Наиболее действенной силой народного протеста в Сибири были служилые люди. Подобно казачеству в крестьянских войнах на территории Европейской России, они выполняли организующую роль в развернувшейся за Уралом в XVII в. социальной борьбе. В служилой среде, как уже отмечалось, стойко держались порядки казачьего самоуправления, длительное время сосуществовавшие с порядками официального воинского устройства. Народные волнения выдвигали казачьи традиции на первое место и содействовали их распространению среди всех слоев русского населения. Случалось, что наряду со служилыми посадские люди и крестьяне для решения своих дел во время восстаний также собирались в «круги», по-казацки называя друг друга «атаманами-молодцами».

Помимо стремления к ликвидации воеводского гнета, народные движения Сибири пронизывала другая идея — бегства на новые земли, чтобы быть там неподвластным царской администрации, «заводить Дон». Замышляя подобное, заговорщики обращали свои взоры даже «за море», на «острова» Тихого океана, показывая тем самым, что географические познания сибиряков в XVII в. были более широкими, чем можно себе представить.

Стремление бежать на свободные от воевод и «приказных людей» земли стало особенно заметным при достижении русскими Приамурья. В 1655 г. на Амур отправились восставшие жители Верхоленского острога. В 1665 г., убив воеводу Лаврентия Обухова, на Амур ушли жители Илимского уезда во главе с Никифором Черниговским (они укрепились там в Албазине, сохранили самоуправление до 1674 г., получив в конце концов прощение от властей).

Подобные побеги происходили и позднее. Так, в 1685–1686 гг. большая группа служилых людей и крестьян бежала из Красноярского уезда в «Киргизскую землю», еще не входившую в то время в состав России.

Идея ухода на «вольные» земли была особенно близка старообрядцам. Они все чаще находили себе убежище от преследования властей в сибирской глуши, но нередко выражали свой протест более решительно, активно агитируя население за «старую веру». С 70 — 80-х гг. начались массовые самосожжения раскольников, приведшие к гибели сотен людей. Такие «гари» происходили в Тобольском, Тюменском, Томском, Енисейском, Красноярском уездах. По словам А. А. Преображенского, они явились не только проявлением религиозного фанатизма, но и свидетельством «силы сопротивления трудящихся масс угнетательской политике господствующего класса».

В той или иной степени волнениями была охвачена почти вся территория, заселенная русскими людьми. Наиболее же сильные народные движения происходили в наиболее удаленных районах русской земледельческой колонизации, прежде всего в Восточной Сибири. Несмотря на отдельные попытки восставших действовать согласованно с жителями соседних городов и острогов, разделявшие их огромные расстояния оказались главным препятствием к объединению в этой борьбе. Ослабляли ее и соглашательские настроения служилой и посадской верхушки, стремившейся захватить руководство восстаниями и ограничить их цели. Тем не менее сложившейся в Сибири системе феодального гнета были в XVII в. нанесены чувствительные удары.

В 1626 г. вспыхнуло восстание в Енисейском остроге. Служилые люди «драли за бороду» и едва не убили воеводу А. Ошанина. После произошедшего затем примирения сторон он обещал больше «жесточи не чинить».

В том же году крестьяне Ницынской слободы убили своего «приказчика».

В 1637–1638 и 1648 гг. происходили крупные волнения в Томске, перекинувшиеся на соседние Кузнецк и Нарым. Восставшие взяли власть в свои руки, объявили борьбу с хлебной спекуляцией, разгромили дворы воеводских сторонников из числа зажиточных служилых людей.

Особенно сильными были народные движения конца XVII в. В 1692 г. крестьяне Бирюльской слободы «отказали» «приказчику» П. Халецкому и арестовали его сторонников, вернули себе отнятое им ранее имущество, уничтожили долговые расписки и выбрали приказчика из своей среды. Иркутские власти перевели Халецкого в Чечуйский острог, но там тоже вспыхнуло восстание и незадачливый управитель был убит.

Одно из самых крупных и длительных восстаний началось в 1695 г. в Красноярске. Оно продолжалось фактически до 1700 г., сопровождалось многочисленными «кругами», «думами» и «советами» служилых людей, поддержанных почти всем населением. Восставшие «отказали» трем сменявшим друг друга воеводам, конфисковали их имущество, организовали собственное управление, «осаждали» воевод с их немногочисленными сторонниками во внутренней крепости.

В 1695 г. восстали служилые люди под Нерчинском. Они арестовали воеводу и передали власть двум выборным представителям.

В 1696 г. волнения охватили Прибайкалье и Забайкалье. Объединенный отряд забайкальцев даже пытался, переплыв Байкал, захватить Иркутск, крупнейший город и сильнейшую крепость Восточной Сибири, а на обратном пути разорил заимки местных богатеев. В Иркутске же события приняли несколько необычный оборот. «Отказав» ненавистному воеводе Савёлову, служилая верхушка провозгласила новым воеводой ребенка — малолетнего сына посланного на смену Савёлову С. Пол-тева, умершего по дороге. В «товарищи» к новому «воеводе» приставили избранного всем «миром» служилого И. Перфильева, который и возглавил управление городом до прибытия нового воеводы в 1698 г.

Широкий размах в 1696 г. приняло восстание в Илимске, где против воеводы Б. Челищева поднялось все уездное и городское население во главе со служилыми людьми. Тесно связанный с винокурами правитель был свергнут, все винокурни уничтожены, а хлебные запасы розданы нуждающимся.

В Сибири XVII в. выступления русского и коренного населения чаще всего протекали отдельно друг от друга. Более того, во время восстаний «иноземцев» жертвами вооруженных нападений становились и ни в чем не повинные крестьяне и посадские люди. Однако с течением времени все большую силу набирало стремление эксплуатируемых слоев всех населявших Сибирь народов объединиться в борьбе с феодальным гнетом. С другой стороны, происходит смыкание интересов верхушки ясачного населения и царской администрации. Совместные вооруженные выступления русских переселенцев и сибирских «иноземцев» были хотя и нечастым, но весьма показательным явлением и далеко не единственным свидетельством начала осознавания ими общности своих судеб. Примечательно, что объединение русских с представителями местных народов в борьбе против общих угнетателей отмечено уже в конце XVI в. в вотчинах Строгановых, служивших исходной базой для переселения в Сибирь.

В XVII в. и за Уралом ясачные люди не оставались безучастными наблюдателями разворачивавшейся на их глазах социальной борьбы и в той или иной степени подключались к ней. Например, во время Томского восстания 1648 г. служилых и посадских людей поддержали не только уездные крестьяне, но и часть местных «остяков». В 1658 г. во время восстания против «приказчика» Братского острога И. Похабова было составлено совместное «челобитье» русских крестьян и бурят. В Якутии в 1681–1682 гг. в движении против воеводского произвола наряду с русскими приняли участие якуты. Коренное сибирское население энергично поддержало восставших и во время красноярских и забайкальских событий 1695–1698 гг. Там ясачные люди вместе с русскими повстанцами осаждали крепости, участвовали в изгнании и аресте представителей царской администрации, объявляя при этом всенародно о своих «обидах».

Восставшим, разумеется, не всегда удавалось привлечь «иноземцев» на свою сторону. Однако со временем объединение русского и коренного населения Сибири для противодействия феодальному гнету приобретало все более частый, серьезный и тесный характер.

Большой интерес в этом отношении представляет восстание в Братском остроге в 1696 г., когда приказчику X. Кафтырёву «отказали» почти все жители его «присуда». В мирской совет «судеек», взявших управление в свои руки, помимо русских (9 казаков, 3 посадских, 4 крестьян), впервые в сибирской истории вошли 10 ясачных людей (бурят).

Весьма красноречивыми являются и такого рода факты. В 1658 г. во время волнений в Братском остроге «приказчик» И. Похабов, взбешенный оказанным ему сопротивлением, послал к бурятам гонцов с призывом «погромить» непокорных служилых людей. Однако буряты отказались выполнить это приказание, хотя им, казалось бы, представился удобный случай отомстить своим прежним обидчикам.