Однако остановить врага не удалось. В течение 3 недель противник, используя превосходство в танках и авиации, продвинулся на северо-западном направлении до 500 км, на западном — до 550 км и на юго-западном — до 300—350 км. Враг оккупировал территорию Латвии, Литвы, значительную часть Украины, Белоруссии и Молдавии. В районе западнее Минска врагу удалось окружить часть войск Западного фронта, которые в последующем прорывались на восток. Над Советским Союзом нависла смертельная опасность. Под угрозой оказались завоевания Великой Октябрьской социалистической революции, свобода и независимость народов СССР. 22 июня Коммунистическая партия и Советское правительство в своём обращении призвали народ дать отпор агрессору и выразили твёрдую уверенность в победе над врагом. 22 июня Президиум Верховного Совета СССР издал указы о мобилизации с 23 июня военнообязанных 1905—18 гг. рождения и о введении военного положения в ряде западных областей страны.
Несмотря на тяжёлую обстановку, советские воины на фронте и советские люди в тылу не пали духом. Все народы Советского Союза, воспитанные Коммунистической партией в духе патриотизма, интернационализма и ненависти к фашизму, поднялись на защиту социалистической Родины. Мобилизация проходила в обстановке величайшего патриотического подъёма; к 1 июля было мобилизовано 5,3 млн. чел. Создавалось народное ополчение (см. Народное ополчение в Великой Отечественной войне 1941—45 ). Население поднялось на защиту своих городов от ударов вражеской авиации, активно участвуя в рядах местной ПВО. Советские люди ещё теснее сплотились вокруг Коммунистической партии и по её призыву превратили страну в единый боевой лагерь.
Историческая заслуга Коммунистической партии состоит в том, что в необычайно тяжёлых условиях первых месяцев войны она воодушевила советский народ и сумела обеспечить перестройку страны на военный лад. Большое значение имела директива СНК СССР и ЦК ВКП (б) от 29 июня партийным и советским организациям прифронтовых областей, изложенная в выступлении по радио (3 июля 1941) секретаря ЦК ВКП (б) и председателя СНК СССР И. В. Сталина. Директива стала программой борьбы советского народа против немецко-фашистских захватчиков. Она требовала мобилизовать все силы на разгром врага. Партия призывала советских воинов отстаивать каждую пядь земли, драться до последней капли крови за советские города и сёла, а партийные и советские организации — обеспечить всестороннюю помощь действующей армии путём организованного проведения мобилизации, чёткого и бесперебойного снабжения, быстрого продвижения эшелонов на транспорте и т.д. В районах, временно захваченных фашистами, народ призывался организовывать партизанские отряды и создавать невыносимую для оккупантов обстановку. 30 июня 1941 был образован чрезвычайный орган — Государственный комитет обороны (ГКО) под председательством И. В. Сталина. ГКО сосредоточил в своих руках всю полноту власти в государстве с целью объединения усилий фронта и тыла для победы над врагом. 23 июня был введён в действие мобилизационный план по производству боеприпасов. 30 июня был утвержден мобилизационный народно-хозяйственный план на 3-й квартал 1941.
В связи с угрозой важным экономическим районам на западе и юге страны потребовалось немедленно переместить крупные промышленные предприятия на В. (на Урал, в Сибирь и Поволжье) и превратить его в основную военно-экономическую базу СССР. 24 июня был образован Совет по эвакуации, ведавший перемещением предприятий, учреждений, учебных заведений, людей, материалов и государственных ценностей в глубокий тыл; при наркоматах и ведомствах созданы специальные бюро и комиссии и выделены уполномоченные по каждой группе предприятий. На местах эвакуацией руководили республиканские, областные, городские и районные партийные и советские органы. В восточные районы страны в июле — ноябре 1941 было перебазировано 1523 промышленных предприятия, в том числе 1360 крупных, преимущественно военных. Из них в районах Поволжья разместилось 226, на Урале — 667, в Западной Сибири — 244, в Восточной Сибири — 78, в Казахстане и Средней Азии — 308. Всего в 1941 было эвакуировано по ж. д. около 1,5 млн. вагонов грузов. К концу 1941 многие эвакуированные в тыл предприятия возобновили работу на нужды фронта. 16 августа СНК СССР и ЦК ВКП (б) одобрили военно-хозяйственный план на 4-й квартал 1941 и на 1942 для районов Поволжья, Урала, Западной Сибири, Казахстана и Средней Азии.
Плановая социалистическая система хозяйства дала возможность за счёт перераспределения производственных мощностей и запасов сырья резко увеличить выпуск вооружения и боевой техники, приступить к массовому производству их новых образцов. Вместе с тем для перестройки народного хозяйства на военный лад требовалось время, тем более что этот процесс был осложнён массовой эвакуацией предприятий. Поэтому в 1941 — начале 1942, когда военное производство ещё не получило полного развития, ощущался острый недостаток вооружения и боевой техники.
Особое внимание Коммунистическая партия уделяла улучшению политико-воспитательной работы в войсках. ЦК ВКП (б) 27 и 29 июня принял решения о дополнительной мобилизации на фронт коммунистов и комсомольцев. За первые 3 месяца свыше 95 тыс. коммунистов и комсомольцев ушли на фронт политбойцами. Для укрепления рядов политсостава было мобилизовано 47 тыс. руководящих партийных, советских, профсоюзных и комсомольских работников. Всего в ряды Вооруженных Сил за первые полгода войны влилось свыше 1100 тыс. коммунистов. 16 июля 1941 Президиум Верховного Совета СССР издал указ о реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Красной Армии, который с 20 июля был распространён на ВМФ. Были созданы политические управления и отделы в объединениях и соединениях; в полках, дивизиях, корпусах, штабах, военно-учебных заведениях и учреждениях вводились должности военных комиссаров, а в ротах, батареях и эскадронах — политруков. К концу года должности военных комиссаров были введены в батальонах и дивизионах. Комиссары и политруки вместе с партийными и комсомольскими организациями вели большую политическую работу, воодушевляя воинов на борьбу с фашистскими захватчиками. Часто в тяжёлой обстановке боя личным примером храбрости они увлекали бойцов на ратные подвиги. В частях был введён институт назначаемых парторгов вместо избиравшихся секретарей партийных организаций. Коммунисты и комсомольцы являлись той силой, которая сплачивала личный состав частей и соединений в тяжёлых боях. Для пополнения рядов партии были значительно облегчены для фронтовиков условия приёма в партию и упрощён его порядок. Если за первое полугодие 1941 было принято в кандидаты партии 27 тыс. чел., то во втором полугодии — 126,6 тыс. чел. К концу 1941 в Вооруженных Силах насчитывалось 1,3 млн. коммунистов и 1,7 млн. комсомольцев.
В тылу страны широко развернулось формирование новых соединений. С 22 июня по 1 декабря 1941 в действующую армию были направлены 291 дивизия и 94 бригады: из внутренних военных округов — 70 дивизий, с Дальнего Востока, из Закавказья и Средней Азии — 27, вновь сформированных — 194 дивизии и 94 бригады. 1 октября 1941 было введено всеобщее обязательное обучение населения военному делу (всевобуч), которым за годы войны было охвачено свыше 9,8 млн. чел.
Ещё 23 июня для стратегического руководства Вооруженными Силами создаётся Ставка Главного командования (председатель С. К. Тимошенко). 10 июля она преобразуется в Ставку Верховного командования, в состав которой первоначально вошли И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов, С. К. Тимошенко, С. М. Буденный, К. Е. Ворошилов, Б. М. Шапошников, Г. К. Жуков. 19 июля И. В. Сталин назначается народным комиссаром обороны, а 8 августа — Верховным главнокомандующим Вооруженными Силами СССР. С этого времени Ставка стала именоваться Ставкой Верховного Главнокомандования (СВГК). В основу работы Ставки был положен ленинский принцип жёсткой централизации управления Вооруженными Силами в сочетании с коллегиальностью при выработке решений и строгой персональной ответственностью при проведении этих решений в жизнь. Все важнейшие стратегические решения принимались на заседаниях Ставки с участием главнокомандующих видами Вооруженных Сил, командующих родами войск, командующих и членов военных советов соответствующих фронтов и др. ответственных лиц. Ставка планировала действия армии и флота и повседневно их контролировала, вносила необходимые уточнения в задачи в ходе операций, ставила им новые задачи, восстанавливала нарушенное взаимодействие, влияла на ход операций вводом в сражение своих резервов и перегруппировками войск. Координацию действий фронтов на местах осуществляли представители Ставки. Деятельность СВГК в вопросах боевого использования видов Вооруженных Сил, родов войск и специальных войск, оперативного управления войсками, их материально-технического обеспечения, формирования новых частей, соединений и объединений обеспечивал Наркомат обороны и его важнейший орган — Генеральный штаб , который являлся основным рабочим органом Ставки. Начальниками Генерального штаба во время войны были: Г. К. Жуков (до июля 1941), Б. М. Шапошников (июль 1941 — май 1942), А. М. Василевский (май 1942 — февраль 1945), А. И. Антонов (с февраля 1945). Для координации действий фронтов и флотов и объединения усилий войск на основных стратегических направлениях 10 июля были созданы три Главных командования: северо-западного направления (расформировано 29 августа 1941), западного направления (существовало до 11 сентября 1941, было восстановлено 1 февраля 1942, расформировано 3 мая 1942) и юго-западного направления (расформировано 21 июня 1942) во главе (соответственно) с Маршалами Советского Союза К. Е. Ворошиловым, С. К. Тимошенко (с 1 февраля 1942 генерал армии Г. К. Жуков) и С. М. Буденным (с 13 сентября 1941 С. К. Тимошенко).
