В позднем неолите Карелии появляются поселения с так называемой ромбо-ямочной керамикой, которые относят уже к энеолиту (Журавлев, 1977). Поселения сосредоточены главным образом у северного и западного побережий Онежского озера. Они состоят из нескольких срубных жилищ площадью 70-100 кв. м, углубленных на 40–60 см и соединенных переходами. Так в Пегреме VII три прямоугольных строения имели переходы в торцовых стенах. Одним из ярких поселений является Вигайнаволок I, где открыто два культурных слоя, разделенных стерильной прослойкой (Панкрушев, Журавлев, 1966). В нижнем слое обнаружено 24 неолитических жилища, из них раскопано 18 (Журавлев, 1993). Строения были прямоугольной и квадратной формы, прослежены остатки бревенчатых стен, кострища и выходы (рис. 69, 35). В верхнем энеолитическом слое открыты 10 больших жилищ сложной конфигурации, соединенных переходами (рис. 69, 37), с отдельными выходами. Внутри были очаги открытого типа, в жилище V клад каменных орудий.

Обычно находки сосредоточены в жилищах. На полу у стен и очагов располагались развалы сосудов, в центре шлифовальные плиты (Витенкова, 1988, с. 75). Очаги из камней и кострища занимали середину строения или площадку перед выходом. Очаги из камней обнаружены вне жилищ (Пегрема III, Деревянное I, Лакшозеро II).

Посуда этого времени имела средние размеры, диаметр до 40 см, приземистую форму, круглое или коническое дно, массивный венчик. Орнамент состоит из горизонтальных зон ромбических ямок, разделенных полосами оттисков гребенки или отступающей палочки. Каменный инвентарь сохраняет многие неолитические формы, преобладают сланцевые рубящие орудия. Впервые появляются изделия из меди (Журавлев, 1991).

Хронология поселений с ромбо-ямочной керамикой определяется различным образом. Группа поселений Пегрема в Уницкой Губе Онежского озера датирована второй половиной III тыс. до н. э. Есть даты по С₁₄, более глубокие, до начала III тыс. до н. э. (Журавлев, 1991, с. 127). Таким образом, рассматриваемые поселения и оставившее их население выделились как самостоятельное явление в позднем неолите, достигли расцвета в материальной культуре и домостроительстве в энеолите, сохраняя при этом традиционные черты предшествующих неолитических культур.

К позднему неолиту-энеолиту относится группа стоянок в устье р. Выг. Особого внимания заслуживает Залавруга II, где в смешанных культурных отложениях содержалась керамика с ямочно-гребенчатой, гребенчатоямочной и ромбо-ямочной орнаментацией. Здесь открыто двухкамерное погребальное сооружение с боковыми пристройками, выложенное из камней. Размеры сооружения 5,7×2,5–1,8 м. В его основании были пятна охры, янтарные подвески и пуговицы (68 экз.), наконечники стрел, в том числе длинные иволистные. Памятник датирован второй половиной III тыс. до н. э. и связан с носителями пористой керамики с гребенчато-ямочной орнаментацией (Савватеев, 1977, с. 194).

К востоку от Онежского озера расположена обширная низина и ряд озер ледникового происхождения — Воже, Лача, Белое, Кубенское и др. Здесь, в центре европейского Севера, природные условия в эпоху неолита оказались благоприятными для существования населения, занятого охотой, рыболовством и собирательством. Поэтому в регионе обосновалась большая группа населения, существовавшего здесь долго и оставившего следы в позднейших этнокультурных образованиях в Восточном Прионежье.

Первые неолитические стоянки в Олонецкой губернии, как тогда назывался регион, были открыты И.С. Поляковым, который по поручению Русского Географического Общества обследовал в 1871 и 1873 гг. берега нескольких озер, а в 1880 г. посетил местонахождения у Сясьского канала вдоль южного берега Ладожского озера (Поляков, 1881, 1882).

Важное значение имели разведки К.В. Маркова в 1919 г., когда в бассейне озера Воже было открыто множество стоянок и составлена карта находок (архив ГИМ). С конца 20-х годов в районе Воже-Лача работали экспедиции ГИМ, которые исследовали такие известные памятники как Кубенино (раскопки М.Е. Фосс), Модлона, Караваевская и др. (раскопки А.Я. Брюсова). В 50-е годы здесь активно работали краеведы А.А. Алексеева и В.В. Гарновский, а в 60-70-е — экспедиции ЛОИА (Р.В. Козырева), ГИМ (И.К. Цветкова), а также Северная экспедиция РАН (С.В. Ошибкина). Последние исследования были направлены на изучение мезолита и неолита в регионе.

Каргопольская культура была выделена М.Е. Фосс (1947), причем в нее включены все известные тогда памятники, вплоть до эпохи раннего металла, что соответствовало распространенной идее автохтонности и получило отражение в периодизации из четырех стадий, затем из трех этапов (Фосс, 1952, с. 118). В настоящее время памятники неолита в Восточном Прионежье объединены в одну культуру, сохранившую название каргопольской. Памятники позднего неолита-энеолита выделены в особую группу, названную памятниками типа Модлона (Ошибкина, 1978).

Ареал каргопольской культуры имеет сравнительно четкие границы на севере до истока р. Онеги, на востоке и юго-востоке до верхнего течения р. Сухоны (карта 11). На западе разграничение с соседней и родственной карельской культурой довольно неопределенно. Общее число памятников около 90, среди них поселения, стоянки и могильники.

Поселения каргопольской культуры расположены на повышенных участках берегов рек и озер, в устьях речек, около озерных лагун. Сейчас многие из них подтоплены. Очевидно, во время их существования климатические условия были другими, а уровень воды ниже. Поселения постоянного типа удалены от озерных открытых берегов, их площадь достигает иногда 3000 кв. м., мощность культурного слоя до 50–60 см. Временные стоянки имеют малую площадь, слабо насыщенный остатками и тонкий культурный слой, они расположены нередко на дюнных всхолмлениях у больших озер. Возможно, это промысловые стойбища.

Организация поселения лучше прослежена в Кубенино (Фосс, 1940). Раскопом вскрыто 500 кв. м. и обнаружено жилище, круглое в плане, диаметром 3,6 м. В центре его был очаг из четырех больших камней, в нем сохранились угли, пережженные кости и фрагменты керамики. В юго-восточной части жилища находился развал камней, возможно, еще один такой же очаг. У стены, обращенной к р. Онеге, лежал большой валун, укреплявший стену дома. Между жилищем и берегом располагался открытый очаг из камней диаметром 30 см, заполненный углями, золой, костями и разбитой посудой. На восточной окраине стоянки было открытое кострище.

На западной окраине ареала каргопольской культуры исследована стоянка Андозеро 2, находящаяся на северном берегу одноименного озера. Здесь обнаружено жилище подпрямоугольной формы, размером 10,2×7,8 м. Оно было наземным, стену, выходящую к озеру, укрепляли крупные валуны, прослежен выход (рис. 72, 9). Реконструкция подобного жилища предложена финским ученым С. Пялси (Pälsi, 1918), который считал его прототипом лопарского куду. Строение состояло из вертикальных жердей-опор, на них опирались наклонные жерди, покрытие должно было быть мягким, его прижимали валунами с подветренной стороны. В жилище Андозера 2 находились два очага. Один диаметром 70 см углублялся в основание на 5 см. В его золистом заполнении были обломки керамики, рядом развалы трех больших сосудов. Второй очаг в глубине жилища состоял из крупных камней, выложенных кольцом, рядом была хозяйственная яма (Ошибкина, 1978, с. 44). Около выхода из жилища снаружи находился еще один очаг из камней диаметром 1,5 м. Такой же очаг из валунов, выложенных кольцом, открыт в Андозере 5 (верхний слой). Подобное устройство очагов характерно для среднего периода культуры, на ранних поселениях они не известны.