В 1653 г. Никон собрал с этой целью духовный собор русских иерархов, архимандритов, игуменов и протопопов. Царь со своими боярами присутствовал на его заседаниях. Обратившись к собравшимся, Никон прежде всего привел грамоты вселенских патриархов на учреждение московского патриаршества (как известно, это произошло при царе Федоре Ивановиче в самом конце XVI века). Патриархи указывали в этих грамотах на некоторые отклонения в русском богослужении от тех норм, что установились в Греции и других восточных православных странах. После этого Никон сказал: «Надлежит нам исправить как можно лучше все нововведения в церковных чинах, расходящиеся с древними славянскими книгами. Я прошу решения, как поступать:, последовать ли новым московским печатным книгам, в которых от неискусных переводчиков и переписчиков находятся разные несходства и несогласия с древними греческими и славянскими списками, а прямее сказать, ошибки, — или же руководствоваться древним, греческим и славянским текстом, так как они оба представляют один и тот же чин и устав?» На этот вопрос собор дал ответ: «Достойно и праведно исправлять, сообразно старым харатейным и греческим спискам».
Никон поручил исправление книг киевскому монаху-книжнику Епифанию Славинецкому и греку Арсению. Всем монастырям было дано указание собирать старые харатейные списки и присылать их в Москву. Арсений, не жалея издержек, привез с Афона до пятисот рукописей, из которых некоторым приписывали глубокую древность. Вскоре собрали новый собор, на котором было постановлено, что отныне следует креститься тремя, а не двумя перстами, а на тех, кто крестится двумя перстами, было возложено проклятие.
Затем был издан новый служебник с исправленным текстом, тщательно сверенным с греческим. В апреле 1656 г. созвали новый собор, утвердивший все внесенные изменения. Впрочем, уже здесь явились ярые противники реформы, с которыми Никон начал непримиримую борьбу: их лишили сана и сослали. Протопоп Аввакум, самый яростный противник нововведений, был отправлен вместе с женой и семьей в Даурию. Но оказалось, что это были только первые признаки неповиновения. Когда новые богослужебные книги вместе со строгим приказом креститься тремя перстами дошли до местных священников, ропот поднялся сразу во многих местах. В самом деле, кроме того, что двоеперстие заменилось троеперстием, все богослужебные чины стали короче, причем оказались выброшенными многие песнопения и формулы, которым придавался особенный магический смысл. Литургия вся была переделана, хождение на крестных ходах установлено против солнца, имя Исус исправлено в Иисус. Подвергся правке даже текст символа веры. В то время, когда обрядовой стороне религии придавалось огромное значение, такая перемена не могла показаться пустым делом. Многие рядовые монахи и попы пришли к убеждению, что прежнюю православную веру пытаются заменить другой. Новые книги отказывались принимать к действию и служили по старым. Соловецкий монастырь, исключая немногих старцев, одним из первых воспротивился этому нововведению. Его пример придал силы противникам Никона.
Патриарх обрушил на ослушников жестокие репрессии. В ответ со всех сторон к царю пошли жалобы на своеволие и лютость патриарха, его гордыню и своекорыстие. Он мог, например, дать приказ собрать со всех церквей Московского государства 500 голов лошадей и преспокойно разослать их по своим вотчинам; он ввел новый оклад патриаршей пошлины, повысив ее до таких пределов, что, по свидетельству одного челобитчика, «татарским абызам жить гораздо лучше», помимо этого Никон требовал экстренных взносов на затеянную им постройку Нового Иерусалима и других монастырей. О его гордом и жестоком обращении с клириками, приезжавшими в Москву, ходили негодующие рассказы — для него ничего не стоило посадить священника на цепь за какую-нибудь незначительную небрежность в исполнении своих обязанностей, мучить его в тюрьме или сослать куда-нибудь на нищенскую жизнь.
Возле Алексея Михайловича также было много бояр — недругов Никона.
Они негодовали на патриарха за то, что он постоянно вмешивался в мирские дела, и твердили в один голос, что царской власти уже не слыхать, что посланцев патриарших боятся больше, чем царских, что великий государь патриарх не довольствуется уже равенством власти с великим государем царем, но стремится превысить ее, вступает во все царские дела, памяти указные и приказы от себя посылает, дела всякие без указа государя из приказов берет, многих людей обижает. Усилия недоброжелателей не остались тщетны: не ссорясь открыто с Никоном, Алексей Михайлович начал постепенно отдаляться от патриарха. По мягкости характера он долго не решался на прямое объяснение, однако на место прежней дружбы пришли натянутость и холодность.
Летом 1658 г. наступила уже явная размолвка — царь несколько раз не пригласил патриарха на придворные праздники и сам не присутствовал на его богослужениях. Потом он послал к нему своего спальника князя Ромодановского с повелением, чтобы Никон больше не писался великим государем.
Уязвленный этим Никон отрекся от патриаршей кафедры, вероятно, рассчитывая. что кроткий и набожный царь испугается и поспешит примириться с первосвятителем. Отслужив литургию в Успенском соборе, он снял с себя мантию и ушел пешком на подворье Воскресенского монастыря. Там он пробыл два дня, быть может ожидая, что царь позовет его или захочет с ним объясниться, но Алексей хранил молчание. Тогда Никон, будто забыв о патриаршестве, стал деятельно заниматься каменными постройками в Воскресенском монастыре: копал пруды, разводил рыбу, строил мельницы, рассаживал сады и расчищал леса, во всем показывая пример рабочим и трудясь наравне с ними.
С отъездом Никона в Русской Церкви наступила смута. Вместо ушедшего со своего престола патриарха следовало избрать нового. Но поведение Никона не допускало этого. По прошествии некоторого времени он уже раскаивался в своем поспешном удалении и опять стал предъявлять претензии на патриаршество. «Я оставил святейший престол в Москве своею волею, — говорил он, — московским не зовусь и никогда зваться не буду; но патриаршества я не оставлял, и благодать Святого Духа от меня не отнята». Эти заявления Никона сильно смутили царя и должны были смутить многих, даже и не врагов Никона: теперь нельзя было приступить к избранию нового патриарха, не решив вопроса: в каком отношении он будет находиться к старому? Для рассмотрения этой проблемы в 1660 г. был созван собор русского духовенства. Большинство архиереев были против Никона и постановили лишить его сана, но меньшинство доказывало, что поместный собор не имеет такой власти над патриархом. Царь Алексей согласился с доводами меньшинства, и Никон сохранил сан. Но это так запутало дело, что оно могло быть разрешено только международным советом.
В начале 1666 г. в Москве собрался «великий собор», на котором присутствовало два греческих патриарха (Александрийский и Антиохийский) и 30 архиереев, русских и греческих, от всех главных церквей православного востока.
Суд над Никоном длился более полугода. Собор сначала ознакомился с делом в его отсутствие. Затем призвали самого Никона, чтобы выслушать его объяснения и оправдания. Никон сначала не хотел являться на судилище, не признавая над собой власти александрийского и антиохийского патриархов, потом, в декабре 1666 г., все же приехал в Москву, но держал себя гордо и неуступчиво: вступал в споры с обвинителями и самим царем, который в слезах и волнении жаловался собору на многолетние провинности патриарха. Собор единогласно осудил Никона, лишил его патриаршего сана и священства. Обращенный в простого инока, он был сослан в Ферапонтов монастырь близ Белого озера.
Здесь его несколько лет содержали с большой строгостью, почти как узника, но в 1671 г. Алексей велел снять стражу и позволил Никону жить без всякого стеснения. Тогда Никон отчасти примирился со своей судьбой, принимал от царя содержание и подарки, завел собственное хозяйство, читал книги и лечил больных. С годами он стал постепенно слабеть умом и телом, его стали занимать мелкие дрязги: он ссорился с монахами, постоянно был недоволен, ругался без толку и писал царю доносы. После смерти в 1676 г. Алексея Михайловича положение Никона ухудшилось — его перевели в Кирилле-Белозерский монастырь под надзор двух старцев, которые должны были постоянно жить с ним в келий и никого к нему не пускать. Только в 1681 г., уже тяжелобольного и дряхлого, Никона выпустили из заточения. По дороге в Москву на берегу Которосли он умер. Тело его привезли в Воскресенский монастырь и там похоронили. Царь Федор Алексеевич присутствовал при этом.
