В феврале 1469 года выехал владыка, а в октябре прислал во Псков грамоту от митрополита. Из нее видно было, что Иона жаловался на псковичей, как на непокорную свою паству. Вместе с грамотой первопрестольника русской Церкви пришло повеление и от великого князя. "Дети мои, священники и миряне-псковичи, — писал митрополит, — положите управление священническое на своего богомольца архиепископа; ваш государь, великий князь это вам повествует, и Филипп, митрополит всея Руссии, вас, сыновей своих, весь Псков благословляет. Искони дело то предано управлять святителю, и вам архиепископ шлет вместе с нашим человеком и своего, по имени Автонома, приказывает ему сказать вам тако: благословляю вас — священство и весь Псков, своих сыновей! Если святительские дела положите вы на мне, то сами увидите, как я поддержу, лучше вас, крепость церковнаго управления и священников". Псков принял благословение митрополита вместе с благословением своего владыки, принял и слово своего господина великого князя. Собралось вече; на нем были все священнослужители; они отложили все церковное и священническое управление по номоканону, 5-го января вынули из ларя положенную грамоту, составленную самовольно на основании номоканона, и разодрали ее. Один год и два с половиной месяца лежала она в ларе. И должны были псковичи отказаться от попыток управлять самобытно своей местной церковью, так как за семьдесят пять лет перед тем Новгород должен был отказаться от таких же попыток утвердить самобытность новгородской епархии и независимость ее от первенства митрополита всероссийского. После торжества своего новгородский владыка Иона так круто повернул свое управление над Псковом, что возбудил ропот, который отразился в тоне Псковской Летописи. Летопись упрекает его, что он, вопреки правилам номоканона, призывал к себе из Пскова вдовых священников и дьяконов, и, даром что прежде сам вооружался про-тив священнодействия вдовцов, теперь стал давать им позволение священнодействовать, а за то брал у них по рублю от печати (которой укреплялась позволительная грамота). Вероятно, здесь лично был виноват не сам владыка, а его должностные лица — дьяки, потому что владыка был дряхл и уже приближался ко гробу. Тем не менее, это обстоятельство послужило поводом, что личность Ионы совершенно иначе отпечатлелась в воспоминаниях новгородцев, чем у псковичей: у новгородцев он был святой муж, у псковичей сребролюбец и мздоимец. После падения независимости Новгорода, у псковичей встечаются прежние черты посягательства мирского веча на неприкосновенность духовенства. Так, в 1495 — 1496 г. получено требование от великого князя, чтобы Псков помогал ему в войне с немцами. Псковское вече, приговорив с десяти сох по одному конному человеку в рать, требовало того же с земель, находившихся во владении духовных особ; когда духовные стали сопротивляться, указывая, что по номоканону с церковной земли не следует "рубить , тогда степенные посадники, Яков Афанасьевич Брюхатый да Василий Опимахович, державли некоторых попов и дьяконов в одних рубахах на вече и даже грозили бес-чествовать их кнутом, который тогда уже и во Пскове входил в употребление.

Некоторые из личностей владык выказываются более других характерными чертами; они унесли с собой в потомство память об особенном уважении к ним народа. Таковы были из древних епископов известный своим поучением Лука, Никита и Нифонт. Никита был в начале инок печерский. Откуда он был родом — неизвестно. В Печерском монастыре он выдержал искушение от бесов, одно из самых характеристических. Сделавшись новгородским владыкой, кроме благочестивого и строгого жития, Никита прославился двумя чудесами. Было знойное лето; дождя ни капли не было. Земля была суха, как камень; былинки не выростало. Собрались новгородцы к владыке и стали просить его, чтоб он помолилися. Никита изрек им учительные словеса об исправлении жития, а потом воздвиг руки горе, — и вдруг дождь полился на землю. В другой раз было такое чудо. Сделался пожар. Сбежались люди гасить, но поднялся сильный ветер. Пламя разливалось во все стороны. Люди были в смятении, сами не зная куда деваться от угрожающего огня. Слышался плач и рыдание. Сказали об этом Никите. Никита помолился, и пламя внезапно угасло; и люди остались без вреда и прославили Бога. Никита ознаменовал себя и духовной бранью против врагов Церкви, которые в тот век должны были быть не кто другие, как сторонники язычества, еще неискорененного на севере.

Владыка Нифонт отличался своим энергическим характером, показанным тогда, когда, при избрании в сан русского митрополита Клима Смолятича без патриаршего посвящения, защищал власть константинопольского иерарха надо всей русской Церковью против возникшего стремления утвердить независимость русской Церкви самобытно и отдельно.

Память Иоанна тесно соединилась с эпохой славы Новгорода, с чудом Знамения Пресвятыя Богородицы и защитой свободы от покушения рождающегося самовластия в Восточной Руси. Как памятник его духовных подвигов, переходила в Новегороде из рода в род легенда о борьбе его с искусителем. Подражая древним аскетам, Иоанн изнурял себя молитвой и постом, запирался в узкую впадину или чуланчик, где едва мог поворотиться, и там предавался богомыслию, презирая неудобства и томления, которые претерпевала его плоть. Бес, который, как известно, всегда старается развлечь и отвлечь от молитвы благочестивых тружеников, делал ему разные споны (помехи). Был у владыки круглый медный сосуд, с двумя носками, висевший на цепи в маленькой впадине с внешней щелью для стока воды. Этот сосуд служил для владыки умывальником. Впадина затворялась дверцами от холода, проникавшего в щель. Все это и теперь показывается в Новгороде. Однажды, когда святой муж ночью стоял на молитве, бес вошел в сосуд и начал плескаться водою, чтобы перервать молитву старца праведного. Иоанн уразумел бесовские козни, подошел ко впадине и осенил крестным знамением сосуд; бесу некуда было выскочить; он пробил дыру в сосуде, но крестное знамение крепче меди: все-таки не выскочил бес и стал проситься: тяжело было отверженному духу под крестным знамением. Иоанн потребовал, чтоб он превратился в коня и свозил его в Иерусалим так скоро, чтобы в одну и ту же ночь можно было воротиться в Новгород. Велика была сила крестного знамения у праведника. Бес повиновался. Он явился в образе черного коня перед кельей Иоанна. Владыка сел на него и помчался быстрее ветра по воздушному пространству. Он прибыл в Иерусалим к церкви Воскресения. Церковные двери сами собой отворились; лампады сами собой зажглись в храме; святой поклонился гробу Христову и прочей святыне, и опять сел на своего волшебного коня, и на рассвете конь принес его в Новгород. Святой отпустил беса. "Смотри же, отче, — сказал бес — никому об этом не разсказывай! А то я тебе великую пакость сочиню!" Верно, бесовское самолюбие не могло выносить, как над ним, духом гордыни, будут смеяться и радоваться тому, что он попался впросак.

Однажды владыка был с честными игуменами и священниками на беседе и сказал: "Я знал единаго человека в Великом Новеграде, который в одну ночь был во Иерусалиме, поклонился гробу Христову и воротился назад". Хотя он и не сказал, что это был он сам, и ничего не упомянул о бесе, но лукавый и к этому придрался, и стал творить великие пакости Иоанну. Стало новгородцам представляться, будто из кельи честного архиепископа выбегает блудница; а некоторым, когда приходили они в келью владыки, воображалось то девичье монисто, то башмаки и женские одежды. Все это бес им в мечте показывал. Когда многие видели подобное, и во всем Новгороде стали думать дурно о поведении владыки, новгородское вече решилось наконец прогнать его. "Как можно — вопили новгородцы — на апостольском престоле терпеть блудника! Изгоним его!" Толпа с таким намерением бросилась ко владычному дому, а бес в это самое время в образе девицы выбежал из дома. Народ бросился в погоню, но не догнал; однако, все видели девицу, и этого казалось достаточно. Вытащили святого мужа из кельи. Напрасно он в недоумении вопил: Что это значит, дети мои? " Новгородцы поругались над владыкой и потом произнесли над ним такой приговор: посадим его на плот и пустим по Волхову; пусть выплывет из города нашего вниз по реке, куда волна занесет его". И вот владыку привели на большой (Великий) Волховский мост, подогнали к мосту плот и спустили его на плот. Бес был очень доволен. Владыка, ставши на плоту, поднял очи кверху и произнес: "Господи, не поставь новгородцам этого в грех: они сами не ведят, что творят!" Вдруг плот понесло против течения вверх по Волхову. Как только увидали новгородцы такое чудо, тотчас и догадались, что Иоанн невинен, что все виденное ими есть одно босовское мечтание. Толпа пошла к св. Софии и поручила всему освященному собору идти с крестами и образами по берегу Волхова за владыкой и просить его возвратиться на свой святительский престол. Духовенство немедленно пошло с крестами и образами; несли икону Пресвятой Богородицы. Весь Новгород — старые и малые — выбежал на берег с обеих сторон. Новгородцы кричали: "Возвратись, честный отче, великий святителю, Иване! Возвратись на престол свой, не оставь сиротами чад своих, не поминай нашего согрешения пред тобою!" Плот, на котором стоял владыка, плыл по воде тихо и торжественно в уровень с крестным ходом. Напротив выходил другой крестный ход из Юрьева монастыря, где увидали грядущего к ним владыку и спешили с честью встречать его. Какой-то юродивый известил о том архимандрита, прибежал к нему и сказал: "Скорей ступай встречать; святитель Божий Иоанн, архиепископ Ве-ликаго Новагорода и Пскова к нам плывет". Плот остановился, не доходя до Юрьева у левого берега. Духовенство и все новгородцы стали просить усерднее, слезами омывали ноги его, брали в руки концы одежды его и творили ими на себе крестное знамение. Святой был незлобив душой, простил всех и благословил всех. После того владыка отправился в Юрьев монастырь со всем духовенством, и весь народ последовал за ним. Там совершил он молебствие и воротился в Новгород с великой честью и славой. Тогда он рассказал перед всем новгородским народом от начала до конца свою дивную историю с бесом и кончил рассказ таким мудрым нравоучением: "Чада! творите всякое дело с испытанием; да не будете прельщены диаволом, чтобы не судить добродетели по зависти злобы. Тогда и сами будете повинны суду Божию; а впасть в руки Бога живаго страшно". Все новгородцы приговорили на том месте, где владыка на плоту пристал к берегу, поставить каменный крест на память грядущим поколениям. Радость была всеобщая, а бесу скорбь и безмерное пострамление.