Денис Хоппер сыграл военного фоторепортёра, прообразом которого послужил легендарный фотограф Тим Пэйдж, свидетель вьетнамской войны. В «Апокалипсисе» репортёр цитирует поэмы Т. С. Элиота и Р. Киплинга.

Картину снимали на Филиппинах. Президент Маркос обеспечил группу боевыми вертолётами. В это время его армия сражалась с повстанцами, и пилотов то и дело отзывали на фронт. Съёмочную группу преследовали неприятности. Декорации империи Куртца, стоившие миллион долларов, были разрушены тайфуном, пронёсшимся над архипелагом в мае 1976 года. Работу пришлось прервать на несколько месяцев.

На съёмках «Апокалипсиса» было как во Вьетнаме, — всё делалось на виду и все принимали в этом участие. Сэм Боттомс открыто употреблял ЛСД, марихуану. Мартин Шин часто напивался. Во время съёмок эпизода, где его герой Уиллард в одиночку накачивается алкоголем в номере гостиницы, Мартин был действительно пьян. Он разбил зеркало и порезал себе руку, после чего с криком набросился на Копполу.

Всё закончилось тем, что Мартин Шин слёг в больницу с инфарктом. По мере возможности его подменяли дублёром — в этой роли часто выступал брат Мартина.

Самого Копполу постиг нервный срыв. Он позволил себе многое, чего не позволял прежде: выкуривал огромное количество сигарет, употреблял марихуану.

Режиссёр был до крайности истощён не только морально, но и физически. Спасать Фрэнсиса Форда прилетела его жена Элеонора (кстати, она сняла документальный фильм о постановке «Апокалипсиса…», получивший приз на одном из фестивалей).

Исполнитель небольшой роли Куртца Марлон Брандо получил аванс миллион долларов. Коппола надеялся, что кинозвезда прочитает повесть Конрада, подготовит роль и прибудет на Филиппины в полной готовности.

На съёмки актёр опоздал. К ужасу режиссёра, Марлон имел слабое представление о своём герое, к тому же приехал сильно пополневшим — он весил 123 килограмма, а в повести Конрада полковник — высокий и поджарый.

В свою очередь, Марлон Брандо вспоминал, что, прилетев на съёмки, застал режиссёра в подавленном состоянии: Коппола рассорился с оператором, не знал, как выстроить фильм, считал, что сценарий ужасен. Брандо решил вернуть его к роману Конрада. В сценарии роль Уолтера Куртца состояла из тридцати страниц сплошных диалогов, в романе — это был образ почти мифологический. Коппола пошёл навстречу предложениям Брандо. На экране возник герой, символизирующий всю ирреальность кошмара, который принесла вьетнамская война.

«Апокалипсис сегодня» начинается с потрясающих кадров, ставших как бы олицетворением безумия и ужаса войны. Эскадрилья американских вертолётов сжигает напалмом мирную вьетнамскую деревню… Под грозные звуки «Полёта валькирий» из вагнеровской оперы о Нибелунгах обезумевшие лётчики гоняются даже за женщинами и детьми, упиваясь убийством, ужасом, смертью.

Критики отмечали режиссёрскую экспрессию в показе ужасов войны — она достигается и выразительностью, размахом съёмок и монтажом, и многоканальной стереофонией с использованием новейших достижений кинотехники. Копполе удалось показать весь ужас адских бомбёжек, смертоносного огня.

«Я не мог нормально разговаривать во время батальных сцен: всё вокруг стреляло, стрекотало, гудело, — вспоминает Коппола. — Я так решил для себя: всё, что я испытал на съёмках, я должен передать в своём фильме. Ведь во Вьетнаме, наверное, было ещё хуже. Поэтому я и оставил всё так, как снималось, до того места, где Марлон Брандо в роли полковника Куртца начинает изливать свою душу. Я мог бы снять обычную человеческую драму, что мне было бы ближе и проще. Но я принял другое решение. Я считал своим долгом показать на эмоциональном уровне, какой была война во Вьетнаме. А это означало — гул, беспрерывный гул вертолётов, стрельба, репродукторы, гремящий рок-н-ролл, наркотический бред…»

Здесь уместно процитировать записи из дневника Элеоноры Копполы. Она, например, отмечала, что Фрэнсис «не может продолжать снимать по сценарию Милиуса, потому что он не выражает его идей». По поводу второстепенных персонажей у Копполы полная ясность, а вот образы Куртца и Уилларда никак не находят своего решения.

Любопытна запись от 8 сентября 1976 года: «Он только что понял, что нет простого решения. Точно так же как нет однозначного ответа на вопрос, почему мы были во Вьетнаме. Всякий раз, когда он пытается извлечь из сценария подспудный смысл, он сталкивается с неразрешимым противоречием, поскольку война есть противоречие. И сам человек соткан из противоречий. Если бы мы только могли принять правду о нас самих и найти равновесие между противоречиями, любовью и ненавистью, миром и насилием, которые существуют внутри нас…»

Говорят, что финальный монолог Марлона Брандо длился 45 минут. Но Коппола считал, что с таким персонажем, как Куртц, нужно особое обхождение. Куртц — почти иллюзия. Образ полковника держится исключительно на загадочности. Поэтому в «Апокалипсисе» Куртц не появляется при свете дня. Он то в полной тьме, то едва освещён мерцающим огнём факелов. Он всегда наполовину скрыт, всегда на границе мрака и света. И в этом — характеристика не только самого полковника, но и той идеи, выразителем которой он выступает. Ведь последние слова Куртца те же, что и у персонажа Конрада: «Ужас! Ужас!..»

Этот ужас и есть главная его «идея», но это ещё и атмосфера, в которой он действовал. Кадры куртцевской «империи» в фильме Копполы способны вызвать у зрителя шок. Повсюду на шестах — отрубленные человеческие головы, а на деревьях скорчились подвешенные заживо или умершие от мук люди. Куртцевский дворец и его «империя» — царство ужаса, воплощение геноцида.

К концу работы режиссёр забрёл в смысловой тупик. Он не знал, чем закончить фильм. На помощь пришла Элеонора, рассказавшая, как одно из племён во время ритуала приносит в жертву животное. Сцена убийства Уиллардом полковника Куртца, показанная параллельно с убийством быка, стала одной из самых впечатляющих в фильме Копполы.

Киноэкспедиция на Филиппины была рассчитана на шесть недель, а заняла шестнадцать месяцев. Миллионы, выделенные студией «Юнайтед артистс», быстро закончились, и Копполе пришлось использовать свои доходы от «Крёстного отца», а потом занять немалые суммы под заклад своего имущества. Бюджет фильма составил около 32 миллионов долларов.

Съёмки были завершены в августе 1977 года. Коппола получил в своё распоряжение рабочий материал на 200 часов. Монтаж и озвучание заняли около трёх лет.

Изнурительную работу над фильмом «Апокалипсис сегодня» Фрэнсис Форд Коппола завершил к Каннскому фестивалю, в мае 1979 года. К этому времени вышли десятки статей, объявлявших фильм катастрофой, а Копполу сумасшедшим.

Многим картина показалась слишком мрачной, усложнённой, неясной по мысли. Тем не менее «Апокалипсис сегодня» получил «Золотую пальмовую ветвь». На пресс-конференции Коппола предупредил критиков, что привезённая им в Канн редакция не является окончательной и что он ещё не решил, как завершит картину. В первом варианте Уиллард, убив Куртца, выходил навстречу огромной толпе туземцев. Убийство совершается на фоне пышного празднества в тропических зарослях, с танцами, музыкой. Празднества, превратившегося в апофеоз убийцы. На пороге дома Уиллард останавливался, как бы раздумывая, что же делать дальше. А толпа становилась на колени перед ним, как перед новым повелителем. Уиллард же стоит в оцепенении, ибо безумие Куртца овладело им.

Однако такая концовка вызывала неудовлетворённость и сомнения Копполы. Зрители также были разочарованы крайне странным, с их точки зрения, завершением фильма.

На Московский кинофестиваль в августе 1979 года режиссёр привёз «Апокалипсис сегодня» с другим финалом. Выходя из дома Куртца, Уиллард на несколько секунд задерживается на пороге, а затем, отбросив в сторону окровавленный нож, спускается к реке, где он оставил свой катер. Стоящие на его пути люди тоже бросают оружие. Уиллард отказывается стать новым богом секты безумцев. «Мы дали Уилларду возможность уйти», — скажет Коппола корреспондентам в Москве.