Первое столкновение Раймунда с церковью произошло через несколько недель после его воцарения. Он построил каменный замок Мирпитура на земле, принадлежавшей аббату Сен-Жиль. На протесты аббата было отвечено насилием, а обращение того к Папе привело к гневной отповеди из Рима, угрожавшей графу отлучением от Церкви. Этот конфликт показал, как трудно было отделить светское от духовного в управлении средневековым государством. Аббатство Сен-Жиль долгое время пользовалось особой защитой папства; но своим благополучием и большей частью своих земель оно было обязано предкам Раймунда. Их мотивы были лишь отчасти духовными. Аббатство стояло в наиболее уязвимой части владений графа, недалеко от великой водной артерий Роны и Домициевой дороги, а также рядом с мятежными мелкими сеньорами западного Прованса, которые неоднократно посягали на контроль графа над его богатейшими владениями. В таких обстоятельствах владелец не расставался с землей, отдавая ее монастырю, а передавал ее на хранение общине, которая, как он ожидал, будет следить за его интересами. Ни один граф Тулузы не мог принять духовные теории, которым едва исполнилось столетие и с помощью которых Церковь пыталась освободить себя от этих слабо определенных обязательств. Из этих семян выросло большинство споров Раймунда с духовенством: захват им укрепленного собора Родеза, присвоение двух замков, принадлежавших епископу Карпантра, изгнание епископа Ажена из города, заключение в тюрьму епископа Везона и аббата Монтобана, постоянные ссоры почти с каждым церковным землевладельцем по поводу полей, деревень и виноградников, право собственности на которые оспаривалось или границы которых были неопределенны. Конфликт Раймунда с аббатом Сен-Жиль не был прерван угрозами из Рима, и в 1196 году он подвергся первому из многочисленных отлучений от Церкви. Хотя оно было снято в 1198 году, покорность Раймунда не завершила этого дела. Неоднократные жалобы Папы и аббата Сен-Жиль показали, что Раймунд вслед за своими предками ставил сохранение своей власти выше духовного благополучия.
Целестин III не дожил до того момента, когда его повеления были попраны. Девяностодвухлетний Папа умер в Риме 8 января 1198 года, и в тот же день кардиналы собрались в развалинах дворца Септимия Севера, чтобы избрать его преемником тридцатисемилетнего юриста-каноника. Лотарио де Сегни, принявший имя Иннокентий III, был, вероятно, самым могущественным и, безусловно, самым впечатляющим из всех средневековых Пап. Он происходил из мелкой знати римской Кампаньи, что ставило его вровень с катарской знатью Лангедока. Но симпатии, которые он мог бы испытывать к ним, были невозможны после его юридического образования в Болонье, где зародились теории реформированного папства. Скромность условных формул, с помощью которых он объявил миру о своем избрании, лишь ненадолго скрыла его авторитарную натуру. Иннокентий имел возвышенное представление о полномочиях своей должности. Он был призван "царствовать над королями с престола славы". Он был первым Папой, который использовал титул "наместник Христа". В молодости Иннокентий написал несколько трактатов о духовной жизни, и его чувствительность к духовным вопросам сохранилась до избрания на папский престол; он дружил с первыми францисканцами, несмотря на враждебность к ним епископов; даже его отношение к еретикам показывает некоторое понимание того, что Церковь не может удовлетворить духовные стремления ортодоксальными альтернативами. Однако по своему характеру он был политиком и юристом, и если ему были свойственны автократические манеры политика, то он также был приверженцем процедурных формальностей и конституционных тонкостей.
Иннокентий верил, что князьям вручен меч Божий для отмщения Его гнева. Если они не воспользуются им или, что еще хуже, обратят его против Церкви Божьей, они могут быть обличены и в конечном итоге уничтожены. При его твердых взглядах на единство Церкви, он не мог быть равнодушным к распространению ереси в Лангедоке. Упоминания в его письмах "ненавистной чумы", "распространяющейся раковой опухоли" или "мерзких волков среди стада Господня" свидетельствуют о фанатичной, даже истеричной ненависти к ереси. Но письма Иннокентия были манифестами; использование им звучных библейских выражений было показателем их публичного характера, а также естественным инстинктом того, чье образование научило его мыслить фразами из Писания. Действия Иннокентия были более сдержанными, чем его слова. У него было чувство меры, здравая политическая мудрость, которой часто не хватало его легатам на местах, увлеченным быстрой чередой событий. Его юридическое образование постоянно напоминало ему о судебных процедурах и убедительных доказательствах, которые требовались для того, чтобы лишить сана некомпетентного епископа или свергнуть еретического князя. Энтузиазм, с которым крестоносцы избавлялись от своих врагов без суда и следствия, вызывал у Иннокентия огорчение, которое отнюдь не было лицемерным. Не раз он указывал своим легатам, что Раймунд VI никогда не был уличен как еретик, и по этой причине он решительно возражал против их попыток поставить на его место другого. Но фанатизм крестоносцев был так же мало понятен Иннокентию, как и фанатизм еретиков. Он дав волю войне и не мог контролировать разрушения, которые последовали за этим.
Иннокентию впервые пришлось познать разочарование от быстро меняющейся ситуации на расстоянии месяца пути от его резиденции. Будучи одним из тех людей, которые хотели бы сами заниматься каждой деталью сложного администрирования, он был раздражен необходимостью полагаться на легатов, и его первые назначения были неудачными. В апреле 1198 года он назначил итальянца Раньеро да Понца, мягкого цистерцианца, некогда ученика и друга странного калабрийского мистика Иоахима Флорского. У Раньеро не было ни времени, ни интереса для выполнения этой задачи, которую он должен был совместить с важной дипломатической миссией при испанском и португальском дворах. Он не раз выражал желание покончить с церковной политикой и вернуться в мир своей обители. Единственным его достижением за два года стало принятие отставки немощного и недееспособного епископа Каркассона. Несомненно, именно он был ответственен за официальную доктрину Рима, согласно которой решение проблемы катаров заключалось в смещении с поста архиепископа Нарбонского, поскольку тщательное расследование пороков архиепископа было главной задачей, которую Иннокентий поручил своему следующему легату, кардиналу Джованни Сен-Приск. Джованни прибыл в Монпелье осенью 1200 года, но его деятельность в Лангедоке не оставила следов, и он поспешил вернулся в Рим в следующем году.
Затем последовали три года бездействия, в течение которых южное дворянство предсказуемо не откликнулась на обещание индульгенций от Рима за изгнание еретиков из их земель. Только летом 1203 года Иннокентий нашел в лице Пьера де Кастельно легата, способного решить эту проблему. Пьер был монахом аббатства Фонфруад, расположенного недалеко от Нарбона. Он был богословом и каноническим юристом, способным и энергичным, но со всей узостью взглядов, которую предполагало его происхождение. Он был цистерцианцем, как и все его предшественники, но в отличие от них у него было преимущество — он был человеком с Юга, родившимся в плоской, поросшей виноградом стране к северу от Монпелье, которая на протяжении всей его жизни оставалась оплотом католицизма на Юге. Другой монах из Фонфруада, некто Ральф, получил назначение вместе с Пьером в качестве солегата, но он редко выходил из тени своего властного коллеги. Более мощное подкрепление пришло в следующем году с назначением третьего легата, Арно-Амори, аббата Сито. Арно-Амори также был южанином и до избрания на высший пост своего ордена был аббатом Грансельве и филиала Фонфруада в Поблете, Каталония. Из всех церковников, участвовавших в Альбигойском крестовом походе, Арно-Амори был ближе всего к фанатизму. Ему было сподручнее вести 40.000 человек на поле битвы при Лас-Навас-де-Толоса, чем заниматься тяжелой, часто не приносящей удовлетворения работой по обращению катаров. Сдержанность, которую налагал на него статус легата и священника, стесняла его. Иннокентий поручил ему миссию, и он сделал все возможное, чтобы ее выполнить. Но сердце его не лежало к этому, пока крестовый поход не предоставил ему возможность для решительных действий, которые пришлись ему по вкусу. "Убейте их всех; Бог узнает своих", — возможно, Арно-Амори не произносил эту фразу, но она полностью раскрывает характер человека, который больше, чем Святой Доминик, заслуживает звания отца инквизиции.
