняясь таким оригинальным построением церкви, не хотело ее освящать. Иоанн обратился к архиепископу Феофилу. Тот согласился; и, по его благословению, была освящена сделанная в горе церковь во имя Успения Богородицы. Это случилось в 1473 году. Дементьев, открывший случайно пещеру, подарил новому монастырю землю около него под устройство. Так положено было основание этой обители. Преемник Ионы, Михаил, устроил на горе другую церковь во имя киево-печерских чудотворцев Антония и Феодосия. Но обитель, построенная на границе, вскоре была разорена ливонцами, и хотя опять восстановлена, но была бедна и незначительна. Уже после падения Пскова сначала дьяк Мисюрь, а потом знаменитый Корнилий из боярского рода, бывший там игуменом, возвысили ее. Пещеры распространились и сделались местом погребения.

Монастыри управлялись на основании общих правил, укорененных обычаем под верховною властью новгородских святителей. Не видно, чтоб в древности существовали для монастырей какие-нибудь привилегии, как впоследствии, освобождавшие их от суда и непосредственной власти владык. В грамоте митрополита Киприана (1391-1393) говорится: "монастыреве игумены и чернецы, попы, дьяконы и всяк церковный человек ти вси под властию в послушании святителю; никто же не смеет ни один крестьянин, ни мал ни велик, вступатися в тая дела. Аще ли который от тех игумен или поп, или чернец имать отиматися мирскими властелины от святителя, такового божественная правила извергают и отлучают... да елико есть монастырев, игумены да будут у него (у новгородского владыки) в покореньи и в послушании и весь чин священнический". Внутреннее управление основывалось на выборе. Игумен избирался братиею, а утверждался владыкою; а иногда избиралось несколько кандидатов и владыке предоставлялось утвердить одного из них по своему усмотрению. Кроме игумена, избирался келарь (казначей) и ключник (эконом). Несколько старцев протоиереев составляли собор или совет около игумена и назывались соборными старцами. Этому собору старцев и игумену, как председателю совета, принадлежал суд и управа над всеми живущими в обители и вне стен ее над всеми теми, которые к ней приписаны. Верховный суд и власть владыки над монастырем совершались чрез посредство посылаемых десятильников. Монастыри для владыки имели значение как бы доходных статей. Они платили ему судные пошлины и откуп (вероятно последний за право внутреннего самоуправления и расправы), сверх того владыки, как предполагалось, должны были ездить по монастырям с целью суда, и, следовательно, имели право ставить в монастырях лошадей и брать корм на себя и на свой двор. Но так как многие владыки не ездили постоянно по монастырям с этой целью.то необходимые издержки в пользу владык, в случае поездок, обратились в постоянные доходные статьи: монастыри должны были платить владыке, вместо того, чтоб содержать его в случае приезда. Но если не ездили по монастырям сами владыки, то ездили их десятильники с целью суда и получали в монастырях подводы, проводников и содержание. Таким образом выходило, что монастыри вдвойне отбывали одну и ту же повинность — издержки на судопроизводство над собою и деньгами и натурою. Сверх того, монастыри, находившиеся в самом Новегороде и в окрестностях его, служили предметом поживы для софийских попов, причта и архиепископских чиновников: когда наступал в монастыре престольный праздник, непременно звали к себе служить софийских попов и платили им за это. Некоторые ездили по монастырям только просить и назывались попрошатаи (по-прошатаи владычни люди в монастыри по волости у них просими не ездят). От таких поборов некоторые новгородские монастыри освобождались уже после падения новгородской независимости, когда вошло в обычай раздавать несудимые грамоты, составлявшие привилегии некоторых монастырей.

В древнем Новгороде и по Новгородской Земле в монастырях редко соблюдалось общинное житие; издревле оно существовало только в некоторых. Так под 1169 г. упоминается в летописи, что архиепископ Иоанн построил Бело-Николаевский монастырь, и устроил в нем общину. Как образчик общинного устройства, может служить монастырь Снетогорский, близ Пскова, о котором сохранились довольно подробные известия начала XV-ro века. Братия вносили вклады и делались членами общины. Раз внесенное уже никогда не возвращалось. В случае смерти чернеца, наследники не имели права на получение внесенного. Равным образом, если бы чернец вышел из послушания игумену и соборным старцам, и был за это изгнан— вклад его не возвращался. Одним словом, род и племя теряли всякое право на это достояние. Наказание изгнанием употреблялось только в крайнем случае; обычное наказание было — заключение в темницу. В некоторых монастырях и теперь остались в церквах чуланы, иногда совсем темные, иногда с маленьким окошечком: туда сажали провинившихся. Без разрешения игумена монахи не могли выходить из своего монастыря. Никто не мог иметь своей пищи: всем заведовали ключник и келарь; а если бы кому-нибудь понадобилось съестное или питное, келарь должен был доложить об этом игумену. Никто не должен иметь на собственный счет приобретенной одежды, а получал ее из монастырского запаса. В уставной грамоте Снетогорскому монастырю, между прочим, находится предостережение — не покупать одежд немецкого покроя. Никто не мог сказать в общинном монастыре: "это мое, а это твое". Житие в монастырской общине должно быть подобием первых христианских общин, какие существовали во времена апостольские, когда у многочисленного общества последователей Распятого Иисуса была душа едина. Игумен имел право отнять стяжание, которое монах приобрел себе, и обратить его в собственность монастыря, куда этот монах вступил. Неизвестно, в каких именно монастырях в Новгороде было общинное устройство. Быть может, оно возникало и исчезало в одних и тех же. В XVI веке при Макарий, когда в 1528 г. этот владыка убедил новгородские монастыри принять общинное устройство, оказалось, что до того времени только в некоторых монастырях была община, и именно в великих; но какие то были великие — не говорится. Между тем, в Антониевском, очень важном монастыре, который по всему должен был бы включаться в число великих, не было общины. Тогда в новгородских монастырях вообще монахов было мало: в некоторых человека по два или по три; а где семь или восемь человек, тот монастырь считался уже большим. Некоторые мужские и женские монастыри помещались в одной ограде. Однако по этим известиям XVI века нельзя вполне заключить о состоянии монастырей во времена независимости Великаго Новгорода, потому что со времени переселения должно было измениться и устройство монастырской жизни. Вообще, как кажется, новгородские монастыри не были чужды духа свободы, господствовавшего в новгородском мире. Новгородец, переходя из своего буйного города в стены обители, приносил с собою прежний нрав. Монахи часто тяготились духовным деспотизмом своих начальников и искали против них опоры у светских властей. Новгородские и псковские посадники вмешивались в монастырские дела, принимали под свое покровительство недовольных, часто с корыстною целью; от этого возникали споры у духовенства со светскими властями. Мы встречаем неоднократно указания на то, что, вопреки особности и неприкосновенности для мирян церковного управления, которое хотели незыблемо сохранить владыки, миряне оказывали такое вмешательство. К этому располагало то, что многие монастыри устроены были частными лицами; основатели домогались удерживать над ними право и передавать его своим потомкам. Из приведенной выше грамоты Киприана видно, что обращение недовольных своим начальством чернецов к светским властям случалось нередко в Новгороде, еще чаще во Пскове: там постоянное отсутствие святителя подавало мирянам повод вмешиваться в духовные дела, судить и казнить попов и чернецов. В грамоте архиепископа Симеона в Снетогорский монастырь (1416-1421) говорится: и тыя черньци да из вашего монастыря вышедше вон да подимают мирския люди и мирския судья на игумена и на старцев вашего монастыря, и тыя мирскые судья и миряне да судят вас мирским обычаем. В 1471 г. мы имеем пример суда Новгорода над духовным лицом. Великий Новгород осудил владычнего ключника, обвиняемого в растрате софийской казны. Это пример, показывающий, что вече считало себя в праве контролировать духовное ведомство в финансовых отношениях, В 1463 г. митрополит Феодосии говорит архиепископу Ионе: "никто же да не смеет ни един христианин ни мал ни велик в та дела вступатись аще ли который от тех игумен или поп или чернец, имет отиматися мирскими властелины от святителя, таковаго божественнаа и свя-щеннаа правила извергают и отлучают". Он предостерегал, чтоб посадники и тысяцкие и бояре Великого Новгорода не вступ»-лись в сел», земли и выходы и пошлины церковные. В XV веке, как кажется, особенно развился нелад между духовными и светскими властями, и уже в умах слагались понятия враждебные против неприкосновенности прав лиц и имуществ духовного ведомства. Так, в послании митрополита Филиппа к новгородскому архиепископу Ионе, 1467 года, говорится, что многие по грамотам завещали в монастыри свои имения, но посадские и тысячские и вообще новгородцы дозволяют себе неприязненные толкования и посягают на отданные в монастыри имения: "которые людие православнии, отходя сего света, помогали себе и своим душам, и писали свои грамати духовный, а подавали своя села и своя имения всоборну церковь дому святей Софии Божий Мудрости и по всем святым церквем и.по монастырем на очищение своим грехом, и на поминок единородных и бессмертных своих душ и всего роду своего... и некоторые посадници и тысятцкии, да и от Новгородцев мнози вставляют некая тщетная словеса, мудрствующе себе плотскаа, а не душевнаа и яко забывше Божиа страха и казни Его и непщуя ничтоже, ни поминающе скорбных и печалных, еже им бывшим во время се, мнящеся сами, яко безсмертни суще; да хотят грубость чинити св. Божией церкви и грабати святыа церкви и монастыри; им же си кто стяжанием бедную свою душю хотячи искупити, от вечнаго оного мучения, да отдал свое любострастное имение и села святым Божиим церквам и монастырем, измолениа ради от вечных мук и помяновении своеа душа и своего роду, и дети твои дей некотории Новогородци тех имения церковныя и села данаа хотят имати собе, а приказ и духовныя их граматы рудят, а церкви Божиа грабячи да сами тем хотят ся корыстовати."